mRNA-seq (NGS) – de novo

mRNA sekveneerimine võimaldab spetsiifilistes tingimustes profileerida kõiki mRNA transkripte rakkudes ja see on laialdaselt kasutatav tehnoloogia erinevates uurimisvaldkondades. BMKCloud De novo mRNA-seq torujuhe on loodud polü-A-ga rikastatud sekveneerimisraamatukogude analüüsimiseks, kui võrdlusgenoom pole saadaval. Torujuhe algab kvaliteedikontrolliga, millele järgnebde novoärakirja kokkupanek ja unigene komplekti valik. Unigeense struktuuri analüüs ennustab kodeerivat järjestust (CDS) ja lihtsa järjestuse kordusi (SSR). Seejärel leiab diferentsiaalekspressiooni analüüs testitud tingimuste hulgast erinevalt ekspresseeritud geenid (DEG), millele järgneb funktsionaalne annotatsioon ja DEG-de rikastamine bioloogiliste arusaamade saamiseks.