Berpiatutako bereizgena
Zerbitzuaren abantailak
Takagi et al., Landare-aldizkaria, 2013
● Lokalizazio zehatza: ontziak 30 + 30 eta 200 + 200 gizabanakoak nahastu atzeko planoko zarata minimizatzeko; Mutatantsik gabeko sinonimoek oinarritutako eskualdeko aurreikuspenak.
● Analisi integrala: hautagai sakoneko gene funtzioaren oharpenak, NR, Suitzakoak, Joan, Kegg, Cog, Kog, etab.
● Txanda azkarragoa: Gene azkarren lokalizazioa 45 laneguneko epean.
● Esperientzia zabala: BMK-k milaka ezaugarri lokalizatu ditu, laborantza, uretako produktuak, basoak, fruituak, etab.
Zerbitzuaren zehaztapenak
Biztanleria:
Fenotipo kontrajarriak dituzten gurasoen progenia segregatzea.
Adibidez F2 Progeny, Atzera egitea (K. a), Birkonbinatzaileen Line (RIL)
Igerilekua nahastuz
Ezaugarri kualitatiboak lortzeko: 30 eta 50 pertsona (gutxienez 20) / ontziratu
Tratis kuantitatiboetarako: biztanleria osoko muturreko fenotipoak dituzten% 5 eta% 10eko% 5 eta% 10.
Gomendatutako sekuentziazio sakonera
Gutxienez 20x / guraso eta 1x / seme-alabak (adibidez, 30 + 30eko 30 + 30 igerilekuko kumeetarako, sekuentziazio sakonera 30x izango da ontziratu bakoitzeko)
Bioinformatika analisiak
● Genoma osoa erreserbatzen
● Datuen tratamendua
● SNP / Indel deitzea
● Hautagaien eskualdeko emanaldia
● Hautagaien Gene Funtzioaren oharra
Laginaren eskakizunak eta entrega
Laginaren baldintzak:
Nukleotidoak:
| GDNA lagina | Ehun lagina |
| Kontzentrazioa: ≥30 ng / μl | Landareak: 1-2 g |
| Zenbatekoa: ≥2 μg (VOLUMN ≥15 μL) | Animaliak: 0,5-1 g |
| Garbitasuna: od260 / 280 = 1,6-2.5 | Odol osoa: 1,5 ml |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
1.Sociation Azterketa-oinarria Distantzia Euklidearreko (Ed) hautagaiaren eskualdea identifikatzeko. Hurrengo irudian
X ardatza: kromosoma zenbakia; Dot bakoitzak SNP baten ed balioa adierazten du. Lerro beltza ED balioarekin bat dator. ED balio altuago batek gunearen eta fenotipoaren arteko elkarte esanguratsuagoa adierazten du. Dash Line Gorriak elkarte esanguratsuaren atalasea adierazten du.
2.Zoren analisia ez da SNP-indexatuta
X ardatza: kromosoma zenbakia; Dot bakoitzak SNP-indizearen balioa adierazten du. Lerro beltza SNP-indizearen balioa da. Zenbat eta balio handiagoa izan, orduan eta esanguratsuagoa da elkartea.
BMK kasua
Eragin nagusia Kuantitatezko ezaugarri kuantitatiboak FNL7.1-ek fruitu lepoko luzera duten proteina ugariak kodetzen ditu pepinoetan
Argitaratua: Landare Bioteknologia Journal, 2020
Sekuentziazio estrategia:
Gurasoak (JIN5-508, YN): Genoma osoak 34 × 20 × 20 ×.
DNA igerilekuak (50 lepo luze eta 50 lepo motz): 61 × 52 × 52 ×
Gako emaitzak
Azterketa honetan, biztanleria segregatzea (F2 eta F2: 3) Sortu zen lepo luzeko pepino lineak JIN5-508 eta lepo laburreko YN zeharkatuz. Bi DNA igerileku lepoko muturreko 50 pertsona eta lepo motz muturreko 50 pertsona eraiki zituzten. Efektu nagusia QTL ChR07-n identifikatu da BSAren analisia eta QTL mapak tradizionalak. Hautagaiaren eskualdea are gehiago murriztu zen mapak, gene adierazpen kuantifikazio eta esperimentu transgenikoak, eta horrek Gako geneak agerian utzi zituen lepoko luzera kontrolatzeko, CSFNL7.1. Gainera, CSFNL7.1 promotagailuaren polimorfismoa dagozkien adierazpenarekin lotuta aurkitu zen. Azterketa filoogenetiko gehiagok iradokitzen zuen FNL7.1 Locus oso litekeena dela Indiako jatorria izatea.
 QTL-Mapping BSAren analisian pepino lepoko luzera duen eskualde hautagaia identifikatzeko |  CHR07-n identifikatutako Pepino Lepoko QTL-ren profilak |
Xu, X., et al. "Eraginaren ezaugarri kuantitatiboak Locus FNL7.1-ek fruitu lepoko luzera duten proteina ugariak kodetzen ditu pepinoetan." Landare Bioteknologiako Journal 18.7 (2020).
