CircRNA sekuentziazioa-Illumina
Ezaugarriak
● rRNA agortzea eta jarraian liburutegi direkzionalak prestatzea, katearen sekuentziazio-datuak ahalbidetuz.
● Lan-fluxu bioinformatikoak circRNA iragartzeko eta espresioaren kuantifikazioa ahalbidetzen du
Zerbitzu Abantailak
●RNA liburutegi zabalagoak:Liburutegi aurreko prestaketan rRNA agortzea erabiltzen dugu RNA linealaren ordez, sekuentziazio-datuek circRNA ez ezik, mRNA eta lncRNA ere barne hartzen dituztela ziurtatuz, datu multzo horien azterketa bateratua ahalbidetuz.
●ARN endogeno lehiakorren (ceRNA) sareen aukerako analisia: Zelula erregulazio-mekanismoei buruzko informazio sakonagoa eskaintzea
●Espezializazio zabala: BMKGENE-n 20.000 lagin baino gehiago prozesatzen dituen ibilbidearekin, hainbat lagin-mota eta lncRNA proiektuak barne, gure taldeak esperientzia handia dakar proiektu guztietan.
●Kalitate Kontrol zorrotza: Oinarrizko kontrol-puntuak ezartzen ditugu fase guztietan, laginak eta liburutegiak prestatzen hasi eta sekuentziazio eta bioinformatikaraino. Jarraipen zorrotz honek kalitate handiko emaitzak etengabe ematea bermatzen du.
● Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.
Lagin-baldintzak eta entrega
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen QC |
| rRNA agortutako norabide liburutegia | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Lagin-baldintzak:
Nukleotidoak:
| Konk. (ng/μl) | Kantitatea (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; Oinarrizko kota mugatua edo ez |
● Landareak:
Erroa, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hesteak: 450 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Muskulua: 600 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1,5 g
● Artropodoak:
Intsektuak: 9g
Krustazeoak: 450 mg
● Odol osoa:2 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
● Seruma eta Plasma: 6 ml
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean lehortu daitezke (adibidez, RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
circRNA iragarpena: banaketa kromosomikoa
Diferentzialki Adierazitako circRNAs - Sumendiaren diagrama
Diferentzialki Adierazitako CirRNAak - clustering hierarkikoa
CirRNAren ostalari geneen aberaste funtzionala
Arakatu BMKGene' circRNA sekuentziazio-zerbitzuek bideratzen dituzten ikerketa-aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 circRNA formazioa eta microRNA bidezko gene isiltzea hepatozelular kartzinoma erregulatzen du', Oncogene 2021 40:25, 40 (25), 4338-4351 orr. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X oo-erantzunen transkriptomeak RNA133 zirkularraren papera agerian uzten du gaixotasunen erresistentzian OsARAB-en adierazpena erregulatuz arroza', Phytopathology Research, 5 (1), 1-14 orr. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/IRUDIAK/6.
Y, H. et al. (2023) "CPSF3-k transkripzio zirkular eta linealen oreka modulatzen du kartzinoma hepatozelularrean". doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'CirRNAs-en ebaluazio integrala kardiomiopatia zirrotikoan gibel-transplantearen aurretik eta ondoren', International Immunopharmacology, 114, or. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
