T2T genoomi kokkupanek, lünkavaba genoom
1stKaks riisi genoomi1
Pealkiri: Xiani/Indica Rice'i kahe lõhevaba võrdlusgenoomi kokkupanek ja valideerimine näitab teadmisi taime tsentromeeri arhitektuurist
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postitatud aeg: 01. jaanuar 2021.
Instituut: Huazhongi põllumajandusülikool, Hiina
Materjalid
O. sativa Xian/indicaRiisisordid 'Zhenshan 97 (ZS97)' ja 'Minghui 63 (MH63)
Järjestamisstrateegia
NGS loeb + hifi loeb + clr loeb + bionano + hi-c
Andmed:
ZS97: 8,34 GB （~ 23x） HIFI loeb + 48,39 GB (~ 131x) CLR loeb + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano IRYS CECLID
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HIFI loeb + 48,97 GB (~ 132x) CLR loeb + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano IRYS CECLID
Joonis 1 Riisi kaks lõhevaba genoomi (MH63 ja ZS97)
2ndBanaanigenoom2
Pealkiri: banaani telomeeri-telomeeri Gapless kromosoomid, kasutades nanopore sekveneerimist
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Postitatud aeg: 17. aprill 2021.
Instituut: Université Paris-Saclay, Prantsusmaa
Materjalid
Kahekordne haploidneMusa acuminatasppmalaccensis(Dh-pahang)
Sekveneerimisstrateegia ja andmed:
HISEQ2500 PE250 režiim+ minion/ prometion (93 GB, ~ 200x)+ optiline kaart (DLE-1+ BSPQ1)
Tabel 1 Musa acuminata (DH-Pahang) genoomi sõlmede võrdlus
Joonis 2 Musa genoomide arhitektuuri võrdlus
3rdPhaeodactylum tricornutum genoom3
Pealkiri: Telomere-telomeeri genoomi kokkupanekP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Postitatud aeg: 4. mai 2021
Instituut: Lääne ülikool, Kanada
Materjalid
Phaeodactylum tricornutum(Vetikate ja algloomade CCAP 1055/1 kultuuride kogumine)
Sekveneerimisstrateegia ja andmed:
1 Oxfordi nanopore minion voolurakk + 2 × 75 paarisõpu keskmise väljundi NexTSeq 550 Run
Joonis 3 Telomeeri-telomeeri genoomi kokkupaneku töövoog
4thInimese CHM13 genoom4
Pealkiri: inimese genoomi täielik jada
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Postitatud aeg: 27. mai 2021
Instituut: Riiklikud terviseinstituudid (NIH), USA
Materjalid: rakuliin CHM13
Sekveneerimisstrateegia ja andmed:
30 × Pacbio ümmargune konsensusjärjestus (HIFI), 120 × Oxford Nanopore ülikerge lugemisjärjestus, 100 × Illumina PCR-vaba järjestus (ILMN), 70 × Illumina / Arima genoomika Hi-C (Hi-C), Bionano optilised kaardid, ja Strand-seq
Tabel 2 GRCH38 ja T2T-CHM13 inimese genoomi sõlmede võrdlus
Viide
1.Sergey Nurk jt. Inimese genoomi täielik järjestus. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser jt. Banaani telomeeri-telomeeridevaheliste kromosoomid, kasutades nanopore sekveneerimist. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Phaeodactylum tricornutum telomeeri-telomeeri genoomi kokkupanek. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song jt. Xiani/Indica Rice'i kahe lõhevaba võrdlusgenoomi kokkupanek ja valideerimine näitab teadmisi taime tsentromeeri arhitektuurist. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postiaeg: jaanuar-06-2022