-
Metagenoomne järjestus -NGS
Metagenoom on organismide segakoosluse, näiteks keskkonna ja inimese metagenoomide kogu geneetilise materjali kogum. See sisaldab nii kultiveeritavate kui ka mittekultiveeritavate mikroorganismide genoome. Haavlite metagenoomiline järjestus NGS-iga võimaldab uurida neid keerukaid genoomseid maastikke, mis on sisestatud keskkonnaproovidesse, pakkudes enamat kui taksonoomilist profiili, andes ka üksikasjaliku ülevaate liikide mitmekesisusest, arvukuse dünaamikast ja keerukatest populatsioonistruktuuridest. Lisaks taksonoomilistele uuringutele pakub püssi metagenoomika ka funktsionaalset genoomika perspektiivi, mis võimaldab uurida kodeeritud geene ja nende oletatavaid rolle ökoloogilistes protsessides. Lõpuks aitab geneetiliste elementide ja keskkonnategurite vaheliste korrelatsioonivõrgustike loomine kaasa terviklikule arusaamisele mikroobikoosluste ja nende ökoloogilise tausta vahelisest keerulisest koosmõjust. Kokkuvõtteks võib öelda, et metagenoomiline järjestus on keskne vahend erinevate mikroobikoosluste genoomiliste keerukuse lahtiharutamiseks, valgustades geneetika ja ökoloogia vahelisi mitmetahulisi seoseid nendes keerulistes ökosüsteemides.
Platvormid: Illumina NovaSeq ja DNBSEQ-T7
-
Metagenoomne järjestus-TGS
Metagenoom on organismide segakoosluse, näiteks keskkonna ja inimese metagenoomide geneetilise materjali kogum. See sisaldab nii kultiveeritavate kui ka mittekultiveeritavate mikroorganismide genoome. Metagenoomiline järjestus võimaldab uurida neid keerulisi genoomseid maastikke, mis on manustatud ökoloogilistesse proovidesse, pakkudes enamat kui taksonoomilist profiili. See pakub ka funktsionaalset genoomika perspektiivi, uurides kodeeritud geene ja nende oletatavaid rolle keskkonnaprotsessides. Kui traditsioonilisi Illumina sekveneerimisega haavlipüssi lähenemisviise on metagenoomilistes uuringutes laialdaselt kasutatud, on Nanopore'i ja PacBio kaualoetud sekveneerimise tulek valdkonda muutnud. Nanopore ja PacBio tehnoloogia täiustavad allavoolu bioinformaatilisi analüüse, eriti metagenoomi kokkupanekut, tagades pidevama koostu. Aruanded näitavad, et Nanopore-põhine ja PacBio-põhine metagenoomika on edukalt genereerinud komplekssetest mikrobioomidest terviklikke ja suletud bakteriaalseid genoome (Moss, EL et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore'i lugemiste integreerimine Illumina lugemisseadmetega annab strateegilise lähenemisviisi vigade parandamiseks, leevendades Nanopore'i loomupärast madalat täpsust. See sünergiline kombinatsioon kasutab ära iga sekveneerimisplatvormi tugevaid külgi, pakkudes tugevat lahendust võimalike piirangute ületamiseks ning metagenoomiliste analüüside täpsuse ja usaldusväärsuse suurendamiseks.
Platvorm: Nanopore PromethION 48, Illumia ja PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ja 18S rRNA geenid koos ITS (Internal Transcribed Spacer) piirkonnaga toimivad pöördeliste molekulaarsete sõrmejälgede markeritena tänu nende väga konserveerunud ja hüpermuutlike piirkondade kombinatsioonile, muutes need hindamatuteks tööriistadeks prokarüootsete ja eukarüootsete organismide iseloomustamiseks. Nende piirkondade võimendamine ja järjestamine pakuvad isolatsioonivaba lähenemisviisi mikroobide koostise ja mitmekesisuse uurimiseks erinevates ökosüsteemides. Kuigi Illumina sekveneerimine on tavaliselt suunatud lühikestele hüpervarieeruvatele piirkondadele, nagu 16S ja ITS1 V3-V4, on näidatud, et parem taksonoomiline annotatsioon on saavutatav 16S, 18S ja ITS täispikkuses sekveneerimisega. Selle kõikehõlmava lähenemisviisi tulemuseks on täpselt klassifitseeritud järjestuste suurem protsent, saavutades eraldusvõime taseme, mis ulatub liikide tuvastamiseni. PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekveneerimisplatvorm paistab silma, pakkudes ülitäpset pikka lugemist (HiFi), mis katab täispikad amplikonid, konkureerides Illumina sekveneerimise täpsusega. See võimalus võimaldab teadlastel saavutada ületamatu eelise - panoraamvaade geneetilisele maastikule. Laiendatud katvus suurendab oluliselt liikide annotatsiooni eraldusvõimet, eriti bakterite või seente kooslustes, võimaldades sügavamalt mõista mikroobipopulatsioonide keerukust.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplikonide sekveneerimine Illumina tehnoloogiaga, mis on suunatud konkreetselt 16S, 18S ja ITS geneetilistele markeritele, on võimas meetod fülogeneesi, taksonoomia ja liikide arvukuse lahtiharutamiseks mikroobikooslustes. See lähenemisviis hõlmab majapidamise geneetiliste markerite hüpervarieeruvate piirkondade järjestamist. Algselt tutvustas seda molekulaarse sõrmejäljenaWoeses et al1977. aastal on see meetod muutnud mikrobioomi profiilide koostamist, võimaldades isolatsioonivaba analüüsi. 16S (bakterid), 18S (seened) ja sisemise transkribeeritud vahekauguse (ITS, seened) sekveneerimise abil saavad teadlased tuvastada mitte ainult ohtraid liike, vaid ka haruldasi ja tuvastamata liike. Amplikonide järjestamine, mida kasutatakse laialdaselt pöördelise vahendina, on muutunud oluliseks erinevate mikroobide koostiste tuvastamisel erinevates keskkondades, sealhulgas inimese suus, sooltes, väljaheites ja mujal.
-
Bakterite ja seente kogu genoomi uuesti sekveneerimine
Bakterite ja seente kogu genoomi uuesti sekveneerimise projektid on mikroobide genoomika edendamisel keskse tähtsusega, võimaldades mikroobide genoomide lõpuleviimist ja võrdlemist. See hõlbustab fermentatsioonitehnoloogiat, tööstuslike protsesside optimeerimist ja sekundaarsete metabolismi radade uurimist. Lisaks on seente ja bakterite uuesti sekveneerimine ülioluline keskkonnaga kohanemise mõistmiseks, tüvede optimeerimiseks ja geneetilise evolutsiooni dünaamika paljastamiseks, millel on laialdane mõju meditsiinile, põllumajandusele ja keskkonnateadusele.
-
Prokarüootse RNA sekveneerimine
RNA sekveneerimine võimaldab spetsiifilistel tingimustel rakkudes kõigi RNA transkriptide igakülgset profileerimist. See tipptehnoloogia on tõhus tööriist, mis toob esile keerukad geeniekspressiooniprofiilid, geenistruktuurid ja molekulaarsed mehhanismid, mis on seotud erinevate bioloogiliste protsessidega. Alusuuringutes, kliinilises diagnostikas ja ravimite väljatöötamises laialdaselt kasutusele võetud RNA sekveneerimine annab ülevaate raku dünaamika ja geneetilise regulatsiooni keerukusest. Meie prokarüootse RNA proovi töötlemine on kohandatud prokarüootsete transkriptoomide jaoks, mis hõlmab rRNA ammendumist ja suunava raamatukogu ettevalmistamist.
Platvorm: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptoomide järjestamine
Kasutades Illumina sekveneerimistehnoloogiat, tutvustab BMKGENE metatranskriptoomide sekveneerimisteenus looduslikes keskkondades, nagu pinnas, vesi, meri, väljaheide ja soolestik, mitmesuguste mikroobide dünaamilise geeniekspressiooni, mis hõlmab eukarüoote kuni prokarüootideni ja viirusteni. Meie terviklik teenus annab teadlastele võimaluse süveneda keeruliste mikroobikoosluste täielikesse geeniekspressiooniprofiilidesse. Lisaks taksonoomilisele analüüsile hõlbustab meie metatranskriptoomide järjestamise teenus funktsionaalse rikastamise uurimist, valgustades erinevalt ekspresseeritud geene ja nende rolle. Avastage hulgaliselt bioloogilisi teadmisi, kui navigeerite geeniekspressiooni, taksonoomilise mitmekesisuse ja funktsionaalse dünaamika keerulistes maastikes nendes erinevates keskkonnaniššides.
-
De novo seente genoomi kokkupanek
BMKGENE pakub mitmekülgseid lahendusi seente genoomide jaoks, rahuldades erinevaid uurimisvajadusi ja soovitud genoomi terviklikkust. Ainuüksi lühikese lugemisega Illumina järjestuse kasutamine võimaldab genereerida genoomi mustand. Lühilugemine ja pika lugemisega järjestamine Nanopore'i või Pacbio abil kombineeritakse, et saada rafineeritum ja pikemate kontiigidega seenegenoom. Veelgi enam, Hi-C järjestuse integreerimine suurendab veelgi võimalusi, võimaldades saavutada täieliku kromosoomitaseme genoomi.
-
De novo bakteriaalse genoomi assamblee
Pakume täielikku bakterigenoomi kokkupanemise teenust, garanteerides 0 lünka. See on võimalik, integreerides pika lugemisega järjestustehnoloogiad, nagu Nanopore ja PacBio kokkupanekuks ning lühilugemisjärjestus koos Illuminaga kooste valideerimiseks ja ONT-lugemiste vigade parandamiseks. Meie teenus pakub täielikku bioinformaatilist töövoogu alates kokkupanekust, funktsionaalsest annotatsioonist ja täiustatud bioinformaatilisest analüüsist, täites konkreetseid uurimiseesmärke. See teenus võimaldab välja töötada täpsed etalongenoomid erinevate geneetiliste ja genoomiliste uuringute jaoks. Lisaks on see aluseks sellistele rakendustele nagu tüvede optimeerimine, geenitehnoloogia ja mikroobitehnoloogia arendamine, tagades usaldusväärsed ja lünkadeta genoomiandmed, mis on üliolulised teaduslike arusaamade ja biotehnoloogilise innovatsiooni edendamiseks.
