De novo Bakterioen Genomaren Asanblada
Bakterioen genoma muntatzeko zerbitzu osoa eskaintzen dugu, 0 hutsune bermatuz. Hori posible da irakurketa luzeko sekuentziazio teknologiak integratuz, hala nola, Nanopore eta PacBio muntatzeko eta irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina-rekin muntaia baliozkotzeko eta ONT irakurketen akatsak zuzentzeko. Gure zerbitzuak lan-fluxu bioinformatiko osoa eskaintzen du muntaketatik, oharpen funtzionaletatik eta analisi bioinformatiko aurreratutik, ikerketa-helburu zehatzak betez. Zerbitzu honek erreferentziazko genoma zehatzak garatzea ahalbidetzen du hainbat azterketa genetiko eta genomikoetarako. Gainera, tentsioen optimizazioa, ingeniaritza genetikoa eta mikrobioen teknologiaren garapena bezalako aplikazioetarako oinarria da, datu genomiko fidagarriak eta hutsunerik gabekoak bermatuz, ezagutza zientifikoak eta berrikuntza bioteknologikoa aurrera eramateko funtsezkoak.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Nahi den genomaren osotasun-mailaren arabera aukeratzeko bi aukera posibleekin.
● Zirriborroa Genomaren Aukera: Irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina NovaSeq PE150-rekin.
● Osatu 0 hutsuneko genoma.
● Irakurketa luzeko sekuentziazioa Nanopore PromethION 48 edo PacBio Revio-n genoma muntatzeko.
● Irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina NovaSeq-en genoma balioztatzeko eta akatsak zuzentzeko (Nanopore) edo genoma zirriborro bat sortzeko.
Zerbitzu Abantailak
●Zero-Gap Genoma Bermatua: Hau Illumina sekuentziazioa irakurketa luzeko sekuentziazioarekin (Nanopore edo PacBio) integratzearen ondorioz gertatzen da.
●Bioinformatikako lan-fluxu osoa:Honek genomaren muntaketa eta elementu genomiko anitzen iragarpena, geneen oharpen funtzionalak eta genomaren bistaratzeak, hala nola Circos plot, barne hartzen ditu.
●Espezializazio zabala: 20.000 mikrobio genoma baino gehiago bilduta, BMKGENEk hamarkada bateko esperientzia, analisi talde oso trebea, eduki integrala eta salmenta osteko laguntza bikaina dakartza.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.
●Hainbat sekuentziazio estrategia eskuragarri:Ikerketa-helburu eta genomaren osotasunaren eskakizun desberdinetarako.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Zerbitzua | Sekuentziazio Estrategia |
| Genomaren zirriborroa | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genoma | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (aukerakoa) |
Lagin-baldintzak:
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Zenbateko osoa (µg) | Bolumena (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Nanoporoa | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Argia | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterioak: ≥3,5x1010 zelulak
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Ondorengo analisia barne hartzen du:
● Datuen Kalitate Kontrola sekuentziatzea
● Genomaren Batzarra
● Genomaren osagaien analisia: CDS eta elementu genomiko anitzen iragarpena
● Oharpen funtzionala hainbat datu-base orokorrekin (GO, KEGG, etab.) eta datu-base aurreratuekin (CARD, VFDB, etab.)
● Genomaren bistaratzea
Genoma erraz eskura daitekeen fasta formatuan eta genomaren oharpen fitxategia (gff) eskaintzen dugu.
Geneen oharpena - GO
Geneen oharpena - CAZY karbohidratoak
Genomaren bistaratzea – Circos lursaila
Arakatu BMKGene-ren bakterioen genomaren muntaketa-zerbitzuek egindako aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez.
Dai, W. et al. (2023) 'Bacteroides uniformis F18-22-ren aurkikuntza bakterio probiotiko seguru eta berri gisa giza kolon osasuntsuko kolitis ultzeratiboa tratatzeko',Zientzia Molekularren Nazioarteko Aldizkaria, 24 (19), or. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) "Txinako faunatik blaOXA-1 eta blaNDM-1 daramatzaten Proteus mirabilis multifarmako erresistenteak: osasun publikoaren arriskua areagotzea",Zoologia Integratzailea, 16(6), 798–809 or. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) "Bacillus flexus KLBMP 4941 endofitoaren genoma sekuentzia osoak bere landareen hazkuntza sustatzeko mekanismoa eta gatzarekiko tolerantziarako oinarri genetikoak agerian uzten ditu".Bioteknologia aldizkaria, 260, 38–41 or. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Klebsiella-ren erreplikoi anitzeko erresistentzia-plasmidoek mikrobioen aurkako geneen hedapen zabala bideratzen dute',Mikrobiologian mugak, 12, or. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
