Spetsiifiline-locus amplifitseeritud fragmendi järjestamine (SLAF-seq)
Töövoog
Tehniline skeem
Teenindusfunktsioonid
● Sekveneerimine Novaseq -is PE150 -ga.
● Raamatukogu ettevalmistamine koos kahekordse vöötkoodiga, võimaldades koondada enam kui 1000 proovi.
● Seda tehnikat saab kasutada koos võrdlusgenoomiga või ilma, iga juhtumi jaoks erinevad bioinformaatilised torustikud:
Viitegenoomiga: SNP ja ANDEL DISCOVERY
Ilma võrdlusgenoomita: proovi klastrite ja SNP avastuseta
●räniDesignieelse etapi mitmete restriktsiooniensüümide kombinatsioonid skriinitakse, et leida need, mis genoomi piki SLAF-siltide ühtlast jaotust genereerivad.
● Eelnemiseelse katse ajal testitakse 3 proovis kolme ensüümikombinatsiooni, et genereerida 9 SLAF-i raamatukogu, ja seda teavet kasutatakse projekti jaoks optimaalse restriktsiooniensüümikombinatsiooni valimiseks.
Teenuse eelised
●Kõrge geneetilise markeri avastus: Suure läbilaskevõimega kahekordse vöötkoodisüsteemi integreerimine võimaldab suurte populatsioonide samaaegset järjestamist ja lookusespetsiifiline võimendus suurendab tõhusust, tagades, et siltide numbrid vastavad mitmesuguste uurimisküsimuste mitmekesistele nõuetele.
● Madal sõltuvus genoomist: Seda saab kasutada referentsgenoomiga või ilma.
●Paindlik skeemi kujundamine: Ühe ensüümi, kahe ensüümi, multi-ensüümi seedimist ja erinevat tüüpi ensüüme saab valida kõik, et rahuldada erinevaid uurimistöö eesmärke või liike. SelleräniEeldisain viiakse läbi optimaalse ensüümi kujunduse tagamiseks.
● Ensümaatilise seedimise kõrge efektiivsus: AN juhtivusräniEelne disain ja eksperiment tagati optimaalse disainiga SLAF-siltide ühtlase jaotusega kromosoomil (1 SLAF-silt/4KB) ja vähendatud korduv järjestus (<5%).
●Ulatuslik teadmine: Meie meeskond toob igasse projekti hulga kogemusi, kusjuures üle 5000 Slaf-seq-projekti sulgemise sadadele liikidele, sealhulgas taimedele, imetajatele, lindudele, putukatele ja veeorganismidele.
● Ise välja töötatud bioinformaatiline töövoog: BMKGENE töötas SLAF-seq jaoks välja integreeritud bioinformaatilise töövoo, et tagada lõpliku väljundi usaldusväärsus ja täpsus.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Analüüsi tüüp | Soovitatav rahvastiku skaala | Järjestamisstrateegia | |
| Sildi järjestamise sügavus | Siltide number | ||
| Geneetilised kaardid | 2 vanemat ja> 150 järglast | Vanemad: 20x WGS Väljumine: 10x | Genoomi suurus: <400 MB: WGS on soovitatav <1 GB: 100K sildid 1-2GB :: 200K sildid > 2GB: 300K sildid Max 500K sildid |
| Genoomi hõlmavad assotsiatsiooniuuringud (GWAS) | ≥200 proovi | 10x | |
| Geneetiline evolutsioon | ≥30 proovi, igast alarühmast> 10 proovi | 10x | |
Teenindusnõuded
Kontsentratsioon ≥ 5 ng/µL
Kogusumma ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agaroosgeel: puudub või on piiratud lagunemine või saastumine
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Konteiner: 2 ml tsentrifuugitoru
(Enamiku proovide jaoks soovitame mitte säilitada etanoolis)
Proovide märgistamine: proovid peavad olema selgelt märgistatud ja identsed esitatud teabevormiga.
Saadetis: kuiv-jää: proovid tuleb kõigepealt pakkida kottidesse ja matta kuiva jää.
Teenuse töövoog
Näidis QC
Pilootkatse
SLAF-Eksperiment
Raamatukogu ettevalmistamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
- Andmete järjestamine QC
- SLAF -i sildi arendamine
Viitegenoomi kaardistamine
Ilma võrdlusgenoomita: klastriteta
- SLAF -siltide analüüs: statistika, jaotus genoomis
- Markeri avastus: SNP, ANDEL, SNV, CV kutsumine ja annotatsioon
SLAF -siltide jaotus kromosoomidel:
SNP -de jaotus kromosoomides:
SNP annotatsioon
| Aasta | Ajakiri | IF | Tiitel | Rakendused |
| 2022 | Looduskommunikatsioon | 17.694 | Giga-romosoomide genoomne alus ja puupoja giga-genoom Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Uus fütoloog | 7.433 | Kodupidamise jalajäljed ankru genoomsed piirkonnad agronoomilise tähtsusega sojaoad | Slaf-gwas |
| 2022 | Ajakiri Advanced Research | 12.822 | Gossypium barbadense'i genoomi hõlmavad kunstlikud introgressioonid G. Hirsutumiks paljastage kõrgemad lookused puuvillakiudade kvaliteedi ja saagikuse samaaegseks parandamiseks omadused | SLAF-evolutsiooniline geneetika |
| 2019 | Molekulaarne taim | 10.81 | Populatsiooni genoomne analüüs ja de novo assamblee näitavad umbrohu päritolu Riis kui evolutsioonimäng | SLAF-evolutsiooniline geneetika |
| 2019 | Loodusgeneetika | 31.616 | Ühise karpkala genoomijärjestus ja geneetiline mitmekesisus | SLAF-Linkage'i kaart |
| 2014 | Loodusgeneetika | 25.455 | Kultiveeritud maapähkli genoom annab ülevaate kaunviljade karüotüüpidest, polüploidsest evolutsioon ja põllukultuuride kodustamine. | SLAF-Linkage'i kaart |
| 2022 | Taimede biotehnoloogia ajakiri | 9.803 | ST1 identifitseerimine näitab valikut, mis hõlmab seemnemorfoloogia autosoovitamist ja õlisisaldus sojaoa kodustamise ajal | SLAF-Markeri areng |
| 2022 | Rahvusvaheline ajakiri Molecular Sciences | 6.208 | Nisu-leemas mollis 2NS identifitseerimine ja DNA markerite arendamine (2D) Disoomkromosoomi asendamine | SLAF-Markeri areng |
| Aasta | Ajakiri | IF | Tiitel | Rakendused |
| 2023 | Piirid taimeteaduses | 6.735 | QTL -i kaardistamine ja suhkrusisalduse transkriptoomianalüüs puuviljade küpsemise ajal Pyrus pürifoolia | Geneetiline kaart |
| 2022 | Taimede biotehnoloogia ajakiri | 8.154 | ST1 identifitseerimine näitab valikut, mis hõlmab seemnete morfoloogia ja õlisisalduse autot sojaoa kodustamise ajal
| SNP -kõne |
| 2022 | Piirid taimeteaduses | 6.623 | Hoorede kogu genoomi hõlmav assotsiatsioon, vaevalt fenotüüpide põuakeskkonnas.
| Gwas |
