Illumina aurrez egindako liburutegiak
Ezaugarriak
●Plataformak:Illumina NovaSeq 6000 eta NovaSeq X Plus
●Sekuentziazio moduak:PE150 eta PE250
●Liburutegien kalitate-kontrola sekuentziatu aurretik
●Sekuentziazio datuak QC eta entrega:QC txostena eta datu gordinak fastq formatuan entregatu Q30 irakurketak desmultiplexatu eta iragazi ondoren
Zerbitzu Abantailak
●Sekuentziazio zerbitzuen aldakortasuna:bezeroak erreiaren, fluxu-zelularen edo beharrezko datu kopuruaren arabera sekuentziatzea aukera dezake (erreiaren sekuentziazio partziala).
●Esperientzia zabala Illumina sekuentziazio plataforman:hainbat espezierekin itxitako milaka proiekturekin.
●Sekuentziazioaren QC txostena bidaltzea:kalitate-neurriekin, datuen zehaztasunarekin eta sekuentziazio proiektuaren errendimendu orokorrarekin.
●Sekuentziazio-prozesu heldua:buelta-epe laburrarekin.
●Kalitate Kontrol zorrotza: QC eskakizun zorrotzak ezartzen ditugu kalitate handiko emaitzak koherentziaz entregatzeko.
Lagin-plataformak
| Plataforma | Fluxu-zelula | Sekuentziazio modua | Unitatea | Kalkulatutako irteera |
| NovaSeq X | 10B (8 errei) | PE150 | Errei Bakarra Errei Partziala | 375 Gb / Erreia |
| 25B (8 errei) | PE150 | Errei Bakarra Errei Partziala | 1000 Gb/erreia | |
| NovaSeq 6000 | SP Fluxu-zelula (2 errei) | PE250 | Fluxu-zelula Errei Bakarra Errei Partziala | 325-400 M irakurtzen / Lane |
| S4 Fluxu-zelula (4 errei) | PE150 | Fluxu-zelula Errei Bakarra Errei Partziala | ~800 Gb / Erreia |
Lagin-baldintzak
| Datu kopurua (X) | Kontzentrazioa (qPCR/nM) | Bolumena | |
| Errei Partziala Sekuentziazioa
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Errei-sekuentziazioa | Errei bakoitzeko | ≥ 1,5 nM / Liburutegiko igerilekua | ≥ 25 μl / Liburutegiko igerilekua |
Kontzentrazioaz eta kopuru osoaz gain, gailur eredu egokia ere beharrezkoa da.
Oharra: Aniztasun baxuko liburutegien errei-sekuentziazioak PhiX-en pikua behar du oinarrizko dei sendoa bermatzeko.
Aurrez bildutako liburutegiak lagin gisa bidaltzea gomendatzen dugu. Liburutegien bilketa egiteko BMKGENE behar baduzu, kontsultatu
errei partziala sekuentziatzeko liburutegiko baldintzak.
Liburutegiaren Tamaina (Mapa gailurra)
Gailur nagusiak 300-450 bp-en artean egon behar du.
Liburutegiek gailur nagusi bakarra izan behar dute, egokitzaileen kutsadurarik ez eta lehen dimerorik gabe.
Mesedez, jarri gurekin harremanetan zure laginek hasierako materialen baldintzak betetzen ez baditu.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Liburutegiaren kalitate-kontrola
Sekuentziazioa
Datuen kalitatearen kontrola
Proiektuaren entrega
Liburutegiko QC txostena
Liburutegiaren kalitateari buruzko txostena ematen da sekuentziatu, liburutegiaren zenbatekoa ebaluatu eta zatikatu aurretik.
Sekuentziazioaren QC txostena
1. taula. Sekuentziazio-datuen estatistikak.
| Lagina ID | BMKID | Irakurketa gordinak | Datu gordinak (bp) | Irakurketa garbiak (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94,85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96.00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
1. Irudia. Kalitatearen banaketa lagin bakoitzeko irakurketetan zehar
2. Irudia. Oinarrizko edukien banaketa
3. irudia. Irakurritako edukien banaketa sekuentziazio datuetan
