-
BMKMANU S3000_Spatial Transkriptome
Ruumiline transkriptoomika on teadusliku innovatsiooni esirinnas, andes teadlastele võimaluse süveneda kudede keerulistesse geeniekspressiooni mustritesse, säilitades samal ajal nende ruumilise konteksti. Erinevate platvormide keskel on BMKGene välja töötanud BMKManu S3000 ruumilise transkriptsioonikiibi, millel on täiustatud eraldusvõime 3,5 µm, mis ulatub rakusisesesse vahemikku ja võimaldab mitmetasandilisi eraldusvõime sätteid. Ligikaudu 4 miljoni täpiga S3000 kiip kasutab mikrosüvendeid, mis on kaetud ruumiliselt vöötkoodiga püüdmissondidega täidetud helmestega. Ruumiliste vöötkoodidega rikastatud cDNA raamatukogu valmistatakse S3000 kiibist ja sekveneeritakse seejärel Illumina NovaSeq platvormil. Ruumiliselt vöötkoodiga näidiste ja UMI-de kombinatsioon tagab genereeritud andmete täpsuse ja spetsiifilisuse. BMKManu S3000 kiip on äärmiselt mitmekülgne, pakkudes mitmetasandilisi eraldusvõime sätteid, mida saab täpselt häälestada erinevatele kudedele ja soovitud detailitasemetele. See kohanemisvõime positsioneerib kiibi suurepärase valikuna erinevate ruumilise transkriptoomika uuringute jaoks, tagades täpse ruumilise rühmituse minimaalse müraga. Rakkude segmenteerimise tehnoloogia kasutamine BMKManu S3000-ga võimaldab piiritleda transkriptsiooniandmed rakkude piirideni, mille tulemuseks on analüüs, millel on otsene bioloogiline tähendus. Lisaks põhjustab S3000 täiustatud eraldusvõime raku kohta suuremat arvu geene ja UMI-sid, mis võimaldab ruumiliste transkriptsioonimustrite ja rakkude rühmitamise palju täpsemat analüüsi.
-
Ühetuumaline RNA sekveneerimine
Üherakulise püüdmise ja kohandatud raamatukogu ehitamise tehnikate arendamine koos suure läbilaskevõimega järjestamisega on muutnud geeniekspressiooniuuringuid raku tasandil. See läbimurre võimaldab keerukate rakupopulatsioonide sügavamat ja põhjalikumat analüüsi, ületades piirangud, mis on seotud geeniekspressiooni keskmistamisega kõigis rakkudes ja säilitades nende populatsioonide tõelise heterogeensuse. Kuigi üherakulise RNA sekveneerimisel (scRNA-seq) on vaieldamatud eelised, puutub see kokku väljakutsetega teatud kudedes, kus üherakulise suspensiooni loomine osutub keeruliseks ja nõuab värskeid proove. BMKGene'is tegeleme selle tõkkega, pakkudes ühetuumalise RNA sekveneerimist (snRNA-seq), kasutades nüüdisaegset 10X Genomics Chromiumi tehnoloogiat. See lähenemisviis laiendab proovide spektrit, mida saab üherakulisel tasemel transkriptoomi analüüsida.
Tuumade isoleerimine saavutatakse uuendusliku 10X Genomics Chromium kiibi kaudu, millel on kaheksa kanaliga topeltristamistega mikrofluidikasüsteem. Selles süsteemis on vöötkoode, praimereid, ensüüme ja ühte tuuma sisaldavad geelihelmed kapseldatud nanoliitristesse õlitilkadesse, moodustades geelihelmeste emulsiooni (GEM). Pärast GEM-i moodustumist toimub igas GEM-is rakkude lüüs ja vöötkoodi vabanemine. Seejärel läbivad mRNA molekulid pöördtranskriptsiooni cDNA-deks, mis sisaldavad 10-kordseid vöötkoode ja unikaalseid molekulaarseid identifikaatoreid (UMI). Seejärel tehakse nende cDNA-de jaoks standardne sekveneerimisraamatukogu konstrueerimine, mis hõlbustab geeniekspressiooniprofiilide tugevat ja kõikehõlmavat uurimist üherakulisel tasemel.
Platvorm: 10× Genomics Chromium ja Illumina NovaSeq platvorm
-
10x Genomics Visiumi ruumiline transkriptoom
Ruumiline transkriptoomika on tipptehnoloogia, mis võimaldab teadlastel uurida kudedes geeniekspressiooni mustreid, säilitades samal ajal nende ruumilise konteksti. Üks võimas platvorm selles domeenis on 10x Genomics Visium koos Illumina sekveneerimisega. 10X Visiumi põhimõte seisneb spetsiaalsel kiibil, millel on määratud püüdmisala, kuhu asetatakse kudede lõigud. See püüdmisala sisaldab vöötkoodiga laike, millest igaüks vastab ainulaadsele ruumilisele asukohale koes. Seejärel märgistatakse koest püütud RNA molekulid pöördtranskriptsiooniprotsessi käigus ainulaadsete molekulaarsete identifikaatoritega (UMI). Need vöötkoodiga laigud ja UMI-d võimaldavad täpset ruumilist kaardistamist ja geeniekspressiooni kvantifitseerimist üherakulise eraldusvõimega. Ruumiliselt vöötkoodiga näidiste ja UMI-de kombinatsioon tagab genereeritud andmete täpsuse ja spetsiifilisuse. Seda ruumitranskriptoomika tehnoloogiat kasutades saavad teadlased sügavamalt mõista rakkude ruumilist korraldust ja kudedes toimuvaid keerukaid molekulaarseid interaktsioone, pakkudes hindamatut teavet bioloogiliste protsesside aluseks olevate mehhanismide kohta mitmes valdkonnas, sealhulgas onkoloogias, neuroteaduses, arengubioloogias ja immunoloogias. ja botaanilised uuringud.
Platvorm: 10X Genomics Visium ja Illumina NovaSeq
