Kuumakaart
Tööriist Heatmap võtab sisendina vastu maatriksi andmefaili ja võimaldab kasutajatel andmeid filtreerida, normaliseerida ja klastrida. Soojuskaartide esmane kasutusjuhtum on geeniekspressioonitaseme klastrianalüüs erinevate proovide vahel.
Geenide annotatsioon
Geeni annotatsiooni tööriist teostab geenide annotatsiooni, mis põhineb sisendtafailide järjestuse joondamisel erinevate andmebaaside suhtes.
Põhiline kohaliku joondamise otsingu tööriist (BLAST)
Blast -tööriist on NCBI BLASTi BMKCloudi integreeritud versioon ja seda saab kasutada samade funktsioonide täitmiseks, kasutades BMKCloudi kontole üles laaditud andmeid.
CDS_UTR ennustus
Prognoosimisriist CDS_UTR on loodud ennustama kodeerivaid piirkondi (CDS) ja mittekodeerivaid piirkondi (UTR) antud transkriptsioonijärjestustes, mis põhinevad plahvatuse tulemustel teadaolevate valgu andmebaaside ja ORF-i ennustamistulemuste alusel.
Manhattani krunt
Manhattani graafiku tööriist võimaldab kuvada kõrge proovi katseid ja seda kasutatakse tavaliselt kogu genoomi kogu assotsiatsiooniuuringutes (GWAS).
Tsirkuste skeem
Tsirkuse diagrammi tööriist tagab tõhusa visualiseerimise selle kohta, kuidas genoomse funktsiooni jaotub kogu genoomis. Ühiste omaduste hulka kuuluvad kvantitatiivsed lookused, SNP -d, indel, struktuuri- ja koopiaarvu variandid.
Geeni ontoloogia (GO) rikastamine
Go rikastamise tööriist pakub funktsionaalset rikastamise analüüsi. Selle tööriista peamine tarkvara on topgo-biokonduktori pakett, mis hõlmab diferentsiaalse ekspressiooni analüüsi, GO rikastamise analüüsi ja tulemuste visualiseerimist.
Kaalutud geenide ekspressioonivõrgu analüüs (WGCNA)
WGCNA on laialdaselt kasutatav andmete kaevandamise meetod geeni koekspressioonimoodulite avastamiseks. See on rakendatav mitmesuguste ekspressiooniandmete jaoks, sealhulgas mikrokiibi ja NGS geeniekspressiooni andmete jaoks.
Tõlgendus
TransyProscani tööriist pakub InterPro valkude järjestuse analüüsi ja klassifitseerimist.
Mine kegg rikastama
Go KEGG rikastamise tööriist on disain GO rikastamise histogrammi, KEGG rikastamise histogrammi ja KEGG rikastamise raja genereerimiseks, tuginedes pakutava geenikomplekti ja vastava märkuse põhjal.