Eukarüootne mRNA analüüs (saadaval on võrdluspõhised ja de novo valikud)
See torujuhe kasutab sisendina NGS RNA-Seq andmeid ja annab tulemusi mitmest allavoolu analüüsist, sealhulgas, kuid mitte ainult: andmete kvaliteedi järjestamisest,de novotranskriptsiooni saidi annotatsioon, muutuva splaissimise analüüs, diferentsiaalekspressiooni analüüs, funktsiooni annotatsioon ja rikastamise analüüs.
Pikk mittekodeeriv RNA analüüs
Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA) on mittekodeerivad transkriptid, mille pikkus on üle 200 nt ja millel on teadaolevalt roll kromatiini organiseerimisel ja reguleerimisel. Suure läbilaskevõimega sekveneerimistehnoloogiad ja bioinformaatika on andnud meile võimaluse mõista lncRNA järjestusi ja positsioneerimisteavet, et tuvastada ülioluliste regulatiivsete funktsioonidega lncRNA-sid. See torujuhe pakub lisaks eukarüootse mRNA analüüsi torujuhtmes mainitud analüüsidele ka lncRNA analüüsi.
16S/18S/ITS amplikonide järjestamine
Amplicon Sequencing mikroobide mitmekesisuse analüüsi torustik töötati välja mikroobide mitmekesisuse projektianalüüsi aastatepikkuse kogemuse põhjal. Torujuhe sisaldab standardiseeritud põhianalüüsi, mis hõlmab praeguste mikroobiuuringute ja personaliseeritud analüüsi peavoolu analüüsi sisu. Analüüsiaruanne on rikkalik ja kõikehõlmav, mitmekülgse isikuanalüüsi tegemise võimalusega. Lisaks saab näidiseid ja rühmi täiendavaks kohandamiseks ja juhtimiseks lennu ajal muuta.
Haavlipüssi metagenoomika analüüs
Shotgun Metagenomic Analysis torujuhe kasutab keskkonnaproovidest ekstraheeritud segagenoomiliste materjalide NGS-andmeid. Kaasatud analüüsid annavad üksikasjalikku teavet liikide mitmekesisuse ja arvukuse, populatsiooni struktuuri, fülogeneetilise seose, funktsionaalsete geenide ja korrelatsioonivõrgustike kohta keskkonnateguritega.
NGS-WGS variandi analüüs
NGS-WGS Variant Analysis on integreeritud variantide tuvastamise torujuhe, mis teostab andmete kvaliteedi kontrolli, järjestuste joondamise, annotatsiooni ja geenimutatsioonide analüüsi. Torujuhe järgib SNP ja InDeli tuvastamise GATK parimaid tavasid ning kasutab struktuurivariantide kutsumiseks Mantat.
Genoomi hõlmav assotsiatsiooniuuring (GWAS)
GWAS-i konveier on allavoolu analüüs, mis kasutab sisendina varem loodud VCF-faile ja vastavaid fenotüübiandmeid üksikisikute rühma kohta. Spetsiifilisi statistilisi metoodikaid kasutades püüab GWAS avastada genoomi hõlmavaid nukleotiidide variatsioone, mis on korrelatsioonis fenotüüpiliste erinevustega. See mängib otsustavat rolli funktsionaalsete geenide uurimisel, mis on seotud inimeste keeruliste haiguste ning taimede ja loomade keeruliste tunnustega.
Hulgieraldusanalüüs (BSA)
BSA analüüs hõlmab äärmuslike fenotüüpsete tunnustega indiviidide koondamist eraldavast populatsioonist. Võrreldes koondproovide vahelisi erinevusi, tuvastab see lähenemisviis kiiresti sihtgeenidega seotud tihedalt seotud molekulaarsed markerid. Taimede ja loomade geneetilisel kaardistamisel laialdaselt kasutatav tööriist on väärtuslik vahend markeri abil aretamiseks.
Evolutsiooniline geneetika analüüs
Evolutsioonilise geneetika analüüsi töövoog kasutab BMKGENE laialdast kogemust geneetilise evolutsiooni projektides ja hõlmab fülogeneetiliste puude konstrueerimist, sidemete tasakaalustamatuse analüüsi, geneetilise mitmekesisuse hindamist, selektiivset identifitseerimist, sugulusanalüüsi, põhikomponentide analüüsi ja populatsiooni struktuuri iseloomustamist.
