ARNm eukariotikoen sekuentziazioa-NGS
Ezaugarriak
● Poly mRNA harrapatzea liburutegia prestatu aurretik
● Norabidezko mRNA liburutegia hautazkoa prestatzea, katearen sekuentziazio espezifikoko datuak lortzeko
● Geneen adierazpenaren eta transkripzioaren egituraren azterketa bioinformatikoa
Abantailak
●Espezializazio zabala: Gure taldeak 600.000 lagin baino gehiago prozesatu ditu BMKgene-n, hainbat lagin mota barne, hala nola zelula-kulturak, ehunak eta gorputz-fluidoak. Esperientzia ugari eskaintzen ditugu proiektu guztietara eta 100.000 mRNA-Seq proiektu baino gehiago arrakastaz burutu ditugu hainbat ikerketa-eremutan.
●Kalitate Kontrol zorrotza: Oinarrizko kontrol-puntuak ezartzen ditugu fase guztietan, laginak eta liburutegiak prestatzen hasi eta sekuentziazio eta bioinformatikaraino. Jarraipen zorrotz honek kalitate handiko emaitzak etengabe ematea bermatzen du, zure proiektua esku fidagarrietan dagoela ziurtatuz.
●Oharpen Integrala: Hainbat datu-base erabiltzen ditugu Funtzionalki Adierazitako Geneak (DEG) funtzionalki adierazteko eta dagozkion aberaste-analisiak egiteko. Ikuspegi integral honek transcriptomaren erantzunaren azpian dauden prozesu zelular eta molekularrei buruzko informazioa ematen du, zure proiektuaren emaitzei buruz guztiz informatuta zaudela bermatuz.
●Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.
Lagin-baldintzak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| Poly A aberastua | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Lagin-baldintzak:
Nukleotidoak:
| Konk. (ng/μl) | Kantitatea (μg) | Garbitasuna | Osotasuna | |
| Liburutegi estandarra | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | Landareetarako: RIN≥4.0; Animalientzat: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Oinarrizko kota mugatua edo ez |
| Zuzendaritza Liburutegia | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | Landareetarako: RIN≥4.0; Animalientzat: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Oinarrizko kota mugatua edo ez |
● Landareak:
Erroa, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
●Animalia:
BIHOTZA edo Hestea: 300 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Muskulua: 450 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1g
● Artropodoak:
Intsektuak: 6g
Krustazeoak: 300 mg
● Odol osoa: 1 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3....
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNAs mahai-hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean lehortu daitezke (adibidez, RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
Eukariotoa mRNA sekuentziazioaren analisiaren lan-fluxua
Bioinformatika
ØDatu gordinak kalitate kontrola
ØErreferentzia genomaren lerrokatzea
ØTranskripzioaren egituraren azterketa
ØAdierazpenen kuantifikazioa
ØAdierazpen diferentzialaren analisia
ØFuntzioen oharpena eta aberastea
Erreferentzia Genomaren Lerrokatzea
Datuen Saturazioa
Laginen korrelazioa eta erreplika biologikoen ebaluazioa
Diferentzialki Adierazitako Geneak (DEG)
DEGen oharpen funtzionala
DEGen Aberaste Funtzionala
Arakatu BMKGene-ren NGS eukariotoen mRNA sekuentziatzeko zerbitzuak errazten dituen aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez.
Huang, L. et al. (2023) "Triklosanoak eta triklokarbanak urre-arrainaren usaimen-ahalmena ahultzen dute usainaren ezagutza mugatuz, usaimen-seinalearen transdukzioa eten eta usaimen-informazioaren prozesamendua asaldatuz", Water Research, 233, or. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus giza p11 bahitzen du, onddoak dituzten fagosomak degradaziorik gabeko bideetara birbideratzeko', Cell Host & Microbe, 31 (3), 373-388.e10 or. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP Transscription Factors Involved in Shoot Development of Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, or. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Chrysanthemum lavandulifolium genoma eta hainbat kapitulu motaren azpian dagoen mekanismo molekularra', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) "Nano-erreaktore kaskada bat koloneko minbiziaren terapia sonodinamikoa hobetzeko ROS sinergikoen gehikuntza eta autofagia blokeoaren bidez", Nano Today, 49, or. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
