Hi-C-põhise genoomi kokkutulek
Hi-C on meetod, mis on loodud kromosoomi konfiguratsiooni hõivamiseks, ühendades prospendiaalsusega interaktsioonid ja suure läbilaskevõime sekveneerimise. Arvatakse, et nende interaktsioonide intensiivsus on negatiivselt korrelatsioonis kromosoomide füüsilise kaugusega. Seetõttu kasutatakse HI-C andmeid koostatud järjestuste rühmituse, tellimise ja orienteerumise juhtimiseks süvises genoomis ja nende kinnitamiseks teatud arvule kromosoomidele. See tehnoloogia annab populatsioonipõhise geneetilise kaardi puudumise korral kromosoomi tasemel genoomi komplekti. Iga genoom vajab Hi-C.
Teenindusfunktsioonid
● Sekveneerimine Illumina Novaseq -is PE150 -ga.
● Hooldus nõuab ekstraheeritud nukleiinhapete asemel kudede proove, et ristsidestada formaldehüüdiga ja säilitada DNA-valgu interaktsioone.
● Hi-C eksperiment hõlmab kleepuvate lõppude piiranguid ja lõpu parandamist biotiiniga, millele järgneb saadud nüri otste ringikuluriseerimine, säilitades samal ajal interaktsioonid. Seejärel tõmmatakse DNA streptavidiini helmestega alla ja puhastatakse järgnevaks raamatukogu ettevalmistamiseks.
Teenuse eelised
Ülevaade Hi-C-st
(Lieberman-Aiden e jt,Teadus, 2009)
●Kõrvaldades vajaduse geneetilise populatsiooni andmete järele:HI-C asendab olulist teavet kondiini ankurdamiseks.
●Kõrge markeri tihedus:mis viib kõrge kondiini ankurdamissuhteni üle 90%.
●Ulatuslikud teadmised ja avaldamise kirjed:Bmkgene'il on tohutu kogemus enam kui 2000 HI-C genoomi kokkupaneku juhtumiga 1000 erinevast liigist ja erinevast patendist. Üle 200 avaldatud juhtumi akumuleeruv mõjufaktor on üle 2000.
●Väga kvalifitseeritud bioinformaatika meeskond:HI-C-siseste patentide ja tarkvara autoriõiguste abil HI-C katseteks ja andmete analüüsimiseks võimaldab enesearenenud visualiseerimisandmete tarkvara käsitsi blokeerimist, ümberpööramist, tühistamist ja ümberpaigutamist.
●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpetamisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks.
●Põhjalik annotatsioon.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Raamatukogu ettevalmistamine | Järjestamisstrateegia | Soovitatav andmete väljund | Kvaliteedikontroll |
| Hi-C raamatukogu | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Proovinõuded
| Kude | Nõutav summa |
| Loomade siseelund | ≥ 2 g |
| Loomade lihas | |
| Imetaja veri | ≥ 2 ml |
| Linnuliha/kala veri | |
| Taim- värske leht | ≥ 3 g |
| Kultiveeritud rakud | ≥ 1x107 |
| Putukas | ≥ 2 g |
Teeninduse töövool
Katse kavandamine
Proovi kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
1) töötlemata andmed QC
2) Hi-C raamatukogu QC: kehtivate Hi-C interaktsioonide hindamine
3) Hi-C kokkupanemine: kontsertide rühmade koondamine, millele järgneb igas rühmas kondiit
4) Hi-C hindamine
Hi-C raamatukogu QC-HI-C kehtivate interaktsioonipaaride hindamine
Hi-C kokkupanek-statistika
Kokkuvõttejärgne hindamine-signaali intensiivsuse kuumakaart prügikastide vahel
Tutvuge BMKGENENE HI-C Assamblee teenuste hõlbustatud edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Tian, T. jt. (2023) „Silmapaistva põuakindla maisi iduplasma genoomi kokkupanek ja geneetiline dissektsioon”, Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), lk 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl jt. (2020) „Aasia mesilaste apis cerana genoomi kromosoomi skaala”, Frontiers in Genetics, 11, lk. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/Bibtex.
Zhang, F. jt. (2023) „Tropaani alkaloidide biosünteesi arengu paljastamine, analüüsides Solanaceae perekonna kahte genoomi”, Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), lk 1–18. doi: 10.1038/S41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) „Banyani puu ja tolmeldaja herilase genoomid annavad ülevaate viigimarja-WASP koevolutsioonist”, Cell, 183 (4), lk 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
