Bmkmanu s3000_spatial transkriptiboa
BMKMANU S3000 Transkriptomaren Erregimen Teknikoa
Osau
- Ebazpena: 3,5 μm
- Leku diametroa: 2,5 μm
- Leku kopurua: gutxi gorabehera 4 milioi
- 3 Capture gunea formatu posible: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm edo 15 mm * 20 mm
- Barcoded ale bakoitza 4 atalez osatutako primariekin kargatuta dago:
• MRNA Priming eta CDNAren sintesia egiteko poli (dt) buztana,
• Identifikatzaile molekular bakarra (UMI) anplifikazio bias zuzentzeko
• Barcode espaziala
• Irakurri partialaren sekuentzia loteslea 1 sekuentziazio primarioa
- H & E eta atalen orban fluoreszenteak
- Zelulen segmentazio teknologia erabiltzeko aukera: H & E orbanak, orbanak fluoreszenteak eta RNA sekuentziazioa integratzea gelaxka bakoitzaren mugak zehazteko eta gelaxka bakoitzari gene adierazpena behar bezala esleitzeko. Beherapeneko espazialaren azterketa espaziala prozesatzea zelula-ontziaren arabera.
- Maleta bereizmen analisia lortzea posible da: maila anitzeko analisi malgua 100 m-tik 3,5 UM bitartekoa da ebazpen optimoan ehun ezaugarri anitzak konpontzeko.
Bmkmanu S3000-ren abantailak
-Harrapaketa lekuak bikoiztuz 4 milioi: 3,5 um-ko bereizmen hobearekin, gene altuagoetan eta zelula bakoitzeko hautemateko. Erosketa-profiletan oinarritutako zelulen multzoa hobetu da, ehunen egiturarekin bat datorren xehetasun finagoa duena.
- Sub-zelularen bereizmena:Kapturatutako gune bakoitza> 2,5 μm-ko diametroa duten 2 milioi kodetariko espaziala eta 5 μm-ko arteko tartea duten guneen artean, espazialki transkriptomaren analisia azpi-zelulen bereizmenarekin (5 μm) gaituz.
-Maila anitzeko bereizmenaren analisia:Maila anitzeko analisi malgua 100 μm-tik 5 μm-ra bitartekoa da, bereizmen handiko ehun ezaugarriak konpontzeko.
-"Diapositiba batean hiru" zelula segmentatzeko teknologia erabiltzeko aukera:Fluoreszentzia orbanak, H & E orbanak eta RNA sekuentziazioa diapositiba bakarrean konbinatzea, gure "hiru batean" azterketa algoritmoek zelula mugen identifikazioa ahalbidetzen dute ondorengo zeluletan oinarritutako transkriptomak.
-Bateragarria sekuentziazio plataforma anitzekin: NGS biak eta irakurtzeko sekuentziazioa eskuragarri daude.
-1-8 harrapaketa aktiboaren diseinu malgua: Harrapaketa-eremuaren tamaina malgua da, 3 formatu erabiltzeko aukera izatea (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm eta 15 mm * 20 mm)
-Geldialdi bakarreko zerbitzua: Esperientzia eta trebetasunetan oinarritutako urrats guztiak barneratzen ditu, besteak beste, Cryo-Atesia, Ebakuntza, Ehunen Optimizazioa, Liburutegiko BarcoDing, Liburutegiko prestaketa, Sekuentziazioa eta Bioinformatika barne.
-Bioinformatika integrala eta emaitzen bistaratzea erabilerraza:Paketeak 29 analisi eta kalitate handiko 100 figura biltzen ditu, zinema garatutako softwarea erabiltzearekin batera, zelulen zatiketa eta lekuen klusterizazioa ikusteko eta pertsonalizatzeko.
-Datuen azterketa pertsonalizatua eta bistaratzea: Ikerketa eskaera desberdinetarako erabilgarri
-Oso trebea den talde teknikoa: 250 ehun mota baino gehiago eta 100+ espezie baino gehiagoko esperientziak, gizakiak, sagua, ugaztunak, arrainak eta landareak barne.
-Proiektu osoaren inguruko eguneratze eguneratzeak: aurrerapen esperimentalaren kontrol osoa.
-Aukerako analisi bateratua zelula bakarreko MRNA sekuentziazioarekin
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Laginaren baldintzak | Liburutegi | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitatearen kontrola |
| Urrezko kapsulatutako cryo laginak (Diametro optimoa: gutxi gorabehera. 6 × 6 × 6 mm) Lagin bakoitzeko 2 bloke 1 esperimenturako, 1 Babeskopia egiteko | S3000 CDNA Liburutegia | Illumina pe150 | 160k PE-k 100υ m-ko irakurtzen du (250 GB) | Rin> 7 |
Laginak prestatzeko orientazio eta zerbitzu-fluxuei buruzko xehetasun gehiago lortzeko, jar zaitez aske hitz egitekoBMKGENE Aditua
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginak prestatzeko fasean, hasierako RNA erauzteko epaiketa egiten da kalitate handiko RNA lor daitekeela ziurtatzeko. Ehunen optimizazioan etapa atalak zikindu eta bistaratzen dira eta mRNA ehunetik kaleratzeko baldintza baldintzak optimizatzen dira. Protokolo optimizatua liburutegiaren eraikuntzan aplikatzen da eta ondoren sekuentziazio eta datuen analisia eginez.
Zerbitzu osoko lan-fluxuak denbora errealeko eguneratzeak eta bezeroen berrespena dakar, erantzun-erantzunaren begizta erantzuteko, proiektuaren exekuzio leuna bermatuz.
BMKManu S3000-k sortutako datuak "BStMatrix" softwarea erabiliz aztertzen da, BMKGene-k diseinatu duena, zelula maila eta bereizmen anitzeko bereizmenaren matrizea sortuz. Handik, txosten estandarra sortzen da datuen kalitatearen kontrola, barne-laginaren azterketa eta talde arteko analisia biltzen dituena.
- Datuen kalitatearen kontrola:
- Datuen irteera eta kalitatearen puntuazioa banatzea
- Gene detekzioa leku bakoitzeko
- Ehunen estaldura
- Barruko laginaren azterketa:
- Gene aberastasuna
- Leku klusterizazioa, dimentsio analisia murriztua barne
- Klusterren arteko adierazpen diferentzialaren azterketa: Gene markatzaileen identifikazioa
- Markatzaile geneen oharpen funtzionala eta aberastea
- Taldearen arteko azterketa
- Laginak berriro konbinatzea bi laginetatik (adibidez, gaixotasuna eta kontrola) eta berriro klusterra
- Kluster bakoitzerako markatzaile geneak identifikatzea
- Markatzaile geneen oharpen funtzionala eta aberastea
- Taldeen arteko kluster beraren adierazpen diferentziala
Gainera, BMKGene "BStViewer" garatu da erabiltzaileari lagungarria den tresna da, erabiltzaileari genearen adierazpena eta lekua bereizmen desberdinetan ikusteko aukera ematen diona.
Bmkgene-k profilazko zerbitzu espazialak eskaintzen ditu zelula bakarreko bereizmen zehatzan (zelula-ontzian edo 100 m-tik 3,5 m-ra).
S3000 diapositiban ehunen ataletako datuen profilazio-datuek jarraian egin zuten.
Kasua 1. azterketa: saguaren garuna
S3000 saguaren garuneko atal baten azterketa ~ 94 000 zelulen identifikazioa sortu zen, zelula bakoitzeko ~ 2000 geneen sekuentziazio mediana. 3,5 um-ko bereizmen hobeak zelulen multzo multzo zehatza izan zuen transkripzio-patroietan oinarrituta, garuneko egiturak bereizten dituen zelulen multzoekin. Hau erraz ikusten da zelulen banaketa oligodendrozito gisa eta mikroglia zelulen artean, ia gris eta zurian kokatuta daudenak, hurrenez hurren.
2. azterketa 2.a: saguaren enbrioia
S3000-rekin saguaren enbrioiaren atal baten azterketa ~ 2200 000 gelaxka identifikatzea lortu zen, zelula bakoitzeko ~ 1600 geneen sekuentziazio mediana. 3,5 UM-ko bereizmen hobeak zelulen multzo multzo zehatza izan zuen transkripzio-patroietan oinarrituta, 12 kluster begien eremuan eta garunaren eremuan 28 kluster ditu.
Barruko laginak aztertzeko zelulen klusterioa:
Markatzailearen geneen identifikazioa eta banaketa espaziala:
- Goi mailako ebazpena: S1000 diapositibarekin alderatuta, S3000-ren kaptura-eremu bakoitza 2,5 μm-ko diametroa duten 4 milioi eta 3,5 μm-ko distantziara, espazialki transkriptomaren azterketa azpi-zelulen bereizmen handiagoa ahalbidetzen du (Zakarrontzi karratua: 3,5 μm).
- Goragoko eraginkortasun handiagoa: S1000 diapositibarekin alderatuta, Median_umi% 30etik% 70era igo da, Median_gene% 30etik% 60ra handitzen da
S1000 Chip-en eskema:
S3000 txiparen eskema:
