Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Logi sisse

Tooted

Ühetuumaline RNA sekveneerimine

Ühetuumalise RNA sekveneerimise esiletõstetud pilt

Üherakulise püüdmise ja kohandatud raamatukogu ehitamise tehnikate arendamine koos suure läbilaskevõimega järjestamisega on muutnud geeniekspressiooniuuringuid raku tasandil. See läbimurre võimaldab keerukate rakupopulatsioonide sügavamat ja põhjalikumat analüüsi, ületades piirangud, mis on seotud geeniekspressiooni keskmistamisega kõigis rakkudes ja säilitades nende populatsioonide tõelise heterogeensuse. Kuigi üherakulise RNA sekveneerimisel (scRNA-seq) on vaieldamatud eelised, puutub see kokku väljakutsetega teatud kudedes, kus üherakulise suspensiooni loomine osutub keeruliseks ja nõuab värskeid proove. BMKGene'is tegeleme selle tõkkega, pakkudes ühetuumalise RNA sekveneerimist (snRNA-seq), kasutades nüüdisaegset 10X Genomics Chromiumi tehnoloogiat. See lähenemisviis laiendab proovide spektrit, mida saab ühe raku tasemel transkriptoomianalüüsi teha.

Tuumade isoleerimine saavutatakse uuendusliku 10X Genomics Chromium kiibi kaudu, millel on kaheksa kanaliga topeltristamistega mikrofluidikasüsteem. Selles süsteemis on vöötkoode, praimereid, ensüüme ja ühte tuuma sisaldavad geelihelmed kapseldatud nanoliitristesse õlitilkadesse, moodustades geelihelmeste emulsiooni (GEM). Pärast GEM-i moodustumist toimub igas GEM-is rakkude lüüs ja vöötkoodi vabanemine. Seejärel läbivad mRNA molekulid pöördtranskriptsiooni cDNA-deks, mis sisaldavad 10-kordseid vöötkoode ja unikaalseid molekulaarseid identifikaatoreid (UMI). Seejärel tehakse nende cDNA-de jaoks standardne sekveneerimisraamatukogu konstrueerimine, mis hõlbustab geeniekspressiooniprofiilide tugevat ja kõikehõlmavat uurimist üherakulisel tasemel.

Platvorm: 10× Genomics Chromium ja Illumina NovaSeq platvorm

Võtke meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Esiletõstetud väljaanded

Tehniline skeem

Tuumade isoleerimine saavutatakse 10× Genomics Chromium™ abil, mis koosneb kaheksakanalilisest topeltristmetega mikrofluidikasüsteemist. Selles süsteemis on vöötkoodide ja praimeri, ensüümide ja ühe tuumaga geelihelmed kapseldatud nanoliitrisesse õlitilga, mis tekitab GEM-i (Gel Bead-in-Emulsion). Kui GEM on moodustunud, viiakse igas GEM-is läbi rakkude lüüs ja vöötkoodide vabastamine. mRNA pöördtranskribeeritakse 10-kordsete vöötkoodide ja UMI-ga cDNA molekulideks, mille suhtes kohaldatakse täiendavalt standardset sekveneerimisraamatukogu konstruktsiooni.

Omadused

● Ühetuumalise suspensiooni valmistamine külmutatud kudedest

● Gel Bead-in-Emulsion (GEM) moodustumine, millele järgneb cDNA süntees

● GEM-i iga rant on täidetud neljast osast koosneva praimeriga.

polü(dT) saba mRNA praimimiseks ja cDNA sünteesiks,

Unikaalne molekulaarne identifikaator (UMI) võimenduse nihke korrigeerimiseks

10x vöötkood

Osalise lugemise 1 sekveneerimispraimeri sidumisjärjestus

Eelised

Ühetuumaline RNA sekveneerimine väldib üherakulise RNA sekveneerimise piiranguid, võimaldades:

● Külmutatud proovide kasutamine, mitte ainult värskete proovidega

● Külmutatud rakkude madal stress võrreldes värskete rakkude ensümaatilise töötlemisega, mis kajastub transkriptsiooniandmetes vähem stressiga indutseeritud geenidena

● Punaste vereliblede eelnev eemaldamine pole vajalik

● Piiramatu raku läbimõõt

● Suur hulk proove, mis sobivad analüüsimiseks, sealhulgas keerulised ja haprad koetüübid, mis võivad koe dissotsiatsiooni käigus rakkude kokkukleepumist või hävimist.

Proovid, mida ei saa analüüsida üherakulise RNA sekveneerimisega ja mis sobivad ühetuumalise RNA sekveneerimiseks:

Rakk / kude	Põhjus
Värske külmutatud kude	Värskeid või kaua salvestatud organisatsioone ei õnnestu hankida
Lihasrakud, megakarüotsüüdid, rasv…	Lahtri läbimõõt on instrumenti sisenemiseks liiga suur
Maksa…	Liiga habras, et murda, ei suuda eristada üksikuid rakke
Neuronrakk, aju…	Tundlikum, kergemini stressitav, muudab järjestuse tulemusi
Pankreas, kilpnääre…	Rikas endogeensete ensüümide poolest, mis mõjutavad üherakulise suspensiooni tootmist

Ühetuumaline vs üherakuline

Ühetuumaline	Üherakuline
Piiramatu raku läbimõõt	Raku läbimõõt: 10-40 μm
Materjaliks võib olla külmutatud kude	Materjal peab olema värske kude
Külmunud rakkude madal stress	Ensüümravi võib põhjustada raku stressireaktsiooni
Punaseid vereliblesid pole vaja eemaldada	Punased verelibled tuleb eemaldada
Tuuma väljendab bioinformatsiooni	Kogu rakk väljendab bioinformatsiooni

Tehnilised andmed

Näidisnõuded

Raamatukogu

Järjestusstrateegia

Soovitatavad andmed

Kvaliteedikontroll

Loomkude ≥ 200 mg

Taimekude ≥ 400 mg

10x Genomics sn cDNA raamatukogu

Illumina PE150

100 000 PE lugemist raku kohta

(100–200 Gb)

700–1200 tuuma/μl ja mikroskoobi all täheldatud tuumade terviklikkust

Näidiste ettevalmistamise juhiste ja teeninduse töövoo kohta lisateabe saamiseks võtke ühendust aadressil aBMKGENE ekspert

Teeninduse töövoog

Eelmine: Taime/looma kogu genoomi järjestamine

Järgmine: Kogu genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs

Sisaldab järgmist analüüsi:

● Kvaliteedikontroll: rakkude arv, geenide tuvastamine, rakkude täpne identifitseerimine, RNA molekulid ja ekspressiooni kvantifitseerimine

● Siseproovi analüüs:

Lahtrite rühmitamine ja klastri annotatsioon

Diferentsiaalekspressiooni analüüs: DEG-de tuvastamine klastrites

Klastrite DEG-de funktsionaalne annotatsioon ja rikastamine

● Gruppidevaheline analüüs:

Andmete kombinatsioon

Diferentsiaalekspressiooni analüüs: DEG-de tuvastamine rühmades

Grupi DEG-de funktsionaalne annotatsioon ja rikastamine

● Täpsem analüüs:

Rakutsükli analüüs

Pseudoaja analüüs

Mobiilside analüüs (CellPhoneDB)

Geenikomplekti rikastamise analüüs (GSEA)

Siseproovi analüüs

Rakkude rühmitamine:

Diferentsiaalekspressiooni analüüs: klastri DEG-id

Gruppidevaheline analüüs

Diferentsiaalväljenduse analüüs: rühm DEG

Täpsem analüüs:

Pseudoaja analüüs:

Rakutsükli analüüs:

Tutvuge BMKGene'i ühetuumaliste RNA sekveneerimisteenuste 10X Chromiumi edusammudega nendes väljaannetes:

Wang, L. et al. (2021) "Üherakuline transkriptoomiline analüüs paljastab kopsude immuunmaastiku steroidresistentse astma ägenemise korral"Ameerika Ühendriikide riikliku teaduste akadeemia toimetised, 118(2), lk. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) "Ülemaailmne reguleeriv võrgustik düsreguleeritud geeniekspressiooni ja ebanormaalsete metaboolsete signaalide jaoks immuunrakkudes Gravesi tõve ja Hashimoto türeoidiidi mikrokeskkonnas",Immunoloogia piirid, 13, lk. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. et al. (2023) "Üherakuline transkriptoom paljastab leukotsüütide heterogeensuse ja immuunvastused pärast vaktsineerimist lesta (Paralichthys olivaceus) inaktiveeritud Edwardsiella tardaga"Vesiviljelus, 566, lk. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) "Fotodünaamiline teraapia parandab immuunsüsteemi kontrollpunkti inhibiitorite tulemusi kasvajavastase immuunsuse ümberkujundamise kaudu maovähiga patsientidel"Maovähk, 26(5), lk 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.