Terve genoomi bisulfiidi sekveneerimine (WGBS)
Terve genoomi vesiniksulfiidi järjestamine (WGBS) on kuldstandardne metoodika DNA metüülimise põhjalikuks uurimiseks, eriti viiendal positsioonil tsütosiinis (5-mC), mis on geeniekspressiooni ja raku aktiivsuse pöördeline regulaator. WGBS-i aluseks olev põhimõte hõlmab vesiniksulfitiga töötlemist, indutseerides metüleerimata tsütosiinide muundumist uratsiiliks (C-ks U-ks), jättes metüleeritud tsütosiinid muutumatuks. See meetod pakub ühe aluse eraldusvõimet, mis võimaldab teadlastel põhjalikult uurida metüloomi ja avastada ebanormaalseid metüülimismustreid, mis on seotud erinevate seisunditega, eriti vähiga. Kasutades WGBS-i, saavad teadlased enneolematu ülevaate kogu genoomi hõlmavatest metülatsioonimaastikest, pakkudes nüansirikast arusaama epigeneetilistest mehhanismidest, mis on erinevate bioloogiliste protsesside ja haiguste aluseks.
Teenuse funktsioonid
● Nõuab võrdlusgenoomi.
● Bisulfiidi muundamise efektiivsuse jälgimiseks lisatakse lambda DNA.
● Sekveneerimine Illumina NovaSeqis.
Teenuse eelised
●DNA metüülimise uuringute kuldstandard: Sellel küpsel metüülimise muundamise töötlemise tehnoloogial on kõrge täpsus ja hea reprodutseeritavus.
●Lai katvus ja ühe aluse eraldusvõime:metüülimiskohtade tuvastamine kogu genoomi tasemel.
●Täielik platvorm:pakkuda ühtset suurepärast teenust proovide töötlemisest, raamatukogu ehitamisest, järjestamisest kuni bioinformaatika analüüsini.
●Laialdased teadmised: WGBS-i järjestamisprojektidega, mis on edukalt lõpule viidud mitmesugustes liikides, pakub BMKGENE üle kümne aasta kogemust, kõrgelt kvalifitseeritud analüüsimeeskonda, igakülgset sisu ja suurepärast müügijärgset tuge.
●Võimalus liituda transkriptoomika analüüsiga: võimaldab WGBS-i integreeritud analüüsi teiste omikaandmetega, nagu RNA-seq.
Näidiste spetsifikatsioonid
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatav andmeväljund | Kvaliteedikontroll |
| Bisulfitiga töödeldud | Illumina PE150 | 30x sügavus | Q30 ≥ 85% Bisulfiti konversioon > 99% |
Näidisnõuded
| Kontsentratsioon (ng/µL) | Kogusumma (µg) | Lisanõuded | |
| Genoomne DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Piiratud lagunemine või saastumine |
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
DNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Andmete edastamine
Sisaldab järgmist analüüsi:
● töötlemata järjestuse kvaliteedikontroll;
● kaardistamine võrdlusgenoomiga;
● 5mC metüülitud aluste tuvastamine;
● Metülatsiooni jaotuse ja annotatsiooni analüüs;
● Diferentsiaalselt metüülitud piirkondade (DMR) analüüs;
● DMR-idega seotud geenide funktsionaalne annotatsioon.
5mC metüülimise tuvastamine: metüleeritud saitide tüübid
Metüülimise kaart. 5mC metüülimise genoomi hõlmav jaotus
Kõrgelt metüleeritud piirkondade annotatsioon
Erinevalt metüleeritud piirkonnad: seotud geenid
Erinevalt metüleeritud piirkonnad: seotud geenide märkused (geeniontoloogia)
Tutvuge BMKGene'i kogu genoomi vesiniksulfiidi sekveneerimise teenustega tehtud teadusuuringute edusammudega kureeritud väljaannete kogumiku kaudu.
Fan, Y. et al. (2020) "DNA metüülimisprofiilide analüüs lamba skeletilihaste arengu ajal, kasutades kogu genoomi bisulfiti järjestust",BMC genoomika, 21 (1), lk 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) "Uudsed desoksüribonukleiinhappe metüülimise häired töötajatel, kes puutuvad kokku vinüülkloriidiga",Toksikoloogia ja tööstustervishoid, 38(7), lk 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) "Genoomi metüülimise, mittekodeerivate RNA-de, mRNA-de ja metaboliitide vahelised seosed küpsevates tomativiljades"Taimede ajakiri, 103(3), lk 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
