Transkriptoom on seos genoomse geneetilise teabe ja bioloogilise funktsiooni proteoomi vahel. Transkriptsioonilise taseme reguleerimine on organismide kõige olulisem ja kõige laialdasemalt uuritud regulatsioonirežiim. Transkriptoomi järjestamine võib transkriptoomi järjestada mis tahes ajahetkel või mis tahes tingimusel, kui eraldusvõime on täpne ühe nukleotiidiga. See võib dünaamiliselt kajastada geeni transkriptsiooni taset, tuvastada ja kvantifitseerida samaaegselt haruldasi ja normaalseid transkriptsioone ning pakkuda konstruktsiooniteavet Proovige spetsiifilisi ärakirju.
Praegu on transkriptoomi sekveneerimise tehnoloogiat laialdaselt kasutatud agronoomia, meditsiini ja muudes uurimisvaldkonnas, sealhulgas loomade ja taimede arengu reguleerimisel, keskkonnaalase kohanemise, immuunsuse interaktsiooni, geenide lokaliseerimise, liikide geneetilise evolutsiooni ning kasvaja ning geneetiliste haiguste tuvastamise.
