BMKMANU S1000 transkriptome espaziala
BMKMANU S1000 Transcriptome Espaziala Eskema Teknikoa
Ezaugarriak
● Bereizmena: 5 µM
● Lekuaren diametroa: 2,5 µM
● Leku kopurua: gutxi gorabehera 2 milioi
● Harrapatzeko eremuaren 3 formatu posible: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm edo 15 mm * 20 mm
● Barra kodedun ale bakoitza 4 atalez osatutako inprimagailuz kargatuta dago:
poly(dT) buztana mRNA lehening eta cDNA sintesirako
Identifikatzaile Molekular Bakarra (UMI) anplifikazio-alborapena zuzentzeko
Barra-kode espaziala
Irakurketa partzialaren 1 sekuentziazio abiarazlearen lotura-sekuentzia
● Atalen H&E eta tindaketa fluoreszentea
● Erabiltzeko aukerazelula segmentatzeko teknologia: H&E tindaketa, tindaketa fluoreszentea eta RNA sekuentziazioaren integrazioa zelula bakoitzaren mugak zehazteko eta zelula bakoitzari gene-adierazpena zuzen esleitzeko.
BMKMANU S1000ren abantailak
●Zelula azpiko Ebazpena: Harrapaketa-eremu bakoitzak > 2 milioi barra-kode espazialak zituen 2,5 µm-ko diametroa eta 5 µm-ko tartea puntu-zentroen artean, transkriptoma espazialaren analisia ahalbidetuz bereizmen azpizelularrarekin (5 µm).
●Maila anitzeko ebazpenaren analisia:Maila anitzeko analisi malgua 100 μm-tik 5 μm bitarteko ehun-ezaugarri desberdinak bereizmen optimoan ebazteko.
● "Hiru diapositiba batean" Zelula Segmentatzeko Teknologia erabiltzeko aukera:Fluoreszentzia tindaketa, H&E tindaketa eta RNA sekuentziazioa diapositiba bakarrean konbinatuz, gure "hiru batean" analisi algoritmoak zelulen mugak identifikatzea ahalbidetzen du ondorengo zeluletan oinarritutako transkriptomikarako.
●Sekuentziazio anitzeko plataformekin bateragarria: NGS eta irakurketa luzeko sekuentziazioa eskuragarri daude.
●1-8 Kaptura Eremu Aktiboen Diseinu Malgua: Harrapatzeko eremuaren tamaina malgua da, 3 formatu erabil daitezke (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm eta 15 mm * 20 mm)
●Leihatila bakarreko Zerbitzua: esperientzia eta trebetasunetan oinarritutako urrats guztiak integratzen ditu, krio-sekzioa, tindaketa, ehunen optimizazioa, barra-kode espaziala, liburutegien prestaketa, sekuentziazioa eta bioinformatika barne.
●Bioinformatika integrala eta emaitzen bistaratzea erabilerraza:paketeak 29 analisi eta kalitate handiko 100+ zifra biltzen ditu, barnean garatutako softwarearen erabilerarekin konbinatuta, zelulen zatiketa eta puntuen multzokatzea ikusteko eta pertsonalizatzeko.
●Datu pertsonalizatuak aztertzea eta bistaratzea: ikerketa-eskaera desberdinetarako eskuragarri
●Gaitasun handiko talde teknikoa: 250 ehun mota baino gehiagotan eta 100 espezie baino gehiagotan, gizakia, sagua, ugaztuna, arraina eta landareak barne.
●Proiektu osoaren eguneraketak denbora errealean: aurrerapen esperimentalaren kontrol osoarekin.
●Aukerako Joint Analisia zelula bakarreko mRNA sekuentziazioarekin
Zerbitzuaren zehaztapenak
|
Lagina Baldintzak
| Liburutegia |
Sekuentziazio estrategia
| Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| OCT-n txertatutako krio-laginak, 3 bloke lagin bakoitzeko | S1000 cDNA liburutegia | Illumina PE150 (beste plataforma batzuk eskuragarri) | 100K PE irakurketa 100 uM bakoitzeko (60-150 Gb) | RIN>7 |
Laginak prestatzeko orientabideei eta zerbitzu-fluxuari buruzko xehetasun gehiago lortzeko, mesedez hitz egin aske aBMKGENE aditua
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginak prestatzeko fasean, hasierako RNA erauzketa saiakuntza bat egiten da, kalitate handiko RNA bat lor daitekeela ziurtatzeko. Ehunen optimizazio fasean atalak tindatu eta bistaratzen dira eta ehunetatik mRNA askatzeko iragazkortasun-baldintzak optimizatzen dira. Ondoren, optimizatutako protokoloa liburutegiaren eraikuntzan aplikatzen da, eta ondoren sekuentziatu eta datuen analisia egiten da.
Zerbitzuaren lan-fluxu osoak denbora errealeko eguneraketak eta bezeroen berrespenak dakartza, erantzunaren begizta bat mantentzeko, proiektuaren exekuzio egokia bermatuz.
BMKMANU S1000-k sortutako datuak "BSTMatrix" softwarearen bidez aztertzen dira, BMKGENEk independenteki diseinatutakoa, Gene Adierazpen Matrizea sortuz. Hortik aurrera, datuen kalitatearen kontrola, barne-laginaren azterketa eta taldeen arteko analisia biltzen dituen txosten estandar bat sortzen da.
● Datuen Kalitate Kontrola:
Datuen irteera eta kalitate puntuaren banaketa
Leku bakoitzeko gene detekzioa
Ehun-estaldura
● Barne-laginaren analisia:
Gene-aberastasuna
Spot clustering, dimentsio murriztuko analisia barne
Multzoen arteko adierazpen diferentzialaren analisia: gene markatzaileen identifikazioa
Adierazpen funtzionala eta gene markatzaileen aberastea
● Taldeen arteko azterketa:
Bi laginetako lekuen birkonbinazioa (adibidez, gaixoak eta kontrola) eta birmultzoa
Kluster bakoitzeko gene markatzaileen identifikazioa
Adierazpen funtzionala eta gene markatzaileen aberastea
Taldeen arteko kluster beraren adierazpen diferentziala
Gainera, BMKGENEk garatu duen "BSTViewer" tresna erabilgarria da, erabiltzaileari gene-adierazpena eta puntuen multzokatzea bereizmen ezberdinetan ikusteko aukera ematen diona.
BMKGene-k erabilerraza den bistaratzeko softwarea garatu du
BSTViewer spot clustering maila anitzeko bereizmenean
BSTCellViewer: zelulen zatiketa automatikoa eta eskuz
Barne-laginaren analisia
Lekuen multzokatzea:
Markatzaile-geneen identifikazioa eta banaketa espaziala:
Taldeen arteko analisia
Bi taldeetako datuen konbinazioa eta birmultzoa:
Multzo berrien gene markatzaileak:
Arakatu BMKGene-ren transkriptomika espazialaren zerbitzuek BMKManu S1000 teknologiarekin egindako aurrerapenak argitalpen aipagarri honetan:
Song, X. et al. (2023) "Transcriptomics espazialak argiak induzitutako klorenkima zelulak agerian uzten ditu tomate kaluan kimuen birsorkuntza sustatzen parte hartzen dutenak".Amerikako Estatu Batuetako Zientzia Akademia Nazionalaren aktak, 120(38), or. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Zuk, Y. et al. (2023) "Sekuentzian oinarritutako espazio-transkriptomiko metodoen konparaketa sistematikoa",bioRxiv, or. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
