16s / 18s / Bere anplicon sekuentziazioa-ngs
Zerbitzuaren ezaugarriak
● Sekuentziazio plataforma: Illumina Novaseq.
● 16, 18 urte bitarteko eta haren anplifikazioen anplifikazioa, besteak beste, anplifikazio helburuak.
● anplikoaren aukera malguak.
● Aurreko proiektuaren esperientzia anplifikazio helburuekin.
Zerbitzuaren abantailak
●Isolamenduik gabe:Ingurumen laginetan mikrobioen konposizioaren identifikazio azkarra.
●Bereizmen handiko: Ingurumen laginetan osagai txikietan.
●Oso aplikagarria: Mikrobioen komunitateko ikasketak.
●Azterketa bioinformatiko integrala: Azken qiime2 paketea (Ekologia mikrobioen ikuspegi kuantitatiboa) analisi ugariekin, datu baseari, oharpenari, Otu / ASV-ri dagokionez.
●Espezializazio zabala: Urtero egindako 150 mila mila anplikoki sekuentziazio-proiektuekin, BMKGeneek hamarkada bat baino gehiago ekartzen du, oso trebea den azterketa taldea, eduki integrala eta salmenta osteko laguntza bikaina.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegi | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak |
| Anplolaratze | Illumina pe250 | 50/10 / 300K Etiketak (irakurtzeko bikoteak) |
Zerbitzuaren baldintzak
| Kontzentrazioa (NG / μL) | Zenbateko osoa (ng) | Bolumena (μL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Lurzorua / lohia: 1-2g
● Hesteetako edukia-animalia: 0,5-2g
● Hesteetako edukia-intsektua: 0,1-0.25g
● Landarearen azalera (sedimentu aberastua): 0,1-0,5g
● Hartzidura salda bahitu sedimentua): 0,1-0,5g
● Faiak (animalia handiak): 0,5-2g
● Faiak (sagua): 3-5grains
● Biriketako albeolar fluidoa: iragazki papera
● Baginala Swab: 5-6 swabs
● Larruazala / Genitala Swab / Saliva / Ahozko Ehun biguna / PharynGeal Swab / Rectal Swab: 2-3 swabs
● Gainazaleko mikroorganismoak: iragazki papera
● Ura / Aire / biofilm: iragazki papera
● Endofitoak: 1-2g
● Hortzetako plaka: 0,5-1g
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi hau barne hartzen du:
- Datu gordinen kalitatearen kontrola
- Otu Klustering / de-Noise (ASV)
- Otu oharpena
- Alpha Aniztasunaren Analisia: Indize anitz, Shannon, Simpson eta Ace barne.
- Beta Aniztasunaren Analisia
- Talde arteko analisia
- Korrelazioaren analisia: ingurumen faktoreen eta konposizioaren eta aniztasunaren artean
- 16S gene funtzionalaren iragarpena
Banaketa taxonomikoaren histograma
Taxonomiko ugaritasuna Bero mapa klusterra
Alpha Aniztasunaren Analisia: Rarefakzio kurba
Beta Aniztasunaren Analisia: NMDS
Taldearen analisia: Lefse Biomarker aurkikuntza
Arakatu BMKGene-ren anplicon-en sekuentziazio zerbitzuek argitalpen bilduma komisario baten bidez.
Dong, C. et al. (2022) 'Mikrobiota, mikrobiota mikrobiota eta Rhizosfera lurzoruaren eta Bark Microbiota Eucommia Ulmoides-en, mugak mikrobiologian, 13. DOI: 10.3389 / FMICB.2022.855317 / Osoa.
Li, Y. et al. (2023) "Bakterioen partzuergo sintetikoen transplantea Gardnerella vaginalis induzitutako bakterio baginosi tratamendurako saguetan, mikrobioman, 11 (1), 1-14. DOI: 10.1186 / S40168-023-01497-Y
Yang, J., Fu, Y. eta Liu, H. (2022) "Lur-oinarritutako aire-hautsaren mikrobiomak lurrean oinarritutako bizitza bioreialdien laguntza bioneceratiboa" Lunar Palace 365 ", ingurumen mikrobiomak, 17 (1), PP. 1-20. DOI: 10.1186 / S40793-022-00399-0 / zifrak / 8.
Yin, S. et al. (2022) "Nitrogeno eraldaketarekin lotutako gene funtzionalen menpeko nitrogenoen galera kontrolatutako nitrogeno galera", Bioresource Technology, 361, or. 127678. DOI: 10.1016 / J.BioTrech.2022.127678.
