-
Tööriistakomplektid
BMKCloud on juhtiv bioinformaatikaplatvorm, mis pakub genoomiprogrammidele ühtset lahendust, mida laialdaselt usaldavad teadlased erinevatest valdkondadest, sealhulgas meditsiini-, põllumajandus-, keskkonna- jne. BMKCloud on pühendunud integreeritud, usaldusväärsete ja tõhusate teenuste, sealhulgas bioinformaatilise analüüsi platvormide ja tööriistade pakkumisele. , arvutusressursid, avalik andmebaas, bioinformaatika veebikursused jne. BMKCloudil on mitmesuguseid sageli kasutatavaid bioinformaatilisi tööriistu, sealhulgas geeniannotatsioon, evolutsioonilised geneetilised tööriistad, ncRNA, andmete kvaliteedi kontroll, kokkupanek, joondamine, andmete ekstraheerimine, mutatsioonid, statistika, jooniste generaator, järjestuste analüüs jne.
-
De novo bakteriaalse genoomi assamblee
Pakume täielikku bakterigenoomi kokkupanemise teenust, garanteerides 0 lünka. See on võimalik, integreerides pika lugemisega järjestustehnoloogiad, nagu Nanopore ja PacBio kokkupanekuks ning lühilugemisjärjestus koos Illuminaga kooste valideerimiseks ja ONT-lugemiste vigade parandamiseks. Meie teenus pakub täielikku bioinformaatilist töövoogu alates kokkupanekust, funktsionaalsest annotatsioonist ja täiustatud bioinformaatilisest analüüsist, täites konkreetseid uurimiseesmärke. See teenus võimaldab välja töötada täpsed etalongenoomid erinevate geneetiliste ja genoomiliste uuringute jaoks. Lisaks on see aluseks sellistele rakendustele nagu tüvede optimeerimine, geenitehnoloogia ja mikroobitehnoloogia arendamine, tagades usaldusväärsed ja lünkadeta genoomiandmed, mis on üliolulised teaduslike arusaamade ja biotehnoloogilise innovatsiooni edendamiseks.
-
väike RNA
Väikesed RNA-d on tüüpi lühikesed mittekodeerivad RNA-d, mille keskmine pikkus on 18–30 nt, sealhulgas miRNA, siRNA ja piRNA. On teatatud, et need väikesed RNA-d osalevad massiliselt erinevates bioloogilistes protsessides, nagu mRNA lagunemine, translatsiooni inhibeerimine, heterokromatiini moodustumine jne. Väikese RNA sekveneerimisanalüüsi on laialdaselt kasutatud loomade/taimede arengu, haiguste, viiruste jne uuringutes. Väike RNA sekveneerimisanalüüsi platvorm koosneb standardanalüüsist ja täiustatud andmete kaevandamisest. RNA-seq andmete põhjal võib standardanalüüsiga saavutada miRNA identifitseerimise ja ennustamise, miRNA sihtgeeni ennustamise, annotatsiooni ja ekspressioonianalüüsi. Täiustatud analüüs võimaldab kohandatud miRNA otsimist ja ekstraheerimist, Venni diagrammi genereerimist, miRNA ja sihtgeenivõrgu ülesehitamist.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS on terve genoomi uuesti sekveneerimise analüüsiplatvorm, mis on välja töötatud rikkalike kogemuste põhjal Biomarker Technologies. See hõlpsasti kasutatav platvorm võimaldab integreeritud analüüsi töövoo kiiret esitamist, määrates lihtsalt mõned põhiparameetrid, mis sobivad nii Illumina platvormilt kui ka BGI sekveneerimisplatvormilt genereeritud DNA sekveneerimisandmete jaoks. Seda platvormi kasutatakse suure jõudlusega andmetöötlusserveris, mis võimaldab väga tõhusat andmeanalüüsi väga piiratud aja jooksul. Isikupärastatud andmete kaevandamine on saadaval standardanalüüsi alusel, sealhulgas muteeritud geenipäring, PCR praimeri disain jne.
-
mRNA (viide)
Transkriptoom on seos genoomse geneetilise teabe ja bioloogilise funktsiooni proteoomi vahel. Transkriptsioonitaseme reguleerimine on organismide kõige olulisem ja enim uuritud reguleerimisviis. Transkriptoomide sekveneerimine võib sekveneerida transkriptoomi mis tahes ajahetkel või mis tahes tingimustes ühe nukleotiidi täpsusega. See võib dünaamiliselt kajastada geeni transkriptsiooni taset, samaaegselt tuvastada ja kvantifitseerida haruldasi ja normaalseid transkripte ning anda struktuuriteavet konkreetsete ärakirjade näidised.
Praegu on transkriptoomide järjestamise tehnoloogiat laialdaselt kasutatud agronoomias, meditsiinis ja muudes uurimisvaldkondades, sealhulgas loomade ja taimede arengu reguleerimises, keskkonnaga kohanemises, immuunkoostoimes, geenide lokaliseerimises, liikide geneetilises evolutsioonis ning kasvajate ja geneetiliste haiguste tuvastamises.
-
Metagenoomika (NGS)
See analüüsiplatvorm on mõeldud haavli metagenoomiliste andmete analüüsimiseks aastatepikkuse kogemuse põhjal. See koosneb integreeritud töövoost, mis sisaldab mitmesuguseid tavaliselt vajalikke metagenoomika analüüse, sealhulgas andmetöötlust, liigitaseme uuringuid, geenifunktsiooni taseme uuringuid, metagenoomide sidumist jne. Lisaks on standardse analüüsi töövoo korral saadaval kohandatud andmekaevetööriistad, sealhulgas geenide ja liikide päring. , parameetrite seadistamine, isikupärastatud figuuri genereerimine jne.
-
LncRNA
Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA) on teatud tüüpi transkriptid, mille pikkus on üle 200 nt ja mis ei suuda valke kodeerida. Kogunenud tõendid näitavad, et enamik lncRNA-sid on suure tõenäosusega funktsionaalsed. Suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogiad ja bioinformaatilised analüüsitööriistad võimaldavad meil tõhusamalt paljastada lncRNA järjestusi ja asukohateavet ning viia meid avastama oluliste regulatiivsete funktsioonidega lncRNA-sid. BMKCloud pakub uhkusega oma klientidele lncRNA sekveneerimise analüüsiplatvormi, et saavutada kiire, usaldusväärne ja paindlik lncRNA analüüs.
-
GWAS
Genoomi hõlmava assotsiatsiooniuuringu (GWAS) eesmärk on tuvastada geneetilisi variante (genotüüp), mis on seotud spetsiifiliste tunnustega (fenotüüp). GWA uuringud uurivad geneetilisi markereid, mis läbivad suure hulga indiviidide kogu genoomi ja ennustavad genotüübi-fenotüübi seoseid statistilise analüüsi abil populatsiooni tasandil. Terve genoomi resekveneerimine võib potentsiaalselt avastada kõik geneetilised variandid. Seoses fenotüübiandmetega saab GWAS-i töödelda fenotüübiga seotud SNP-de, QTL-de ja kandidaatgeenide tuvastamiseks, mis toetab tugevalt kaasaegset looma-/taimekasvatust. SLAF on enda väljatöötatud lihtsustatud genoomi järjestamise strateegia, mis avastab genoomi hõlmavaid hajutatud markereid, SNP. Neid SNP-sid kui molekulaarseid geneetilisi markereid saab töödelda suunatud tunnustega assotsiatsiooniuuringuteks. See on kulutõhus strateegia keeruliste tunnustega seotud geneetiliste variatsioonide tuvastamiseks.
-
Nanopore Täispikk transkriptoomika
Organismide komplekssed ja varieeruvad alternatiivsed isovormid on olulised geneetilised mehhanismid geeniekspressiooni ja valkude mitmekesisuse reguleerimiseks. Transkriptsioonistruktuuride täpne tuvastamine on aluseks geeniekspressiooni regulatsioonimustrite põhjalikule uurimisele. Nanopooride sekveneerimisplatvorm on edukalt viinud transkriptoomilise uuringu isovormi tasemele. See analüüsiplatvorm on loodud Nanopore platvormil genereeritud RNA-Seq andmete analüüsimiseks võrdlusgenoomi baasil, mis võimaldab kvalitatiivseid ja kvantitatiivseid analüüse nii geenitasemel kui ka transkriptsioonide tasemel.
-
ring-RNA
Tsirkulaarne RNA (circRNA) on teatud tüüpi mittekodeeriv RNA, millel on hiljuti leitud oluline roll regulatoorsetes võrkudes, mis on seotud arenguga, keskkonnaresistentsusega jne. Erineb lineaarsetest RNA molekulidest, nt mRNA, lncRNA, 3' ja 5'. tsircRNA otsad liidetakse omavahel ringikujuliseks struktuuriks, mis säästab neid eksonukleaasi seedimisest ja on stabiilsem kui suurem osa lineaarsest RNA-st. On leitud, et CircRNA-l on geeniekspressiooni reguleerimisel erinevad funktsioonid. CircRNA võib toimida tseRNA-na, mis seob konkureerivalt miRNA-d, tuntud kui miRNA käsn. CircRNA sekveneerimisanalüüsi platvorm võimaldab circRNA struktuuri ja ekspressiooni analüüsi, sihtmärgi ennustamist ja ühisanalüüsi teist tüüpi RNA molekulidega
-
BSA
Masseeritud segregantanalüüsi platvorm koosneb üheastmelisest standardanalüüsist ja täiustatud analüüsist koos kohandatud parameetrite seadistustega. BSA on meetod, mida kasutatakse fenotüübiga seotud geneetiliste markerite kiireks tuvastamiseks. BSA põhitöövoog sisaldab: 1. kahe äärmiselt vastandlike fenotüüpidega indiviidide rühma valimist; 2. kõigi indiviidide DNA, RNA või SLAF-seq (Developed by Biomarker) ühendamine, et moodustada kaks osa DNA-st; 3. diferentsiaaljärjestuste tuvastamine võrdlusgenoomi või nende vahel; 4. kandidaat-seotud piirkondade ennustamine ED ja SNP-indeksi algoritmi abil; 5. Funktsionaalne analüüs ja geenide rikastamine kandidaatpiirkondades jne. Saadaval on ka täpsem andmete kaevandamine, sealhulgas geneetiliste markerite sõelumine ja praimerite kavandamine.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) platvorm on välja töötatud mikroobide mitmekesisuse projektianalüüsi aastatepikkuse kogemusega, mis sisaldab standardiseeritud põhianalüüsi ja personaliseeritud analüüsi: põhianalüüs hõlmab praeguste mikroobiuuringute peavoolu analüüsisisu, analüüsisisu on rikkalik ja kõikehõlmav, ja analüüsitulemused esitatakse projektiaruannete kujul; Personaliseeritud analüüsi sisu on mitmekesine. Proove saab valida ja parameetreid paindlikult seadistada vastavalt põhianalüüsi aruandele ja uurimise eesmärgile, et realiseerida isikupärastatud nõudeid. Windowsi operatsioonisüsteem, lihtne ja kiire.
-
Evolutsiooniline geneetika
Evolutionary Genetics on kõikehõlmav sekveneerimisteenus, mis on loodud pakkuma evolutsiooni põhjalikku tõlgendust suures rühmas indiviidides, mis põhinevad geneetilistel variatsioonidel, sealhulgas SNP-d, InDel-id, SV-d ja CNV-d. See teenus hõlmab kõiki olulisi analüüse, mis on vajalikud populatsioonide evolutsiooniliste nihete ja geneetiliste omaduste selgitamiseks, sealhulgas populatsiooni struktuuri, geneetilise mitmekesisuse ja fülogeneetiliste suhete hinnanguid. Lisaks süveneb see geenivoo uuringutesse, mis võimaldab hinnata efektiivset populatsiooni suurust ja lahknemisaega. Evolutsioonigeneetika uuringud annavad väärtuslikku teavet liikide päritolu ja kohanemise kohta.
BMKGENE pakub kahte võimalust suurte populatsioonide evolutsioonilise geneetika uuringute läbiviimiseks: kasutada kogu genoomi järjestamist (WGS) või valida vähendatud esindusega genoomi sekveneerimismeetodi, ettevõttesiseselt välja töötatud spetsiifilise lookuse võimendatud fragmenti (SLAF). Kuigi WGS sobib väiksematele genoomidele, on SLAF kulutõhus alternatiiv pikemate genoomidega suuremate populatsioonide uurimiseks, minimeerides tõhusalt sekveneerimiskulusid.
