16s / 18s / Bere anplicon sekuentziazioa-pacbio
Zerbitzuaren ezaugarriak
● Sekuentziazio plataforma: Pacbio Revio
● Sekuentziazio modua: CCS (HiFi irakurtzen da)
● Xede eskualdearen anplifikazioa, eta ondoren, tandem-ek anplicons estekatzea HIFI SMRT Bell Library prestatzeko aurretik
Zerbitzuaren abantailak
●Ebazpen taxonomiko handiagoa: tHan laburreko sekuentziazioa,OTUren goi mailako sailkapen tasak gaitzea espeziearen mailan.
●Oinarrizko deia oso zehatza: Pacbio CCS moduaren sekuentziazioa (HiFi irakurtzen da).
●Isolamendua-free: Ingurumen laginetan mikrobioen konposizioa azkartzea.
●Oso aplikagarria: Mikrobioen komunitateko ikasketak.
●Azterketa bioinformatiko integrala: Azken qiime2 paketea (Ekologia mikrobioen ikuspegi kuantitatiboa) analisi ugariekin, datu baseari, oharpenari, Otu / ASV-ri dagokionez.
●Espezializazio zabala: Urtero egindako milaka anplikoki sekuentziazio-proiektuekin, BMKGene-k hamarkada bat baino gehiago ekartzen du, oso trebea den azterketa taldea, eduki integrala eta salmenta osteko laguntza bikaina.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegi | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak |
| Anplolaratze | Pacbio Revio | 30/10/30 K Etiketak (CCS) |
Laginaren baldintzak
| Kontzentrazioa (NG / μL) | Zenbateko osoa (μg) | Bolumena (μL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Gomendatutako laginaren entrega
Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbara. Laginaren bidalketa lehorra izotzarekin behar da.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi hau barne hartzen du:
● Datu gordinen kalitate kontrola
● Otu klustering / de-zarata (ASV)
● Otu oharpena
● Alpha Aniztasun Analisia: Indize anitz, Shannon, Simpson eta Ace barne.
● Beta aniztasunaren azterketa
● Taldearen arteko azterketa
● Korrelazioen analisia: ingurumen faktoreen eta konposizioaren eta aniztasunaren artean
● 16S gene funtzionalaren iragarpena
Banaketa taxonomikoaren histograma
Komunitatearen banaketa zuhaitz filogenetikoa
Alpha Aniztasunaren Analisia: Ace
aurkibide
Beta Aniztasunaren Analisia: PCOA
Taldearen analisia: ANOVA
Arakatu BMKGene-ren anplicon-en sekuentziazio zerbitzuek Pacbio-rekin errautsitako aurrerapenak argitalpen bilduma komisario baten bidez.
Gao, X. eta Wang, H. (2023) 'Rumen bakterioen profilen eta funtzioen azterketa konparatiboa fenologia desberdinetara egokitzean (berriro birendu vs belarra) alpetar alpetar alpetar belardian, hartzidura, 9 ( 1), or. 16. DOI: 10.3390 / Fermentation9010016 / S1.
Li, S. et al. (2023) "Materia iluna mikrobioaren matrikula basamortuan harrapatzea kulturmikoetan oinarritutako metagenomikan eta bereizmen handiko analisian", NPJ biofilmak eta mikrobiomak 2023 9: 1, 9 (1), 1-14. DOI: 10.1038 / S41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) "Gantz azidoen gatzak hartzidura-ezaugarrien eraginak, bakterioen aniztasuna eta sorginkeria aerobikoa, alfalfa, arroza lastoarekin eta gari-gariarekin prestatutakoa, janari eta nekazaritza zientziaren aldizkaria, 102 (4), 1475. or. 1487. DOI: 10.1002 / JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Sonchus brachyotus dc-ko laburpenen ondorio antioxidatzaileen arteko erlazio-estresa eta mikrobiota oxidatzaileen arteko elkarreragina. helduen zebrafish in oxazolonean eragindako heste oxidatiboetan, 2023 antioxidatzaileen antioxidatzaileak, Vol. 12, 192, 12 (1), or. 192. DOI: 10.3390 / antiox12010192.
