mRNA-seq (NGS) võrdlusgenoomiga
RNA-seq on standardne tööriist kogu elu- ja põllukultuuride teaduses, ületades lõhe genoomide ja proteoomide vahel. Selle tugevus seisneb uute transkriptide avastamises ja nende ekspressiooni kvantifitseerimises ühes testis. Seda kasutatakse laialdaselt võrdlevates transkriptoomilistes uuringutes, mis heidavad valgust erinevate tunnuste või fenotüüpidega seotud geenidele, nagu mutantide võrdlemine metsiktüüpidega või geeniekspressiooni paljastamine konkreetsetes tingimustes. BMKCloud mRNA(Reference) APP integreerib ekspressiooni kvantifitseerimise, diferentsiaalekspressiooni analüüsi (DEG) ja järjestuse struktuuri analüüsid mRNA-seq(NGS) bioinformaatika torujuhtmesse ning ühendab sarnase tarkvara tugevused, tagades mugavuse ja kasutajasõbralikkuse. Kasutajad saavad oma RNA-seq andmed üles laadida pilve, kus rakendus pakub terviklikku ühekordset bioinformaatilise analüüsi lahendust. Lisaks seab see esikohale kliendikogemuse, pakkudes isikupärastatud toiminguid, mis on kohandatud kasutajate konkreetsetele vajadustele. Kasutajad saavad ise määrata parameetreid ja esitada torujuhtme missiooni, kontrollida interaktiivset aruannet, vaadata andmeid/skeeme ja lõpetada andmekaeve, näiteks sihtgeenide valik, funktsionaalne klasterdamine, diagrammide koostamine jne.
Platvorm:Illumina, MGI
Strateegia:RNA-Seq
Paigutus: Pareeritud, puhtad andmed.
Teegi tüüp:fr-unranded, fr-firstrand või fr-secondrand
Lugemise pikkus:150 bp
Faili tüüp:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz või *.fq.gz. Süsteem teebsiduma .fastq-failid automaatselt nende failinimede järgi,nt *_1.fastq on seotud *._2.fastq-ga.
Proovide arv:Numbrile piiranguid ei oleproovide arvu, kuid analüüsiaeg pikeneb proovide arvu suurenedesproovid kasvavad.
Soovitatav andmemaht:6G proovi kohta