Nanopore täispikk transkriptoom

Nanopore transkriptoomi sekveneerimine on võimas meetod täispikkade CDNA-de järjestamiseks, transkripti isovormide täpseks tuvastamiseks ja kvantifitseerimiseks. BMKCloudi nanopore täispikk transkriptoomi torujuhtme eesmärk on analüüsida Nanopore platvormil genereeritud RNA-seq andmeid kvaliteetse hästi märkanud võrdlusgenoomi vastu, pakkudes kvalitatiivset ja kvantitatiivset analüüsi nii geeni kui ka transkriptsiooni tasemel. Pärast kvaliteedikontrolli saamist saadakse täispikk mitteliime (FLNC) järjestused ja konsensusjärjestused kaardistatakse referentsgenoomiga, et eemaldada ülearused ärakirjad. Sellest transkriptsiooni komplektist kvantifitseeritakse ja diferentseeritult ekspresseeritud geenid ja ärakirjad identifitseeritakse ja funktsionaalselt annoteeritakse. Torujuhtme sisaldab ka alternatiivset polüadenüleerimise (APA) analüüsi, alternatiivset splaissinaanalüüsi, lihtsat järjestuse korduva (SSR) analüüsi, lncRNA ennustamist ja vastavaid sihtmärke, kodeerivate järjestuste (CDS) ennustamist, geenipere analüüsi, transkriptsioonifaktorianalüüsi, uudsete geenide ennustamist ja ärakirjade funktsionaalne märkus.