Genoomi hõlmava assotsiatsiooniuuringu (GWAS) eesmärk on tuvastada geneetilisi variante (genotüüp), mis on seotud spetsiifiliste tunnustega (fenotüüp). GWA uuringud uurivad geneetilisi markereid, mis läbivad suure hulga indiviidide kogu genoomi ja ennustavad genotüübi-fenotüübi seoseid statistilise analüüsi abil populatsiooni tasandil. Terve genoomi resekveneerimine võib potentsiaalselt avastada kõik geneetilised variandid. Seoses fenotüübiandmetega saab GWAS-i töödelda fenotüübiga seotud SNP-de, QTL-de ja kandidaatgeenide tuvastamiseks, mis toetab tugevalt kaasaegset looma-/taimekasvatust. SLAF on enda väljatöötatud lihtsustatud genoomi järjestamise strateegia, mis avastab kogu genoomi hajutatud markerid, SNP. Neid SNP-sid kui molekulaarseid geneetilisi markereid saab töödelda suunatud tunnustega assotsiatsiooniuuringuteks. See on kulutõhus strateegia keeruliste tunnustega seotud geneetiliste variatsioonide tuvastamiseks.
