Mitteviisidepõhine mRNA järjestamine-NGS
Omadused
● Polü mRNA hõivamine enne raamatukogu ettevalmistamist
● sõltumata mis tahes võrdlusgenoomist: tuginedes ärakirjade de novo kokkupanekule, genereerides nimekirja Unigeenidest, mis on märkusega mitme andmebaasiga (NR, Swiss-Prot, Cog, KOG, KOG, Eggnog, PFAM, PFAM, GO, KEGG)
● Geeniekspressiooni ja ärakirja struktuuri põhjalik bioinformaatiline analüüs
Teenuse eelised
●Ulatuslik teadmine: Kuna BMKGENE -s töötletakse üle 600 000 proovi, hõlmates mitmekesiseid proovitüüpe, näiteks rakukultuure, kudesid ja kehavedelikke, toob meie meeskond igasse projekti hulga kogemusi. Oleme edukalt sulgenud üle 100 000 mRNA-seq projekti erinevates uurimisvaldkondades.
●Range kvaliteedikontroll. See hoolikas seire tagab pidevalt kvaliteetsete tulemuste kohaletoimetamise.
● Põhjalik märkus.
●Müügijärgne tugi: Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpuleviimisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks.
Proovi nõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestamisstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| Polü a rikastatud | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6-10 GB | Q30 ≥85% |
Proovide nõuded:
Nukleotiidid:
| Konts (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud piiratud või puudub valk või DNA saastumine. | Taimede jaoks: Rin≥4,0; Loomade jaoks: Rin≥4,5; 5,0 ≥28S/18S≥1,0; Piiratud või puudub algtaseme kõrgus |
● Taimed:
Juur, vars või kroonlehe: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puu: 1,2 g
● Loom:
Süda või sool: 300 mg
Siseelundite või aju: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luud, juuksed või nahk: 1G
● lülijalgsed:
Putukad: 6G
Crustacea: 300 mg
● täis veri: 1 toru
● Rakud: 106 rakud
Soovitatav proovi kohaletoimetamine
Konteiner: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafooliumi ei soovitata)
Proovide märgistamine: rühm+kopeerige nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuiv-jää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta kuiva jää.
2. RNABABLE torud: RNA -proove saab kuivatada RNA stabiliseerimistorus (nt RNAstanble®) ja viia toatemperatuuril.
Teeninduse töövool
Katse kavandamine
Proovi kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatika
Transkriptoomikomplekt ja unigeeni valik
Unigene annotatsioon
Proovi korrelatsioon ja bioloogiliste korduste hindamine
Diferentseeritult ekspresseeritud geenid (DEGS)
DEG -de funktsionaalne märkus
DEG -de funktsionaalne rikastamine
Tutvuge BMKGENE eukarüootsete NGS mRNA järjestamisteenuste abil kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Shen, F. jt. (2020) 'de novo transkriptoomikomplekt ja sooline geeniekspressioon Amuri säga (Silurus asotus) sugunäärmetes', Genomics, 112 (3), lk 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. jt. (2016) „Sahharoosi metabolismi transkriptoomiline analüüs sibula turse ja sibula arengu ajal (Allium CEPA L.)”, Frontiers in Plant Science, 7 (september), lk. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/Bibtex.
Zhu, C. jt. (2017) „de novo assamblee, iseloomustus ja annotatsioon Sarcocheilichys Sinensis transkriptoomi jaoks”, PLOS ONE, 12 (2). doi: 10.1371/Journal.pone.0171966.
Zou, L. jt. (2021) „De novo transkriptoomianalüüs annab ülevaate podocarpus macrophylluse soolatolerantsist soolasuse stressi all”, BMC taimede bioloogia, 21 (1), lk 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/joonised/9.
