Luzera osoko mrna sekuentziazioa-nanopore
Osau
● Poly-a mrna harrapatzea CDNAren sintesia eta liburutegien prestaketa
● Luzera osoko transkripzioen sekuentziazioa
● Azterketa bioinformatikoa erreferentziako genoma baten lerrokatzean oinarrituta
● Azterketa bioinformatikoak gene eta isoformaren mailan ez ezik, LNCRNA, gene fusioen, poli-adenilazio eta gene egituraren azterketa ere badaude.
Zerbitzuaren abantailak
●Espresio kuantifikazioa Isoformaren mailan: Adierazpen azterketa zehatza eta zehatza gaitzea, gene adierazpen osoa aztertzerakoan maskara izan daitekeen aldaketa ezagutzera ematea
●Datu murriztuak eskatzea:Hurrengo belaunaldiko sekuentziazioekin alderatuta (NGS), Nanopore sekuentziazioak datu-baldintza txikiagoak ditu, datu txikiagoekin egindako genearen adierazpen kuantifikazio maila baliokidea ahalbidetuz.
●Adierazpen kuantifikazioaren zehaztasun handiagoa: bai gene eta isoformaren mailan
●Informazio transkriptomiko osagarria identifikatzea: Poliadenilazio alternatiboa, fusio geneak eta lcnrna eta haien xede geneak
●Espezializazio zabala: Gure taldeak esperientzia ugari eskaintzen ditu proiektu guztiei, 850 nanopore luzerako transkriptomako proiektu osoak amaitu eta 8.000 lagin baino gehiago prozesatu ditu.
●Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta-epearen epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegi | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitatearen kontrola |
| Poly a aberastua | Illumina pe150 | 6/12 GB | Batez besteko kalitatearen puntuazioa: Q10 |
Laginaren baldintzak:
Nukleotidoak:
| Conc. (NG / μL) | Zenbatekoa (μg) | Garbitasun | Segurtasun |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Gelan agertzen den proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | Landareetarako: Rin≥7.0; Animalientzako: Rin≥7.5; 5.0≥28s / 18s≥1.0; altuera mugatua edo ez |
● Landareak:
Erro, zurtoina edo petala: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hesteak: 300 mg
Biscera edo garuna: 240 mg
Muskulua: 450 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1g
● Artropodoak:
Intsektuak: 6G
Crustacea: 300 mg
● Odol osoa: 1 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
Gomendatutako laginaren entrega
Edukiontzia: 2 ml Centrifuge Tube (Tin Papera ez da gomendagarria)
Laginaren etiketatzea: taldea + erreplikatu adibidez A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Lehorra izotza: laginak poltsetan paketatu behar dira eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. Hodi rnastable: RNA laginak RNA egonkortzeko hodian lehortu daitezke (adibidez, rnastable®) eta giro-tenperaturan bidalita.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Nukleotidoak:
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Zerbitzuaren lan-fluxua
Ehuna:
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
● Datu gordinen tratamendua
● Transkripzioaren identifikazioa
● Zatiketa alternatiboak
● Adierazpen kuantifikazioa gene mailan eta isoformaren mailan
● Adierazpen diferentzialaren azterketa
● Funtzioaren oharpena eta aberastasuna (DEGS eta DET)
Splicing analisi alternatiboa
Poliadenilazio analisi alternatiboa (APA)
lncrna iragarpena
Gene nobelen oharpena
DEC multzoa
Proteina-proteina sareak Degs-en
Arakatu BMKGene-ren Nanoporeak MRNAren sekuentziazio zerbitzu osoak errazten dituen aurrerapenak argitalpen bilduma komisio baten bidez.
Gong, B. et al. (2023) 'Kinasa fam20C-ren sekretuaren aktibazio epigenetikoa eta transkripzioa Glioma', Genetika eta Genomika aldizkaria, 50 (6), 422-433 PP. DOI: 10.1016 / J.jg.2023.01.008.
Bera, Z. et al. (2023) Linfozitoen sekuentziazio oso luzeak IFN-γ-ri erantzuten dio TH1-ri erantzun immunologiko bat flounder (paralichthys olivaceus) ', arrain eta marisko immunologia, 134, or. 108636. DOI: 10.1016 / J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Pacbio eta Ont RNAren azterketa konparatiboa nemopilema nomurai venom identifikatzeko metodoak', genomikoak, 115 (6), or. 110709. DOI: 10.1016 / J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-SEQ analisiak Humsc-tik eratorritako exosomak eta mikrofonikuluen arteko joera funtzional desberdina erakusten du, zelulen ikerketa eta terapia, 14 (1), 1-13. DOI: 10.1186 / S13287-023-03491-5 / Taulak / 6.
