Luzera osoko mRNA sekuentziazioa -PacBio
Ezaugarriak
● cDNA sintesia poli-A mRNAtik eta ondoren liburutegia prestatzea
● CCS moduan sekuentziatzea, HiFi irakurketak sortuz
● Luze osoko transkripzioen sekuentziazioa
● Analisiak ez du erreferentziazko genomarik behar; hala ere, enplegatu daiteke
● Analisi bioinformatikoak transkripzioak lncRNA isoformaren, geneen fusioen, poliadenilazioaren eta geneen egituraren analisia ahalbidetzen du.
Zerbitzu Abantailak
●Zehaztasun handia: HiFi-k %99,9ko zehaztasunarekin irakurtzen du (Q30), NGS-ren parekoa
● Splicing alternatiboaren analisia: transkripzio osoen sekuentziatzeak isoformen identifikazioa eta karakterizazioa ahalbidetzen du
●Espezializazio zabala: PacBio-ren 1100 transcriptoma-proiektu baino gehiago burutu eta 2300 lagin baino gehiago prozesatzen dituen ibilbidearekin, gure taldeak esperientzia handia dakar proiektu guztietara.
●Salmenta osteko laguntza: gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.
Lagin-baldintzak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| PolyA aberastutako mRNA CCS liburutegia | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Lagin-baldintzak:
Nukleotidoak:
● Landareak:
Erroa, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
BIHOTZA edo Hestea: 300 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Muskulua: 450 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1g
● Artropodoak:
Intsektuak: 6g
Krustazeoak: 300 mg
● Odol osoa: 1 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
| Konk. (ng/μl) | Kantitatea (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | Landareetarako: RIN≥7,5; Animalientzat: RIN≥8,0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; Oinarrizko kota mugatua edo ez |
Laginaren entrega gomendatua
Edukiontzia: 2 ml zentrifuga-hodi (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean lehortu daitezke (adib. RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisia barne hartzen du:
● Datu gordinak kalitate kontrola
● Poliadenilazio alternatiboen analisia (APA)
● Fusioaren transkripzioaren azterketa
● Splicing alternatiboaren analisia
● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) azterketa
● Transkripzio-analisi berritzailea: kode-sekuentzien (CDS) iragarpena eta oharpen funtzionala
● lncRNAren analisia: lncRNAren eta helburuen iragarpena
● MicroSatelite Identifikazioa (SSR)
BUSCO analisia
Splicing alternatiboen analisia
Poliadenilazio Alternatiboen Analisia (APA)
Eleberrien transkripzioen oharpen funtzionala
Arakatu BMKGene-ren Nanopore-ren luzera osoko mRNA sekuentziatzeko zerbitzuek erraztutako aurrerapenak argitalpen aipagarri honetan.
Ma, Y. et al. (2023) 'PacBio eta ONT RNA sekuentziazio metodoen analisi konparatiboa Nemopilema Nomurai pozoiaren identifikaziorako', Genomics, 115 (6), or. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Populus stem transcriptome-ren garapen-dinamika', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), 206-219 or. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamic Changes in Ascorbic Acid Content during Fruit Development and Ripening of Actinidia latifolia (an Ascorbate-Rich Fruit Crop) and the Associated Molecular Mechanisms', International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), or. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Paris polyphylla-ko polifilin bioaktiboetan parte hartzen duten bide biosintetikoen iragarpen eraginkorra', Communications Biology 2022 5:1, 5 (1), 1-10 orr. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'PacBio Iso-Seq eta Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14 (4), or. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) "PacBio molekula bakarreko denbora errealeko analisia erabiliz transkriptomaren konplexutasunari buruzko inkesta Illumina RNA sekuentziazioarekin konbinatuta Ricinus communis-en azido rizinoleikoko biosintesia hobeto ulertzeko", BMC Genomics, 20 (1), 1-17 orr. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
