Taime/looma kogu genoomi järjestamine
Teenuse funktsioonid
● Raamatukogu ettevalmistamine võib olla standardne või PCR-vaba
● Saadaval nelja järjestusplatvormina: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 või PacBio Revio.
● Bioinformaatiline analüüs, mis keskendub variantide tuvastamisele: SNP, InDel, SV ja CNV
Teenuse eelised
●Laialdased eksperditeadmised ja väljaanded: kogunenud kogemused enam kui 1000 liigi genoomi järjestamisel on andnud tulemuseks üle 1000 avaldatud juhtumi, mille kumulatiivne mõjutegur on üle 5000.
●Põhjalik bioinformaatika analüüs: sealhulgas variatsiooni kutsumine ja funktsiooni annotatsioon.
● Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
●Põhjalik annotatsioon: kasutame tuvastatud variatsioonidega geenide funktsioneerimiseks märkmeid ja vastava rikastamisanalüüsi tegemiseks mitut andmebaasi, mis annab ülevaate mitmest uurimisprojektist.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Variandid tuleb tuvastada | Järjestusstrateegia | Soovitatav sügavus |
| SNP ja InDel | Illumina NovaSeq PE150 või MGI T7 | 10x |
| SV ja CNV (vähem täpne) | 30x | |
| SV ja CNV (täpsem) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP-d, Indelid, SV ja CNV | PacBio Revio | 10x |
Näidisnõuded
| Koe või ekstraheeritud nukleiinhapped | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Loomade siseelundid | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Loomade lihased | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Imetaja veri | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Linnuliha/kala veri | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Taim - värsked lehed | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultiveeritud rakud |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Putukate pehme kude / üksikisik | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstraheeritud DNA
| Kontsentratsioon: ≥ 1 ng/µL Kogus: ≥ 30 ng Lagunemine või saastumine on piiratud või puudub
| Keskendumine Summa
OD260/280
OD260/230
Lagunemine või saastumine on piiratud või puudub
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/voolurakk/proov
1,7-2,2
≥1,5 | Keskendumine Summa
OD260/280
OD260/230
Lagunemine või saastumine on piiratud või puudub | ≥ 50 ng/µL 10 µg vooluraku kohta proovi kohta
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| PCR-vaba raamatukogu ettevalmistamine: Kontsentratsioon ≥ 40 ng/µL Kogus≥ 500 ng | |||||
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
DNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Andmete edastamine
Sisaldab järgmist analüüsi:
- Toorandmete kvaliteedikontroll
- Võrdlusgenoomiga joondamise statistika
- Variantide identifitseerimine: SNP, InDel, SV ja CNV
- Variantide funktsionaalne annotatsioon
Võrdlusgenoomiga joondamise statistika – sekveneerimise sügavuse jaotus
SNP-kõne mitme proovi vahel
InDeli identifitseerimine – InDeli pikkuse statistika CDS-piirkonnas ja kogu genoomi hõlmavas piirkonnas
Variantide jaotus genoomis – Circose graafik
Identifitseeritud variantidega geenide funktsionaalne annotatsioon – geeniontoloogia
Chai, Q. et al. (2023) "Glutatioon-S-transferaas GhTT19 määrab lille kroonlehtede pigmentatsiooni, reguleerides antotsüaniini kogunemist puuvillas", Plant Biotechnology Journal, 21(2), lk. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) „Kromosoomitasemel metsik Hevea brasiliensise genoom pakub uusi vahendeid genoomi abil aretamiseks ja väärtuslikke lookusi, et tõsta kummisaagist”, Plant Biotechnology Journal, 21(5), lk 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) „Suudme austri genoom annab ülevaate kliimamõjudest ja kohanemisvõimest”, Communications Biology 2021, 4:1, 4(1), lk 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) „Hiina põliskanade genoomi ja metüülimise muutuste analüüs aja jooksul annab ülevaate liikide kaitsest”, Communications Biology, 5(1), lk 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
