lncRNA

Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA) on RNA-d, mis on pikemad kui 200 madala kodeerimispotentsiaaliga nukleotiidi, kuid kriitiliste regulatiivsete funktsioonidega. BMKCLOUD LNCRNA torujuhe on loodud analüüsimiseks kõrge kvaliteediga, hästi annoteeritud referentsgenoomiga rRNA ammendatud raamatukogude analüüsimiseks, analüüsides LnCRNA ja mRNA ekspressiooni koos. Pärast lugemist kärpimist ja kvaliteedikontrolli joondatakse loendused transkriptide kokkupanemiseks võrdlusgenoomiga ning sellele järgnev geenistruktuuri analüüs näitab alternatiivseid splaissimist ja uudseid geene. Transkriptid identifitseeritakse mRNA -dena või lncRNA -dena ning diferentsiaalse ekspressioonianalüüs identifitseerib diferentseeritult ekspresseeritud lncRNA -sid, nende sihtmärgid ja diferentseeritult ekspresseeritud geenid (DEGS). Nii DEG -i kui ka diferentseeritult ekspresseeritud lncRNA sihtmärgid on funktsionaalselt märkused, et leida rikastatud funktsionaalseid kategooriaid.