De novo seente genoomi komplekt
BMKGENE pakub seente genoomide jaoks mitmekülgseid lahendusi, toitlustades mitmekesiseid uurimisvajadusi ja soovitud genoomi täielikkust. Ainuüksi lühiajalise valgustuse järjestamise kasutamine võimaldab genoomi tekitada. Nanopore või PacBio kasutamisel lühiajalised ja pikalugemisjärjestused ühendatakse pikemate kontiinidega rafineerituma seengenoomi jaoks. Lisaks suurendab Hi-C sekveneerimise integreerimine võimalusi veelgi, võimaldades saavutada täieliku kromosoomi taseme genoomi.
Teenindusfunktsioonid
Koos kolme võimaliku võimalusega, sõltuvalt genoomi täielikkuse astmest:
● Genoomi mustandi valik: Lühiajaline järjestamine Illumina Novaseq PE150-ga.
● Seene peen genoomvalik:
Genoomi uuring: Illumina Novaseq PE150.
Genoomi kokkupanek: Pacbio Revio (HIFI READS) või NANOPORE PROMTION 48.
● Kromosoomi taseme seengenoom:
Genoomi uuring: Illumina Novaseq PE150.
Genoomi kokkupanek: Pacbio Revio (HIFI READS) või NANOPORE PROMTION 48.
Contig ankurdatakse Hi-C komplektiga.
Teenuse eelised
●Saadaval on mitu järjestamisstrateegiat: Erinevate uurimistöö eesmärkide ja genoomi täielikkuse nõuete jaoks
●Täielik bioinformaatika töövoog:See hõlmab genoomi kokkupanekut ja mitmete genoomse elemendi, funktsionaalse geenide annotatsiooni ja kondiini ankurdamise ennustamist.
●Ulatuslik teadmine: Kui kokku on kokku pandud üle 12 000 mikroobse genoomi, toome üle kümne aasta kogemuse, kõrge kvalifikatsiooniga analüüsimeeskonna, põhjaliku sisu ja suurepärase müügijärgse toe.
●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpetamisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Teenistus | Järjestamisstrateegia | Kvaliteedikontroll |
| Genoomi eelnõu | Illumina PE150 100x | Q30 ≥85% |
| Peen genoom | Genoomiuuring: Illumina PE150 50 x Kokkupanek: Pacbio Hifi 30x või nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （Pacbio üherakuline） Contig N50 ≥2MB （ONT Unicellular） contig n50 ≥500 kb （teised） |
| Kromosoomi taseme genoom | Genoomiuuring: Illumina PE150 50 x Kokkupanek: Pacbio Hifi 30x või nanopore 100x Hi-C komplekt 100x | Contigi ankurdamissuhe> 90%
|
Teeninduse nõuded
| Kontsentratsioon (ng/µl) | Kogusumma (µg) | Maht (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1.0-3,0 |
| Valgusküllane | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Üherakuline seen: ≥3,5x1010 rakud
Makroni seen: ≥10 g
Teeninduse töövool
Proovi kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
Genoomi uuring:
- Andmete kvaliteedikontrolli järjestamine
- Genoomi hinnang: suurus, heterosügootsus, korduvad elemendid
Peen genoomi komplekt:
- Andmete kvaliteedikontrolli järjestamine
- De novoKokkupanek
- Genoomi komponentide analüüs: CD -de ja mitmete genoomse elemendi ennustamine
- Funktsionaalne annotatsioon mitme üldise andmebaasiga (GO, Kegg jne) ja täiustatud andmebaasidega (kaart, VFDB jne)
HI-C Assamblee:
- Hi-C raamatukogu hindamine.
- Kontigid ankurdavad klastrit, tellimist ja orienteerumist
- HI-C komplekti hindamine: lähtuvalt referentsgenoomi ja soojuskaardi põhjal
Genoomiuuring: K-MER jaotus
Genoomi kokkupanek: geeni homoloogne annotatsioon (NR andmebaas)
Genoomi kokkupanek: funktsionaalne geeni annotatsioon (GO)
Tutvuge BMKGene'i seente genoomi assambleeteenuste hõlbustatud edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Hao, J. jt. JaBMC genoomika, 24 (1), lk 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/joonised/3.
Lu, L. jt. (2023) „Genoomi sekveneerimine näitab nisu terava silmapilgu patogeeni rizoctonia cherelis'e evolutsiooni ja patogeenseid mehhanisme”,Saagi ajakiri, 11 (2), lk 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. jt. JaTaimehaigus, 107 (3), lk 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS jt. (2023) „Tetrapolaarse paaritussüsteemi geneetilised ja molekulaarsed tõendid söödavas seenes Grifola Frondosa”,Seeneajakiri, 9 (10), lk. 959. Doi: 10.3390/Jof9100959/S1.
