Terve transkriptoomi järjestamine - Illumina
Omadused
● Kahekordne teek täieliku transkriptoomi järjestamiseks: rRNA kahanemine, millele järgneb PE150 raamatukogu ettevalmistamine ja suuruse valik, millele järgneb SE50 raamatukogu ettevalmistamine
● MRNA, lncRNA, tsircRNA ja miRNA täielik bioinformaatika analüüs eraldi bioinformaatika aruannetes
● Kogu RNA ekspressiooni ühine analüüs kombineeritud aruandes, sealhulgas Cerna Networks analüüs.
Teenuse eelised
●Regulatiivsete võrkude põhjalik analüüs: CERNA võrguanalüüs on võimaldanud mRNA, lncRNA, tsircRNA ja miRNA liigese sekveneerimine ning ammendav bioinformaatiline töövoo.
●Põhjalik annotatsioon.
●Ulatuslik teadmine: Kuna erinevates uurimisvaldkonnas on edukas üle 2100 terve transkriptoomiprojekti eduka sulgemise, toob meie meeskond igasse projekti hulga kogemusi.
●Range kvaliteedikontroll. See hoolikas seire tagab pidevalt kvaliteetsete tulemuste kohaletoimetamise.
●Müügijärgne tugi: Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpuleviimisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks
Proovi nõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestamisstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| rRNA kahanenud | Illumina PE150 | 16 GB | Q30 ≥85% |
| Valitud suurus | Illumina SE50 | 10-20m loeb |
Proovide nõuded:
Nukleotiidid:
| Konts (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud piiratud või puudub valk või DNA saastumine. | Rin≥6,0 5,0 ≥28S/18S≥1,0; Piiratud või puudub algtaseme kõrgus |
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Konteiner: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafooliumi ei soovitata)
Proovide märgistamine: rühm+kopeerige nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuiv-jää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuiva jää.
2. RNABABLE torud: RNA -proove saab kuivatada RNA stabiliseerimistorus (nt RNAstanble®) ja viia toatemperatuuril.
Teeninduse töövool
Katse kavandamine
Proovi kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatika
RNA ekspressiooni ülevaade
Diferentseeritult ekspresseeritud geenid
CERNA analüüs
Diferentseeritult väljendatud miRNA -d ja sellega seotud RNA -d
Tutvuge BMKGENE 'tervete transkriptoomide sekveneerimise teenuste abil kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Dai, Y. jt. (2022) „MRNA-de, lncRNA-de ja miRNA-de terviklikud ekspressiooniprofiilid Kashini-Becki haiguse korral, mis on tuvastatud RNA-järjestuse abil”, Molecular Omics, 18 (2), lk 154–166. doi: 10.1039/d1mo00370d.
Liu, N. Nan jt. (2022) „Apis Cerana külmakindluse täispikk transkriptoomid Changbai mäel talvitumise perioodil.”, Gene, 830, lk 146503–146503. doi: 10.1016/j.gene.2022.146503.
Wang, XJ jt. (2022) „Konkureerivate endogeensete RNA reguleerimisvõrkude multiomics integratsioonipõhine prioriteetide seadmine väikese raku kopsuvähi korral: molekulaarsed omadused ja ravimikandidaadid”, onkoloogia piirid, 12, lk. 904865. Doi: 10.3389/fonc.2022.904865/Bibtex.
Xu, P. jt. (2022) „LncRNA/trcRNA-MIRNA-mRNA ekspressiooniprofiilide integreeritud analüüs näitab uudseid teadmisi võimalike mehhanismide kohta vastuseks juurte sõlme nematoodidele maapähklis”, BMC genoomika, 23 (1), lk 1–12. doi: 10.1186/s12864-022-08470-3/joonised/7.
Yan, Z. jt. (2022) „Terve siirdamiskriptoomi RNA järjestamine toob esile molekulaarsed mehhanismid, mis on seotud brokkolijärgse kvaliteedi säilitamisega punase LED-kiirguse abil”, Ettevõttejärgse bioloogia ja tehnoloogia, 188, lk. 111878. Doi: 10.1016/j.postharvbio.2022.111878.
