-
Hi-C-põhine kromatiini interaktsioon
Hi-C on meetod, mis on loodud genoomse konfiguratsiooni jäädvustamiseks, kombineerides läheduspõhiseid interaktsioone ja suure läbilaskevõimega sekveneerimist. Meetod põhineb kromatiini ristsidumisel formaldehüüdiga, millele järgneb seedimine ja uuesti ligeerimine nii, et ainult kovalentselt seotud fragmendid moodustavad ligeerimisprodukte. Nende ligeerimisproduktide sekveneerimisega on võimalik uurida genoomi 3D-korraldust. Hi-C võimaldab uurida nende genoomi osade jaotust, mis on kergelt pakitud (A-sektsioonid, eukromatiin) ja tõenäoliselt transkriptsiooniliselt aktiivsed, ja piirkondi, mis on tihedamalt pakitud (B-sektsioonid, heterokromatiin). Hi-C-d saab kasutada ka topoloogiliselt seotud domeenide (TAD) täpseks määramiseks, genoomi piirkondadeks, millel on volditud struktuur ja millel on tõenäoliselt sarnased ekspressioonimustrid, ning kromatiini silmuste tuvastamiseks, DNA piirkondadeks, mis on ankurdatud valkudega ja mis on sageli rikastatud reguleerivate elementidega. BMKGene'i Hi-C sekveneerimisteenus annab teadlastele võimaluse uurida genoomika ruumilisi mõõtmeid, avades uusi võimalusi genoomi reguleerimise ja selle mõju tervisele ja haigustele mõistmiseks.
-
Kromatiini immunosadestamise sekveneerimine (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) on tehnika, mis kasutab antikehi DNA-d siduvate valkude ja nende vastavate genoomiliste sihtmärkide selektiivseks rikastamiseks. Selle integreerimine NGS-iga võimaldab kogu genoomi hõlmavat DNA sihtmärkide profileerimist, mis on seotud histooni modifitseerimise, transkriptsioonifaktorite ja muude DNA-d siduvate valkudega. See dünaamiline lähenemine võimaldab võrrelda sidumissaite erinevate rakutüüpide, kudede või seisundite lõikes. ChIP-Seqi rakendused ulatuvad transkriptsiooniregulatsiooni ja arenguteede uurimisest kuni haigusmehhanismide selgitamiseni, muutes selle asendamatuks vahendiks genoomse reguleerimise maastike mõistmiseks ja terapeutiliste teadmiste edendamiseks.
Platvorm: Illumina NovaSeq
-
Terve genoomi bisulfiidi sekveneerimine (WGBS)
Terve genoomi vesiniksulfiidi järjestamine (WGBS) on kuldstandardne metoodika DNA metüülimise põhjalikuks uurimiseks, eriti viiendal positsioonil tsütosiinis (5-mC), mis on geeniekspressiooni ja raku aktiivsuse pöördeline regulaator. WGBS-i aluseks olev põhimõte hõlmab vesiniksulfitiga töötlemist, indutseerides metüleerimata tsütosiinide muundumist uratsiiliks (C-ks U-ks), jättes metüleeritud tsütosiinid muutumatuks. See meetod pakub ühe aluse eraldusvõimet, mis võimaldab teadlastel põhjalikult uurida metüloomi ja avastada ebanormaalseid metüülimismustreid, mis on seotud erinevate seisunditega, eriti vähiga. WGBS-i kasutades saavad teadlased enneolematu ülevaate kogu genoomi hõlmavatest metülatsioonimaastikest, pakkudes nüansirikast arusaama epigeneetilistest mehhanismidest, mis on erinevate bioloogiliste protsesside ja haiguste aluseks.
-
Transposaasile ligipääsetava kromatiini analüüs suure läbilaskevõimega sekveneerimisega (ATAC-seq)
ATAC-seq on suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnika, mida kasutatakse kogu genoomi hõlmava kromatiini ligipääsetavuse analüüsi jaoks. Selle kasutamine annab sügavama arusaamise geeniekspressiooni globaalse epigeneetilise kontrolli keerukatest mehhanismidest. Meetod kasutab hüperaktiivset Tn5 transposaasi, et samaaegselt fragmenteerida ja märgistada avatud kromatiini piirkondi, sisestades sekveneerimisadapterid. Järgneva PCR-i amplifikatsiooni tulemuseks on sekveneerimisraamatukogu loomine, mis võimaldab avatud kromatiini piirkondi igakülgselt tuvastada konkreetsetes aegruumi tingimustes. ATAC-seq pakub terviklikku vaadet juurdepääsetavatest kromatiinimaastikest, erinevalt meetoditest, mis keskenduvad ainult transkriptsioonifaktori sidumissaitidele või spetsiifilistele histooniga modifitseeritud piirkondadele. Nende avatud kromatiini piirkondade sekveneerimisega paljastab ATAC-seq piirkonnad, kus on tõenäolisemalt aktiivsed regulatoorsed järjestused ja potentsiaalsed transkriptsioonifaktori sidumissaidid, pakkudes väärtuslikku teavet geeniekspressiooni dünaamilise moduleerimise kohta kogu genoomis.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Vähendatud esindatusega vesiniksulfiidi järjestamine (RRBS) on DNA metüülimise uuringutes muutunud kuluefektiivseks ja tõhusaks alternatiiviks kogu genoomi vesiniksulfiidi järjestamisele (WGBS). Kuigi WGBS annab tervikliku ülevaate, uurides kogu genoomi ühe aluse eraldusvõimega, võib selle kõrge hind olla piirav tegur. RRBS leevendab seda väljakutset strateegiliselt, analüüsides selektiivselt genoomi esinduslikku osa. See metoodika tugineb CpG saarerikaste piirkondade rikastamisele MspI lõhustamise teel, millele järgneb 200–500/600 bps fragmentide suuruse valik. Järelikult sekveneeritakse ainult CpG saartele proksimaalsed piirkonnad, samas kui kaugete CpG saartega piirkonnad jäetakse analüüsist välja. See protsess koos bisulfiidi sekveneerimisega võimaldab kõrge eraldusvõimega tuvastada DNA metüülimist ja sekveneerimismeetod PE150 keskendub konkreetselt sisestuste otstele, mitte keskele, suurendades metüleerimise profiilide tõhusust. RRBS on hindamatu tööriist, mis võimaldab kulutõhusaid DNA metüülimise uuringuid ja täiustab teadmisi epigeneetiliste mehhanismide kohta.
