Pacbio Täispikk transkriptoom

PacBio täispikk transkriptoomi järjestus Isoseq võimaldab transkriptsiooni isovormide täpset tuvastamist, valgustades alternatiivset polüadenüülimist ja splaissimist ning viib täpsema geeniekspressiooni analüüsini. BMKCloud PacBio täispika transkriptsiooni konveier on loodud tsirkulaarse konsensusjärjestuse (CCS) režiimis sekveneeritud cDNA raamatukogude analüüsimiseks ja tuvastab täispikad mittekimeerilised (FLNC) järjestused, mis seejärel koondatakse mitteliigseteks transkriptideks. Järgnev BUSCO analüüs hindab transkriptoomikomplekti täielikkust. Kokkupandud transkriptoomist tehakse mitu analüüsi: alternatiivne splaissimine, lihtsa järjestuse kordus (SSR), lncRNA ja vastavate sihtgeenide ennustamine, uudsete geenide ennustamine, geeniperekonna analüüs, transkriptsioonifaktori analüüs ja transkriptide funktsionaalne annotatsioon.