Prokarüootse RNA sekveneerimine
Omadused
● RNA proovi töötlemine hõlmas rRNA ammendumist, millele järgnes suunatud RNA raamatukogu ettevalmistamine.
● Bioinformaatiline analüüs, mis põhineb võrdlusgenoomiga joondamisel
● Analüüs hõlmab geeniekspressiooni ja DEG-sid, aga ka transkriptsiooni struktuuri ja sRNA analüüsi
Teenuse eelised
●Range kvaliteedikontroll: rakendame põhilisi kontrollpunkte kõigis etappides, alates proovide ja raamatukogu ettevalmistamisest kuni järjestamise ja bioinformaatikani. See hoolikas jälgimine tagab püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamise.
●Strand-spetsiifilised sekveneerimisandmed: kuna RNA raamatukogu ettevalmistamine on suunatud, mis võimaldab tuvastada antisenss-transkripte.
●Prokarüootsete transkriptoomide jaoks kohandatud täielik analüüs: bioinformaatiline torujuhe ei sisalda mitte ainult geeniekspressiooni analüüsi, vaid ka transkriptsioonistruktuuri analüüsi, sealhulgas operonite, UTR-ide ja promootorite tuvastamist. See hõlmab ka sRNA-de analüüsi, nimelt sekundaarse struktuuri ja sihtmärkide annoteerimist ja ennustamist.
●Müügijärgne tugi: meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| rRNA ammendunud suunaraamatukogu | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Näidisnõuded:
| Kontsentr. (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | RIN≥6,5 |
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta jäässe.
2. RNA-stabiilsed katseklaasid: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimistuubis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatilise analüüsi töövoog
Sisaldab järgmist analüüsi:
● Toorandmete kvaliteedi kontroll
● Joondamine võrdlusgenoomiga
● Library Quality Assessment: RNA fragmentatsiooni juhuslikkus, inserti suurus ja järjestuse küllastus
● Prognoositavate kodeerivate geenide funktsionaalne annotatsioon
● Väljendusanalüüs: korrelatsiooni- ja põhikomponentide analüüs (PCA)
● Diferentsiaalne geeniekspressioon (DEG)
● Funktsionaalne annotatsioon ja DEG-de rikastamine
● sRNA analüüs: ennustus, annotatsioon, sihtmärgi ja sekundaarse struktuuri ennustamine
● Transkriptsioonistruktuuri analüüs: operonid, algus- ja lõpppositsioonid, tõlkimata piirkond (UTS), promootor ja SNP/InDeli analüüs
Järjestuse küllastus
Kodeerivate geenide funktsionaalne annotatsioon
Korrelatsioon proovide vahel
Diferentseeritud ekspresseeritud geenide (DEG) analüüs
Funktsionaalse rikastamise analüüs
sRNA annotatsioon
Tutvuge selles esiletoodud väljaandes BMKGene'i Nanopore'i täispika mRNA sekveneerimisteenustega tehtud edusammudega.
Guan, CP et al. (2018) "Biofilmi moodustava Staphylococcus epidermidis'e globaalsed transkriptsioonimuutused, mis reageerivad Sophorea alopecuroides'i alkaloididele",Poola mikrobioloogia ajakiri, 67(2), lk. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
