Genomika konparatiboa
Zerbitzuaren abantailak
●Espezializazio eta argitalpen erregistro zabalak: Pilatuta, BMKGene-k 90 genomika konparatibo baino gehiago osatu ditu, eta eragin metagarria izan da 900.
●Bioinformatikaren azterketa integrala: Analisien paketeak gehien eskatzen diren zortzi analisiak ditu, prestatutako prestatutako zifrak eta emaitzen interpretazio erraza ahalbidetuz
●Bioinformatika taldea eta azterketa laburreko ziklo trebea: Genomika konparatiboen azterketan esperientzia handiz, BMKGeneren taldeak analisi pertsonalizatu askotako eskaerak betetzen ditu txanda gutxira
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta epearen epean. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Buelta estimatutako denbora | Espezie kopurua | Anaseak |
| 30 lanegun | 6 - 12 | Gene Family Clustering Gene familiaren hedapena eta uzkurdura Zuhaitz filogenetikoen eraikuntza Dibertentzia Denbora Estimazioa (beharrezkoa da kalibrazio fosilak) LTR txertatzeko denbora (landareetarako) Genoma bikoizketa osoa (landareetarako) Presio selektiboa Synteny azterketa |
Bioinformatika analisiak
● Gene familia
● Phylogenetika
● Dibergentzia denbora
● Presio selektiboa
● Sintenia analisia
Laginaren eskakizunak eta entrega
Laginaren baldintzak:
Ehun edo ADN genoma sekuentziazio eta muntaiarako
Ehunarentzat
| Aztertu | Mukizapi | Miatu | Pacbio ccs |
| Animalia | Ehun biszeral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Muskulu-ehuna | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Odol mamiarra | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Hegazti / Arrain odola | |||
| Makineria | Hosto freskoa | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petal / Zurtoina | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Erro / hazia | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Zelulak | Zelula kulturatua | - | ≥ 1 x 108 |
Datuak
Genoma sekuentzia fitxategiak (.fasta) eta estuki erlazionatutako espezieen oharpen fitxategiak (.gff3)
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
*Hemen agertzen diren demo emaitzak Biomarker Teknologiekin argitaratutako Genomesetatik dira
1.Ltr Txertatu Denbora Estimazioa: Irudiak banaketa bimodal paregabea erakutsi zuen LTR-RTS txertatze garaietan zekale genoma genogunean, beste espezie batzuekin alderatuta. Azken gailurrena duela 0,5 milioi urte inguru agertu zen.
Li Guang et al.,Natura Genetika, 2021
2.Hilogenia eta Gene Familia Analisia Chayote-n (Sechium edule): Chayote eta Gene familiako beste 13 espezie aztertuz, Chayote Suge Gourd-ekin (Trichosanthes Anguina) lotuta aurkitu zen. Snake Gourd-etik eratorritako Chayote 27-45 MYA eta Genoma Bikoizketa osoa (WGD) ikusi zen Chayote-n 25 ± 4 MYAn, hau da, Cucuibitaceae-ko hirugarren WGD ekitaldia.
Fu a et al.,Baratze Ikerketa, 2021
3.Sikien analisia: fruta garapenean fitoroekin lotutako gene batzuk Chayote, Suge Gourd eta Squash-en aurkitu ziren. Chayote eta squash arteko korrelazioa Chayote eta Snake Gourd artean baino zertxobait handiagoa da.
Fu a et al.,Baratze Ikerketa, 2021
4.GENE FAMILIAREN AZTERKETA: Gene Familiaren hedapen eta uzkurduran G.thurberi eta G.DAvidsonii genomak aberastea erakutsi zuten biosintesia esteroideak eta Biosintesia Brassinosteroidea erlazionatutako geneak hedatu zirela.
Yang z et al.,BMC Biologia, 2021
5.Zeromak bikoizteko analisia: 4DTV eta KS banaketa analisiak genoma bikoizketarako ekitaldi osoa erakutsi zuen. Intregecies gailurrek bikoizteko gertaerak erakutsi zituzten. Interspezien gailurrak espezia-ekitaldiak erakutsi zituzten. Analisiak adierazi duenez, O. Europaea eskala handiko gene bikoizkeriaren bidez joan da duela gutxi.
Rao g et al.,Baratze Ikerketa, 2021
BMK kasua
Prickle gabe arrosa: hezetasun egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak
Argitaratua: Zientzia Zikiko Berrikuspen Nazionala, 2021
Sekuentziazio estrategia:
'Basee'sArantza'(R.Wichurauan) Genoma:
Gutxi gorabehera. 93 x Pacbio + gutxi gorabehera. 90 x nanopore + 267 x illlumina
Gako emaitzak
1.High Kalitatea R.Wichuraiana Genoma irakurtzeko luzerako sekuentziazio teknikak erabiliz eraiki zen. Busco-k puntuazio estimatua% 93,9 izan da. "Blush zaharrarekin" (Haploob) alderatuz, genomaren kalitate eta osotasuna oinarrizko base bakarreko zehaztasun eta LTR muntatzeko indizearen arabera berretsi zen (LAI = 20.03). R.Wichuraiana Genomak 32.674 proteina kodetzeko gene ditu.
2.multi-omics analisia, genomika konparatuek, transkriptomikak, biztanleria genetikoaren QTL azterketek osatzen dute, R. Wichuraiana eta Rosa Chinensen arteko zehaztapen erabakigarria. Halaber, Qtl-en erlazionatutako geneen adierazpen aldakuntza litekeena da zurtoin patterning zurtoinarekin lotuta.
Genomika konparatiboaren anaysis, shornless eta Rosa Chinensis sintomarik gabeko analisia, gene familiako klusterra, hedapen eta uzkurdura analisia, aldakuntza ugari agerian utzi zituzten, arrosak funtsezko ezaugarri garrantzitsuak. NAC eta FAR1 / FRS gene familiako hedapen paregabea oso litekeena da toki beltzarekiko erresistentziarekin lotuta egotea.
Genomika konparatiboen azterketa BT eta haktrob genomak artean.
Zhong, M., et al. "Prickle gabe arrosa: hezetasun egokitzapenarekin lotutako ikuspegi genomikoak"Zientzia Zikiko Berrikuspen Nazionala, 2021; Nwab092.
