Täispikk mRNA sekveneerimine - nanopoor
Omadused
● Polü-A mRNA püüdmine, millele järgneb cDNA süntees ja raamatukogu ettevalmistamine
● Täispikkade ärakirjade järjestamine
● Bioinformaatiline analüüs, mis põhineb võrdlusgenoomiga joondamisel
● Bioinformaatiline analüüs ei hõlma ainult ekspressiooni geenide ja isovormide tasemel, vaid ka lncRNA, geenifusioonide, polüadenüülimise ja geenistruktuuri analüüsi
Teenuse eelised
●Ekspressiooni kvantifitseerimine isovormi tasemel: võimaldab üksikasjalikku ja täpset ekspressioonianalüüsi, paljastab muutused, mis võivad kogu geeniekspressiooni analüüsimisel olla varjatud
●Vähendatud andmenõudlus:Võrreldes järgmise põlvkonna järjestamisega (NGS), on nanopooride sekveneerimisel madalamad andmenõuded, mis võimaldab väiksemate andmetega samaväärseid geeniekspressiooni kvantifitseerimise küllastustasemeid.
●Avaldise kvantifitseerimise suurem täpsus: nii geeni kui ka isovormi tasemel
●Täiendava transkriptoomilise teabe tuvastamine: alternatiivne polüadenüülimine, fusioongeenid ja lcnRNA ning nende sihtgeenid
●Laialdased teadmised: Meie meeskond toob igasse projekti kaasa hulgaliselt kogemusi, olles lõpetanud üle 850 Nanopore'i täispika transkriptsiooniprojekti ja töödelnud üle 8000 proovi.
●Müügijärgne tugi: meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| Polü A rikastatud | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Keskmine kvaliteediskoor: Q10 |
Näidisnõuded:
Nukleotiidid:
| Kontsentr. (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | Taimedele: RIN≥7,0; Loomadele: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; algtaseme tõus on piiratud või puudub |
● Taimed:
Juur, vars või kroonleht: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puuviljad: 1,2 g
● Loom:
Süda või soolestik: 300 mg
Siseelundid või aju: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luud, juuksed või nahk: 1 g
● lülijalgsed:
Putukad: 6g
Koorik: 300 mg
● täisveri: 1 toru
● Rakud: 106 rakud
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta jäässe.
2. RNA-stabiilsed katseklaasid: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimistuubis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.
Teeninduse töövoog
Nukleotiidid:
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Teeninduse töövoog
Kude:
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
● Toorandmete töötlemine
● Ärakirja tuvastamine
● Alternatiivne splaissimine
● Ekspressiooni kvantifitseerimine geenitasemel ja isovormi tasemel
● Diferentsiaalväljenduse analüüs
● Funktsiooni annotatsioon ja rikastamine (DEG-id ja DET-id)
Alternatiivne splaissimise analüüs
Alternatiivne polüadenüülimise analüüs (APA)
lncRNA ennustus
Uute geenide annotatsioon
DET-de rühmitamine
Valk-valgu võrgud DEG-des
Tutvuge BMKGene'i Nanopore'i täispika mRNA sekveneerimisteenustega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Gong, B. et al. (2023) "Sekretoorse kinaasi FAM20C epigeneetiline ja transkriptsiooniline aktiveerimine onkogeenina glioomi korral", Journal of Genetics and Genomics, 50(6), lk 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Tema, Z. et al. (2023) „IFN-y-le reageerivate lümfotsüütide täispikk transkriptoomiline järjestamine paljastab Th1-suunalise immuunvastuse lesta (Paralichthys olivaceus) puhul”, Fish & Shellfish Immunology, 134, lk. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) „PacBio ja ONT RNA sekveneerimismeetodite võrdlev analüüs Nemopilema Nomurai mürgi tuvastamiseks”, Genomics, 115(6), lk. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) „Nano-seq analüüs näitab erinevaid funktsionaalseid tendentse hUMSC-st saadud eksosoomide ja mikrovesiikulite vahel”, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), lk 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABELID/6.
