Väike RNA sekveneerimine-Illumina
Omadused
● Raamatukogu ettevalmistamine hõlmab suuruse valimise etappi
● Bioinformaatiline analüüs, mis keskendub miRNA ennustamisele ja nende sihtmärkidele
Teenuse eelised
●Põhjalik bioinformaatika analüüs:Võimaldab identifitseerida nii tuntud kui ka uudseid miRNA-sid, tuvastada miRNA-de sihtmärke ning vastavat funktsionaalset annotatsiooni ja rikastamist mitme andmebaasiga (KEGG, GO)
●Range kvaliteedikontroll: rakendame põhilisi kontrollpunkte kõikides etappides, alates proovide ja raamatukogu ettevalmistamisest kuni järjestamise ja bioinformaatikani. See hoolikas jälgimine tagab püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamise.
●Müügijärgne tugi: Meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
●Laialdased teadmised: Meie meeskond on edukalt lõpetanud mitme sRNA projekti, mis hõlmavad enam kui 300 liiki erinevates uurimisvaldkondades, ning toob meie meeskond igasse projekti kaasa hulgaliselt kogemusi.
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Platvorm | Soovitatavad andmed | Andmete QC |
| Suurus valitud | Illumina SE50 | 10–20 miljonit lugemist | Q30≥85% |
Näidisnõuded:
Nukleotiidid:
| Kontsentr. (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; algtaseme tõus on piiratud või puudub |
● Taimed:
Juur, vars või kroonleht: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puuviljad: 1,2 g
● Loom:
Süda või soolestik: 450 mg
Siseelundid või aju: 240 mg
Lihas: 600 mg
Luud, juuksed või nahk: 1,5 g
● lülijalgsed:
Putukad: 9g
Koorik: 450 mg
● täisveri: 2 toru
● Rakud: 106 rakud
● Seerum ja plasma:6 ml
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta jäässe.
2. RNA-stabiilsed katseklaasid: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimistuubis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatika
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● sRNA klassifikatsioon
● Joondamine võrdlusgenoomiga
● Tuntud ja uudse miRNA tuvastamine
● Diferentsiaalne miRNA ekspressioonianalüüs
● miRNA sihtmärkide funktsionaalne annotatsioon
MiRNA identifitseerimine: struktuur ja sügavus
MiRNA diferentsiaalne ekspressioon – hiearhiline klasterdamine
Erinevalt ekspresseeritud miRNA-de sihtmärgi funktsionaalne annotatsioon
Tutvuge BMKGene'i sRNA sekveneerimisteenuste pakutavate teadusuuringute edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Chen, H. et al. (2023) "Virusinfektsioonid inhibeerivad saponiini biosünteesi ja fotosünteesi Panax notoginsengis", Plant Physiology and Biochemistry, 203, lk. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) "Taime FYVE domeeni sisaldav valk FREE1 seostub mikroprotsessori komponentidega, et represseerida miRNA biogeneesi", teatab EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) "MicroRNA Ame-Bantam-3p kontrollib vastsete nuku arengut, sihites mitut epidermise kasvufaktori sarnase domeeni 8 geeni (megf8) mesilases, Apis mellifera", International Journal of Molecular Sciences, 24(6), lk . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) „MiRNA ja lihakvaliteediga seotud geenide integreeritud analüüs näitab, et Gga-MiR-140-5p mõjutab lihasesisese rasva ladestumist kanadel”, Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), lk 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
