Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud logi sisse

Tooted

Evolutsiooniline geneetika

Evolutsiooniline geneetika on põhjalik järjestamisteenus, mille eesmärk on pakkuda evolutsiooni mõistvat tõlgendust suures rühmas, tuginedes geneetilistele variatsioonidele, sealhulgas SNP -dele, indellidele, SV -dele ja CNV -dele. See teenus hõlmab kõiki olulisi analüüse, mis on vajalikud populatsioonide evolutsiooniliste nihkede ja geneetiliste omaduste selgitamiseks, sealhulgas hinnangud populatsiooni struktuuri, geneetilise mitmekesisuse ja fülogeneetiliste suhete kohta. Veelgi enam, see uurib geenivoolu uuringuid, võimaldades hinnanguid populatsiooni efektiivse suuruse ja lahknevuse aja kohta. Evolutsioonilised geneetikauuringud annavad väärtuslikku teavet liikide päritolust ja kohanemisest.

BMKGENE-s pakume kahte võimalust evolutsiooniliste geneetikauuringute läbiviimiseks suurte populatsioonide kohta: terve genoomi järjestamise (WGS) kasutamine või vähendatud esituse genoomi järjestamise meetodi valimine, ettevõtte väljatöötatud spetsiifiline-locus amplifitseeritud fragment (SLAF). Kui WGS sobib väiksemate genoomidega, on SLAF kuluefektiivseks alternatiiviks pikemate genoomidega suuremate populatsioonide uurimiseks, minimeerides tõhusalt järjestamiskulusid.

Võtke meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Bioinformaatika

Demo tulemused

Esiletõstetud väljaanded

Teenuse eelised

Takagi jt,Taimeajakiri, 2013

●Põhjalik bioinformaatiline analüüs:võimaldades geneetilise mitmekesisuse hindamist, mis kajastab liikide evolutsioonipotentsiaali, ja paljastades usaldusväärse fülogeneetilise seose liikide vahel, millel on minimeeritud ühtlane evolutsioon ja paralleelne evolutsioon

●Valikuline kohandatud analüüs: näiteks erinevuste ja aminohapete taseme variatsioonidel põhinevate erinevuste ja kiiruse hindamine.

●Ulatuslikud teadmised ja avaldamise dokumendid: BMKGENE on kogunud massilisi kogemusi rahvastiku- ja evolutsioonigeneetikaprojektides juba üle 15 aasta, hõlmates tuhandeid liike jne ning aidanud kaasa enam kui 1000 kõrgetasemelisele projektile, mis on avaldatud looduskommunikatsioonis, molekulaartaimedes, taimede biotehnoloogia ajakirjas jne.

● kõrge kvalifikatsiooniga bioinformaatika meeskond ja lühike analüüsi tsükkel: Suurepärase kogemusega edasijõudnute genoomika analüüsi alal pakub BMKGene'i meeskond põhjalikke analüüse kiire pöördeajaga.

● müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpetamisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks.

Teenuse spetsifikatsioonid ja nõuded

Sekveneerimise tüüp

Soovitatav rahvastiku skaala

Järjestamisstrateegia

Nukleotiidinõuded

Terve genoomi järjestamine

≥ 30 isikut, igast alarühmast ≥ 10 indiviidi

10x

Kontsentratsioon: ≥ 1 ng/ µL

Kogusumma ≥ 30nd

Piiratud või ilma lagunemise või saastumiseta

Spetsiifiline-locus võimendatud fragment (SLAF)

Sildi sügavus:

10x

Sildide arv:

<400 MB: WGS on soovitatav

<1 GB: 100K sildid

1 GB

> 2GB: 300K sildid

Max 500K sildid

Kontsentratsioon ≥ 5 ng/µL

Kogusumma ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5

Agaroosgeel: puudub või on piiratud lagunemine või saastumine

Teeninduse töövool

Katse kavandamine

Proovi kohaletoimetamine

Raamatukogu ehitamine

Sekveneerimine

Andmeanalüüs

Müügijärgsed teenused

Eelmine: Kogunenud segregantianalüüs

Järgmine: Metaboomika

Teenindus hõlmab populatsiooni struktuuri (fülogeneetiline puu, PCA, populatsiooni kihistuskaart), rahvastiku mitmekesisuse ja populatsiooni valimise (ahela tasakaalustatuse, soodsate kohtade selektiivne pühkimisvalik). Teenus võib hõlmata ka kohandatud analüüsi (nt erinevuse aeg, geenivoog).

*Siin näidatud demo tulemused pärinevad BMKGENE -ga avaldatud genoomidest

1. Evolutsiooni analüüs sisaldab fülogeneetilise puu, populatsiooni struktuuri ja PCA konstruktsiooni geneetiliste variatsioonide põhjal.

Fülogeneetiline puu esindab taksonoomilisi ja evolutsioonilisi seoseid ühise esivanemaga liikide vahel.
PCA eesmärk on visualiseerida subpopulatsioonide vahelist lähedust.
Populatsiooni struktuur näitab geneetiliselt eristuva alampopulatsiooni olemasolu alleeli sageduste osas.

3-1-fülogeneetiline puu 3-2PCA 3-3populatsioonistruktuur

Chen, et. al.,Pnas, 2020

2. Valikuline pühkimine

Valikuline pühkimine viitab protsessile, mille käigus valitakse soodne sait, ja suurenevad lingitud neutraalsete saitide sagedused ning vähenevad ühendatud saitidel, mille tulemuseks on piirkondlik vähenemine.

Kogu genoomi hõlmav tuvastamine selektiivsetel pühkimispiirkondadel töödeldakse populatsiooni geneetilise indeksi arvutamisega （π ， FST, Tajima D) kõigi SNP-de libiseva akna (100 kb) sees teatud etapis (10 kb).

Nukleotiidide mitmekesisus (π）
4nukleotiidi mitmekesisus (π）

Tajima D
5tajima's-d

Fikseerimisindeks (FST)

6FIXATION-INDEX (FST)

Wu, et. al.,Molekulaarne taim, 2018

3. Geeni vool

7Geeni-voola

Wu, et. al.,Molekulaarne taim, 2018

4. demograafiline ajalugu

8Demograafiline ajalooline

Zhang, et. al.,Looduseökoloogia ja evolutsioon, 2021

5. Aeg -aeg

9Divergence-Time

Zhang, et. al.,Looduseökoloogia ja evolutsioon, 2021

Uurige kureeritud väljaannete kogumise kaudu BMKGENE evolutsiooniliste geneetikateenuste hõlbustatud edusamme:

Hassanyar, Ak jt. JaRahvusvaheline ajakiri Molecular Sciences, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. jt. (2022) „Looduse, geneetiliselt puhta hiina hiiglasliku salamandri avastamine loob uusi kaitsevõimalusi”,Zooloogiline uurimistöö, 2022, kd. 43, 3 väljaanne, lehed: 469-480, 43 (3), lk 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.

Han, M. jt. (2022) „Põlisrahvaste Elymus Sibiricus L. fülogeograafiline muster ja populatsiooni evolutsiooniajalugu Qinghai-Tiibeti platool”,Piirid taimeteaduses, 13, lk. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/Bibtex.

Wang, J. jt. JaAiandusuuringud, 9. doi: 10.1093/h/uhac021.