Eukarüootne mRNA sekveneerimine-NGS
Omadused
● Polü-mRNA püüdmine enne raamatukogu ettevalmistamist
● Valikuline suunatav mRNA raamatukogu ettevalmistamine, et võimaldada saada ahelaspetsiifilisi sekveneerimisandmeid
● Geeniekspressiooni ja transkriptsiooni struktuuri bioinformaatiline analüüs
Eelised
●Laialdased teadmised: Meie meeskond on BMKgene'is töödelnud üle 600 000 proovi, mis hõlmavad erinevaid proovitüüpe, nagu rakukultuurid, kuded ja kehavedelikud. Toome igasse projekti rikkalikult kogemusi ja oleme erinevates uurimisvaldkondades edukalt lõpetanud üle 100 000 mRNA-Seq projekti.
●Range kvaliteedikontroll: rakendame põhilisi kontrollpunkte kõikides etappides, alates proovide ja raamatukogu ettevalmistamisest kuni järjestamise ja bioinformaatikani. See hoolikas jälgimine tagab püsivalt kvaliteetsete tulemuste saavutamise, tagades teile, et teie projekt on usaldusväärsetes kätes.
●Põhjalik annotatsioon: Diferentsiaalselt ekspresseeritud geenide (DEG) funktsionaalseks märkimiseks ja vastavate rikastamisanalüüside tegemiseks kasutame mitut andmebaasi. See kõikehõlmav lähenemine annab ülevaate raku- ja molekulaarsetest protsessidest, mis on transkriptoomi vastuse aluseks, tagades, et olete oma projekti tulemustest täielikult kursis.
●Müügijärgne tugi: Meie kohustus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
Näidisnõuded ja kohaletoimetamine
| Raamatukogu | Järjestusstrateegia | Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| Polü A rikastatud | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Näidisnõuded:
Nukleotiidid:
| Kontsentr. (ng/μl) | Kogus (μg) | Puhtus | Terviklikkus | |
| Standardne raamatukogu | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | Taimedele: RIN≥4,0; Loomadele: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; algtaseme tõus on piiratud või puudub |
| Suunatud raamatukogu | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelil näidatud valgu- või DNA-saaste on piiratud või puudub üldse. | Taimedele: RIN≥4,0; Loomadele: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; algtaseme tõus on piiratud või puudub |
● Taimed:
Juur, vars või kroonleht: 450 mg
Leht või seeme: 300 mg
Puuviljad: 1,2 g
●Loom:
Süda või soolestik: 300 mg
Siseelundid või aju: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luud, juuksed või nahk: 1 g
● lülijalgsed:
Putukad: 6g
Koorik: 300 mg
● täisveri: 1 toru
● Rakud: 106 rakud
Soovitatav näidiste kohaletoimetamine
Mahuti: 2 ml tsentrifuugitoru (tinafoolium pole soovitatav)
Näidismärgistus: rühm+kordus nt A1, A2, A3; B1, B2, B3.....
Saadetis:
1. Kuivjää: proovid tuleb pakkida kottidesse ja matta jäässe.
2. RNA tabelituubid: RNA proove saab kuivatada RNA stabiliseerimiskatsutis (nt RNAstable®) ja tarnida toatemperatuuril.
Teeninduse töövoog
Katsekujundus
Näidiste kohaletoimetamine
RNA ekstraheerimine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Bioinformaatika
Eukarüootne mRNA sekveneerimise analüüsi töövoog
Bioinformaatika
ØToorandmete kvaliteedi kontroll
ØVõrdlusgenoomi joondamine
ØTranskriptsiooni struktuuri analüüs
ØEkspressiooni kvantifitseerimine
ØDiferentsiaalväljenduse analüüs
ØFunktsiooni annotatsioon ja rikastamine
Võrdlusgenoomi joondamine
Andmete küllastus
Proovide korrelatsioon ja bioloogiliste korduste hindamine
Diferentsiaalselt ekspresseeritud geenid (DEG)
DEG-de funktsionaalne annotatsioon
DEG-de funktsionaalne rikastamine
Avastage BMKGene'i eukarüootsete NGS-i mRNA sekveneerimisteenuste edusamme kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Huang, L. et al. (2023) "Triklosaan ja triklokarbaan nõrgendavad kuldkala haistmisvõimet, piirates lõhnaainete äratundmist, häirides haistmissignaali edastamist ja häirides haistmisinformatsiooni töötlemist", Water Research, 233, lk. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ jt. (2023) „Aspergillus fumigatus kaaperdab inimese p11, et suunata seeni sisaldavad fagosoomid ümber mittelagundatavale rajale”, Cell Host & Microbe, 31(3), lk 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) „TCP transkriptsioonifaktorid, mis on seotud Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro) võrsete arenguga”, Frontiers in Plant Science, 13, lk. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) Chrysanthemum lavandulifolium genoom ja erinevate kapituumitüüpide aluseks olev molekulaarne mehhanism, Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie jt. (2023) "Kaskaadnanoreaktor kolorektaalse vähi sonodünaamilise ravi tõhustamiseks sünergilise ROS-i suurendamise ja autofagia blokeerimise kaudu", Nano Today, 49, lk. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
