Vähendatud esituse bisulfiidi järjestamine (RRBS)
Vähendatud esindatuse bisulfiidi järjestamine (RRBS) on DNA metüleerimise uuringutes muutunud kulutõhusaks ja tõhusaks alternatiiviks kogu genoomi bisulfiidi järjestamisele (WGBS). Kuigi WGBS pakub põhjalikke teadmisi, uurides kogu genoomi ühe baasi eraldusvõimega, võivad selle kõrged kulud olla piiravaks teguriks. RRBS leevendab seda väljakutset strateegiliselt, analüüsides valikuliselt genoomi esinduslikku osa. See metoodika tugineb CPG saare rikkalike piirkondade rikastamisele MSPI lõhustumisega, millele järgneb suurusvalik 200-500/600 BPS fragmentidega. Järelikult sekveneeritakse ainult CPG saartele proksimaalsed piirkonnad, samas kui kauge CPG saartega on analüüsist välja jäetud. See protsess koos bisulfiidi sekveneerimisega võimaldab DNA metüülimise kõrge eraldusvõimega tuvastamist ja järjestamispõhimõte PE150 keskendub spetsiaalselt sisetükkide otstele, mitte keskosale, suurendades metüülimisprofiili efektiivsust. RRBS on hindamatu tööriist, mis võimaldab kulutõhusaid DNA metüülimisuuringuid ja edendab teadmisi epigeneetiliste mehhanismide kohta.
Teenindusfunktsioonid
● Nõuab võrdlusgenoomi.
● Lambda DNA -d kasutatakse bisulfiidi muundamise efektiivsuse jälgimiseks.
● Jälgitakse ka MSPI seedimise efektiivsust.
● Taimeproovide topelt ensüümi seedimine.
● Sekveneerimine Illumina Novaseq.
Teenuse eelised
●Kulutõhus ja tõhus alternatiiv WGB-dele: Analüüsi lubamine madalamate kuludega ja madalamate proovinõuetega.
●Täielik platvorm:Pakkuge ühekordse suurepärase teenuse alates proovide töötlemisest, raamatukogude ehitamisest ja järjestamisest kuni bioinformaatika analüüsi.
●Ulatuslik teadmine: Kuna RRBS-sekveneerimisprojektid on edukalt lõpule viidud mitmesuguste liikide hulgas, toob BMKGENE üle kümne aasta kogemuse, kõrge kvalifikatsiooniga analüüsimeeskonna, põhjaliku sisu ja suurepärase müügijärgse toe.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Raamatukogu | Järjestamisstrateegia | Soovitatav andmete väljund | Kvaliteedikontroll |
| MSPI seeditud ja bisulfitega töödeldud raamatukogu | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Bisulfiidi muundamine> 99% MSPI lõikamise efektiivsus> 95% |
Proovinõuded
| Kontsentratsioon (ng/µl) | Kogusumma (µg) |
| |
| Genoomne DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Piiratud lagunemine või saastumine |
Teeninduse töövool
Proovi kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
● RAW -sekveneerimise kvaliteedikontroll;
● kaardistamine viitegenoomiga;
● 5MC metüleeritud aluste tuvastamine ja motiivi identifitseerimine;
● metüülimise jaotuse ja proovi võrdluse analüüs;
● diferentseeritult metüleeritud piirkondade (DMR) analüüs;
● DMR -dega seotud geenide funktsionaalne märkus.
Kvaliteedikontroll: seedimise efektiivsus (genoomi kaardistamisel)
Kvaliteedikontroll: bisulfiidi muundamine (metüülimise teabe ekstraheerimisel)
Metüülimiskaart: 5MC metüülimise genoomi hõlmav jaotus
Proovide võrdlus: põhikomponentide analüüs
Diferentseeritult metüleeritud piirkonnad (DMRS) analüüs: soojuskaart
Uurige teadusuuringute edusamme, mida hõlbustas kogu Bmkgene'i genoomi bisulfiidi järjestamisteenused kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Li, Z. jt. JaPnas nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pGAC179.
Tian, H. jt. (2023) „Hiina monosügootsete kaksikute keha koostise genoomi hõlmav DNA metüülimisanalüüs”,Euroopa kliinilise uurimise ajakiri, 53 (11), lk. E14055. doi: 10.1111/eci.14055.
Wu, Y. jt. JaEndokrinoloogilise uurimise ajakiri, 45 (12), lk 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
