DNBSEQ aurrez egindako liburutegiak
Osau
●Plataforma:MGI-DNBSEQ-T7
●Sekuentziazio moduak:Pe150
●Illumina liburutegien transferentziaMj:Datu altuen bolumenen sekuentziazioa kostu baxuan.
●Liburutegien kalitate kontrola sekuentziatu aurretik.
●Sekuentziazio datuak QC eta entrega:QC txostena eta datuen gordinak entregatzea FASTQ formatuan, Q30 irakurtzen eta iragazi ondoren.
Abantailak
●Sekuentziazio zerbitzuen aldakortasuna:Bezeroak bide sekuentzia aukeratu dezake errei edo datu kopuruaren arabera.
●Datuen irteera altua:1500 GB / Lane
●QCren sekuentziazioa bidaltzea:Kalitateko neurriak, datuen zehaztasuna eta sekuentziazio proiektuaren errendimendu orokorrarekin.
●Sekuentziazio helduen prozesua:buelta laburrarekin.
●Kalitate kontrol zorrotza: QC baldintzak zorrotzak ezartzen ditugu kalitate handiko emaitzak entregatzeko bermatzeko.
Laginaren baldintzak
| Datuen zenbatekoa (x) | Kontzentrazioa (QPCR / NM) | Ozentasun | |
| Errei partziala
| X ≤ 10 GB | ≥ 1NM | ≥ 25 μl |
| 10 GB <x ≤ 50 GB | ≥ 2 nm | ≥ 25 μl | |
| 50 GB <x ≤ 100 GB | ≥ 3 nm | ≥ 25 μl | |
| X> 100 GB | ≥ 4 nm | ||
| Errei bakarra | Errei bakoitzeko | ≥ 1,5 nm / liburutegiko igerilekua | ≥ 25 μL / liburutegiko igerilekua |
Kontzentrazioaz eta zenbateko osoaz gain, gailur eredu egokia ere beharrezkoa da.
Oharra: aniztasun baxuko liburutegien errei segizioak Phix Spike-a behar du, oinarrizko deia sendoa bermatzeko.
Aurrez pilatutako liburutegiak lagin gisa bidaltzea gomendatzen dugu. BMKGene liburutegiko bilketa egiteko behar baduzu, ikusi
Liburutegiko baldintzak errei partzialaren sekuentziaziorako.
Liburutegiaren tamaina (Mapa gailurra)
Gailur nagusia 300-450 BP barruan egon beharko litzateke.
Liburutegiek gailur nagusi bakarra izan beharko lukete, ez dute egokitzaileen kutsadurarik eta primer dimers.
Zerbitzuaren fluxua
Liburutegiko QC Txostena
Liburutegiaren kalitateari buruzko txostena sekuentziatu aurretik ematen da, liburutegien zenbatekoa eta zatiketa ebaluatuz.
QCren txostena sekuentziazioa
1. taula. Sekuentziazioko datuei buruzko estatistikak.
| Laginaren IDa | Bmkid | Irakurketa gordinak | Datu gordinak (BP) | Irakurketa garbiak (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | Gc (%) |
| C_01 | Bmk_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96,48 | 99,14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | Bmk_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37,08 |
1. irudia. Kalitatearen banaketa lagin bakoitzean irakurtzen da
2. irudia. Base edukiaren banaketa
3. irudia. Irakurtzeko edukien banaketa datuen sekuentziazioan
