Kogu genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs
Töövoog
Teenuse eelised
●Laialdased teadmised ja avaldamisdokumendid: GWAS-i alal kogutud kogemusega on BMKGene viinud läbi sadu liigiprojekte populatsiooni GWAS-i uurimisel, aidanud teadlastel avaldada rohkem kui 100 artiklit ja kumulatiivne mõjutegur jõudis 500-ni.
● Põhjalik bioinformaatika analüüs: töövoog sisaldab SNP-tunnuste assotsiatsiooni analüüsi, esitades kandidaatgeenide komplekti ja neile vastava funktsionaalse annotatsiooni.
●Kõrgelt kvalifitseeritud bioinformaatika meeskond ja lühike analüüsitsükkel: BMKGene'i meeskond, kellel on suured kogemused täiustatud genoomikaanalüüsi alal, pakub kõikehõlmavaid analüüse kiire tööajaga.
●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
Teenuse spetsifikatsioonid ja nõuded
| Järjestuse tüüp | Soovitatav rahvastiku skaala | Järjestusstrateegia | Nukleotiidide nõuded |
| Kogu genoomi järjestamine | 200 näidist | 10x | Kontsentratsioon: ≥ 1 ng/µL Kogukogus ≥ 30 ng Lagunemine või saastumine on piiratud või puudub |
| Spetsiifilise asukoha võimendatud fragment (SLAF) | Sildi sügavus: 10x Siltide arv: < 400 Mb: WGS on soovitatav < 1 Gb: 100 000 silti 1Gb > 2 Gb: 300 000 silti Maksimaalselt 500 000 silti | Kontsentratsioon ≥ 5 ng/µL Kogukogus ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agaroosgeel: lagunemine või saastumine puudub või on piiratud
|
Materjali valik
Erinevad sordid, alamliigid, maatõud/geenipangad/segapered/metsikud loodusvarad
Erinevad sordid, alamliigid, maatõud
Poolõdede perekond/täisõdede perekond/metsikud ressursid
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
- Genoomi hõlmav assotsiatsioonianalüüs: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM mudel
- Kandidaatgeenide funktsionaalne annotatsioon
SNP-tunnuste assotsiatsiooni analüüs – Manhattani graafik
SNP-tunnuste assotsiatsiooni analüüs – QQ diagramm
Avastage BMKGene'i de GWAS-i teenuste pakutavaid edusamme kureeritud väljaannete kogumise kaudu:
Lv, L. et al. (2023) Ülevaade ammoniaagi taluvuse geneetilisest alusest habemenuga Sinonovacula constricta genoomi hõlmava assotsiatsiooniuuringu abil,Vesiviljelus, 569, lk. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) "398 rebasesabahirssi lisamise multi-oomika analüüsid näitavad kodustamise, metaboliitide tunnuste ja põletikuvastase toimega seotud genoomseid piirkondi",Molekulaarne taim, 15(8), lk 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) "Genome-Wide Association Mapping of Hulles Barely Phenotypes in põuakeskkonnas",Taimeteaduse piirid, 13, lk. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) "GmST1, mis kodeerib sulfotransferaasi, annab resistentsuse soja mosaiikviiruse tüvede G2 ja G3 suhtes",Taim, rakk ja keskkond, 44(8), lk 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
