Genetika ebolutiboa
Zerbitzu Abantailak
Takagi et al.,Landareen aldizkaria, 2013
●Analisi bioinformatiko integrala:aniztasun genetikoa kalkulatzea ahalbidetzen duena, espezieen eboluzio-potentziala islatzen duena, eta espezieen arteko erlazio filogenetiko fidagarria agerian utziz, eboluzio konbergentearen eta eboluzio paraleloaren eragin txikiagoarekin.
●Aukerako analisi pertsonalizatua: hala nola, dibergentzia-denbora eta abiaduraren estimazioa nukleotidoen eta aminoazidoen mailan dauden aldaketetan oinarrituta.
●Espezializazio eta argitalpen erregistro zabalak: BMKGene-k 15 urte baino gehiago daramatza populazio eta genetika ebolutiboko proiektuetan esperientzia handia pilatu, milaka espezie eta abar hartzen dituena, eta Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etab. argitaratutako goi-mailako 1000 proiektutan lagundu zuen.
● Gaitasun handiko bioinformatika-taldea eta analisi-ziklo laburra: genomiko analisi aurreratuan esperientzia handia du, BMKGene-ren taldeak analisi integralak ematen ditu epe azkarrean.
● Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak eta eskakizunak
| Sekuentziazio mota | Gomendatutako populazio-eskala | Sekuentziazio estrategia | Nukleotidoen eskakizunak |
| Genoma Osoaren Sekuentziazioa | ≥ 30 banako, azpitalde bakoitzeko ≥ 10 pertsonarekin
| 10x | Kontzentrazioa: ≥ 1 ng/ µL Zenbateko osoa ≥ 30 ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo ez |
| Berariazko Locus Amplified Fragment (SLAF) | Etiketaren sakonera: 10x Etiketa kopurua: <400 Mb: WGS gomendatzen da <1Gb: 100K etiketak 1Gb > 2 Gb: 300K etiketak Gehienez 500.000 etiketa | Kontzentrazioa ≥ 5 ng/µL Zenbateko osoa ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarosa gel: degradazio edo kutsadurarik gabe edo mugatu
|
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Zerbitzuak populazioaren egituraren analisia (zuhaitz filogenetikoa, PCA, populazioaren estratifikazio-diagrama), populazioaren aniztasuna eta populazioaren hautaketa (lotura desoreka, gune onuragarrien miaketa selektiboa) barne hartzen ditu. Zerbitzuak analisi pertsonalizatuak ere har ditzake (adibidez, dibergentzia-denbora, gene-fluxua).
*Hemen erakusten diren demo-emaitzak BMKGENErekin argitaratutako genometakoak dira
1.Eboluzioaren azterketak zuhaitz filogenetikoaren, populazioaren egituraren eta aldaera genetikoetan oinarritutako PCAren eraikuntza ditu.
Zuhaitz filogenetikoak arbaso komuna duten espezieen arteko erlazio taxonomikoak eta ebolutiboak adierazten ditu.
PCAk azpipopulazioen arteko hurbiltasuna ikusaraztea du helburu.
Populazio-egiturak genetikoki bereizten diren azpipopulazioen presentzia erakusten du alelo-maiztasunei dagokienez.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Ekorketa selektiboa
Ekorketa selektiboa gune onuragarri bat hautatzen den eta estekatutako gune neutroen maiztasunak handitzen diren eta loturarik gabeko guneen maiztasunak murrizten dituen prozesu bati egiten dio erreferentzia, eta ondorioz, eskualdekoen murrizketa da.
Ekorketa-eskualde selektiboetan genoma osoko detekzioa populazioaren indize genetikoa (π，Fst, Tajima-ren D) SNP guztien indize genetikoa kalkulatuz prozesatzen da leiho labainkor batean (100 Kb) urrats jakin batean (10 Kb).
Nukleotidoen aniztasuna (π)
Tajimaren D
Finkatze-indizea (Fst)
Wu, et. al.,Landare Molekularra, 2018
3.Gene Fluxua
Wu, et. al.,Landare Molekularra, 2018
4.Histori demografikoa
Zhang, et. al.,Natura Ekologia&Eboluzioa, 2021
5.Dibergentzia denbora
Zhang, et. al.,Natura Ekologia&Eboluzioa, 2021
Arakatu BMKGene-ren genetika ebolutiboko zerbitzuek errazten dituzten aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez:
Hassanyar, AK et al. (2023) "SNP markatzaile molekularren eta gene hautagaien aurkikuntza Apis cerana cerana larbetan Sacbrood birusaren erresistentziarekin lotutako genoma osoko birsekuentziazio bidez".Zientzia Molekularren Nazioarteko Aldizkaria, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) "Txinako salamandra erraldoi basati eta genetiko huts baten aurkikuntzak kontserbazio aukera berriak sortzen ditu".Ikerketa Zoologikoa, 2022, liburukia. 43, 3. alea, 469-480 orrialdeak, 43(3), 469-480 or. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) "Eredu filogeografikoa eta populazioaren bilakaera historia indigenaren Elymus sibiricus L. Qinghai-Tibetar goi-ordokian",Landareen Zientziaren mugak, 13, or. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) "Longanoen bilakaerari buruzko informazio genomikoa kromosoma-mailako genoma-multzo batetik eta longan-atxikipenen populazio-genomitik",Baratzezaintza Ikerketa, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
