Väikesed RNA-d on lühikeste mittekodeerivate RNA-de tüüp, mille keskmine pikkus on 18–30 nt, sealhulgas miRNA, siRNA ja piRNA. On teatatud, et need väikesed RNA-d osalevad massiliselt erinevates bioloogilistes protsessides, nagu mRNA lagunemine, translatsiooni inhibeerimine, heterokromatiini moodustumine jne. Väikese RNA sekveneerimisanalüüsi on laialdaselt kasutatud loomade/taimede arengu, haiguste, viiruste jne uuringutes. Väike RNA sekveneerimisanalüüsi platvorm koosneb standardanalüüsist ja täiustatud andmete kaevandamisest. RNA-seq andmete põhjal võib standardanalüüsiga saavutada miRNA identifitseerimise ja ennustamise, miRNA sihtgeeni ennustamise, annotatsiooni ja ekspressioonianalüüsi. Täiustatud analüüs võimaldab kohandatud miRNA otsimist ja ekstraheerimist, Venni diagrammi genereerimist, miRNA ja sihtgeenivõrgu ülesehitamist.
