Illumina eelvalmistatud raamatukogud
Omadused
●Platvormid:Illumina Novaseq 6000 ja Novaseq X Plus
●Sekveneerimisrežiimid:PE150 ja PE250
●Raamatukogude kvaliteedikontroll enne sekveneerimist
●Andmete QC ja edastamise järjestamine:QC aruande ja töötlemata andmete edastamine FastQ -vormingus pärast demultipleksimist ja filtreerimist Q30 loeb
Teenuse eelised
●Sekvenemisteenuste mitmekülgsus:Klient võib valida järjestuse radade, vooluelementide või vajalike andmete (osalise sõiduki sekveneerimise) abil.
●Ulatuslik kogemus Illumina sekveneerimisplatvormil:tuhandete suletud projektidega erinevate liikidega.
●QC -aruande järjestamise edastamine:Kvaliteetsete mõõdikute, andmete täpsuse ja sekveneerimisprojekti üldise jõudluse korral.
●Küps sekveneerimisprotsess:lühikese pöördeajaga.
●Range kvaliteedikontroll: Me rakendame rangeid QC nõudeid, et tagada püsivalt kvaliteetsete tulemuste edastamine.
Näidisplatvormid
| Platvorm | Voolubull | Sekveneerimisrežiim | Ühik | Hinnanguline toodang |
| Novaseq x | 10b (8 rada) | PE150 | Üksikrada Osaline rada | 375GB / rada |
| 25b (8 rada) | PE150 | Üksikrada Osaline rada | 1000 GB/rada | |
| Novaseq 6000 | SP voolurakk (2 rada) | PE250 | Voolubull Üksikrada Osaline rada | 325-400 m loeb / rada |
| S4 voolurakk (4 rada) | PE150 | Voolubull Üksikrada Osaline rada | ~ 800 GB / rada |
Proovinõuded
| Andmesumma (x) | Kontsentratsioon (qPCR/nm) | Maht | |
| Osaline sõiduraja järjestamine
| X ≤ 10 GB | ≥ 1 nm | ≥ 25 μL |
| 10 GB <x ≤ 50 GB | ≥ 2 nm | ≥ 25 μL | |
| 50 GB <x ≤ 100 GB | ≥ 3 nm | ≥ 25 μL | |
| X> 100 GB | ≥ 4 nm | ≥ 25 μL | |
| Sõiduradade järjestamine | Sõiduraja kohta | ≥ 1,5 nm / raamatukogu bassein | ≥ 25 μL / raamatukogu bassein |
Lisaks kontsentratsioonile ja koguarvule on vaja ka sobivat tippmusterit.
Märkus. Madala mitmekesisusega raamatukogude sõiduradade järjestamine nõuab Phix Spike-in, et tagada usaldusväärne baaskõne.
Soovitame esitada eelproovina eelnevalt teekeele. Kui vajate raamatukogude ühendamise tegemiseks BMKGene'i, lugege palun
Rajateede osalise sekveneerimise raamatukogu nõuded.
Raamatukogu suurus (tippkaart)
Põhikinnitus peaks olema 300–450 aluspaari piires.
Raamatukogudel peaks olema üks peamine tipp, adapteri saastumine ja praimeri dimeerid puuduvad.
Palun pöörduge meie poole, kui teie proovid ei vasta lähtematerjali nõuetele.
Teenuse töövoog
Raamatukogu kvaliteedikontroll
Sekveneerimine
Andmete kvaliteedikontroll
Projekti kohaletoimetamine
Raamatukogu QC aruanne
Enne järjestamist, raamatukogu koguse hindamist ja killustatuse hindamist on esitatud aruanne raamatukogu kvaliteedi kohta.
QC aruande järjestamine
Tabel 1. Andmete järjestamise statistika.
| Näidis ID | Bmkid | RAW loeb | Töötlemata andmed (BP) | Puhas lugemine (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6 861 036 000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Joonis 1. Kvaliteedijaotus loeb igas proovis
Joonis 2. Baassisu jaotus
Joonis 3. Lugemise sisu jaotus järjestamisandmete sekveneerimisel
