Hi-C-põhine kromatiini interaktsioon
Teenuse funktsioonid
● Sekveneerimine Illumina NovaSeqil PE150-ga.
● Teenus nõuab, et ekstraheeritud nukleiinhapete asemel koeproovid ristsiduksid formaldehüüdiga ja säilitaksid DNA-valgu interaktsiooni.
● Hi-C katse hõlmab kleepuvate otste piiramist ja otste parandamist biotiiniga, millele järgneb saadud tömpide otste tsirkulaarne muutmine, säilitades samal ajal koostoimed. Seejärel tõmmatakse DNA streptavidiini helmestega alla ja puhastatakse järgnevaks raamatukogu ettevalmistamiseks.
Teenuse eelised
●Optimaalne piirava ensüümi disain: kõrge Hi-C efektiivsuse tagamiseks erinevatel liikidel kuni 93% kehtivate interaktsioonipaaridega.
●Laialdased eksperditeadmised ja väljaanded:BMKGene omab tohutut kogemust >2000 Hi-C sekveneerimisprojektiga 800 erineva liigi ja erinevate patentidega. Üle 100 avaldatud juhtumi, mille kumulatiivne mõjutegur on üle 900.
●Kõrgelt kvalifitseeritud bioinformaatika meeskond:ettevõttesiseste patentide ja tarkvara autoriõigustega Hi-C eksperimentide ja andmeanalüüsi jaoks ning enda väljatöötatud visualiseerimisandmete tarkvara.
●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
●Põhjalik annotatsioon: kasutame tuvastatud variatsioonidega geenide funktsionaalseks märkimiseks ja vastava rikastamisanalüüsi tegemiseks mitut andmebaasi, mis annab ülevaate mitmest uurimisprojektist.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatav andmeväljund | Hi-C signaali eraldusvõime |
| Hi-C raamatukogu | Illumina PE150 | Kromatiini silmus: 150x TAD: 50x | Kromatiini ahel: 10 Kb TAD: 40Kb |
Teenuse nõuded
| Proovi tüüp | Nõutav summa |
| Loomne kude | ≥ 2 g |
| Täisveri | ≥ 2 ml |
| Seened | ≥1 g |
| Taim- noor kude | 1 g alikvoodi kohta, soovitatav on 2–4 alikvooti |
| Kultiveeritud rakud | ≥1x107 |
Sisaldab järgmist analüüsi:
● töötlemata andmete QC;
● Mapping ja Hi-C teegi QC: kehtivad interaktsioonipaarid ja interaktsiooni vähenemise eksponendid (IDE-d);
● Genoomi hõlmav interaktsioonide profileerimine: cis/trans analüüs ja Hi-C interaktsiooni kaart;
● A/B sektsioonide jaotuse analüüs;
● TAD-ide ja kromatiinisilmuste tuvastamine;
● 3D-kromatiini struktuurielementide diferentsiaalanalüüs proovide vahel ja seotud geenide vastav funktsionaalne annotatsioon.
Cis ja trans proportsioonide jaotus
Proovide vaheliste kromosomaalsete interaktsioonide soojuskaart
A/B sektsioonide genoomi hõlmav jaotus
Kromatiini silmuste levik kogu genoomi ulatuses
TAD-ide visualiseerimine
Tutvuge BMKGene'i Hi-C sekveneerimisteenustega seotud teadusuuringute edusammudega kureeritud väljaannete kogumiku kaudu.
Meng, T. et al. (2021) "Võrdlev integreeritud multi-omika analüüs tuvastab CA2 kui akordoomi uudset sihtmärki",Neuroonkoloogia, 23(10), lk 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) "Genoomi 3D-desorganiseerimine ja ümberkorraldamine annavad ülevaate NAFLD patogeneesist integreeritud Hi-C, nanopore ja RNA järjestuse abil"Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), lk 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
