Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud logi sisse

Tooted

DNA/RNA sekveneerimine -PACBIO sekveneerija

DNA/RNA sekveneerimine -pacbio sekvencer on esitatud pilt

PACBIO järjestamisplatvorm on pikalugemise järjestamise platvorm, mida tuntakse ka kui ühte kolmanda põlvkonna sekveneerimise (TGS) tehnoloogiat. Põhitehnoloogia, ühemolekuli reaalajas (SMRT), annab lugemiste genereerimise kümnete kilo-baasiga. „Sekveneerimise ja sünteesi” alusel saavutatakse ühe nukleotiidi eraldusvõime nullrežiimi lainejuhi (ZMW) abil, kus allosas on ainult piiratud maht (molekuli sünteesi koht). Lisaks väldib SMRT sekveneerimine suures osas järjestusspetsiifilisi eelarvamusi NGS-süsteemis, kuna raamatukogu ehitamise protsessis ei ole enamikku PCR-i võimendamise etappidest vaja.

Platvorm: järge II, Revio

Võtke meiega ühendust

Teenuse üksikasjad

Demo tulemused

Omadused

Kaks järjestusrežiimi Pacbio sekveneeril: pidev pikk lugemine (CLR) ja ringikujuline konsensus (CCS)

Sekveneerimisrežiim

Raamatukogu suurus

Teoreetilised andmedSaagis (raku kohta)

ÜhebaasTäpsus

Rakendused

CLR

20kB, 30 kb jne.

80 GB kuni 130 GB

Umbes. 85%

De novo, SV kutsumine jne.

CCS

15-20 kb

14 kuni 40 GB/rakk (II järg)

70 kuni 110 GB/rakk (revio)

Sõltub proovidest

Umbes. 99%

De novo, SNP/ANDEL/SV CALLING, ISO-SEQ,

Revio ja järge II jõudluse ja tunnuste võrdlus

Tingimused	Järge II süsteem	Revio süsteem	Suurenemine
Suurem tihedus	8 miljonit ZMW -d	25 miljonit ZMW -d	3x
Sõltumatud etapid	1	4	4x
Lühemad jooksuajad	30 tundi	24 tundi	1,25x
30x hifi inimese genoomid aastas	88	1300	15x üldiselt

Teenuse eelised

● Üle 8 -aastase kogemuse Pacbio sekveneerimise platvormil, kus on tuhandeid suletud projekte erinevate liikidega.

● Täielikult varustatud uusimate Pacbio sekveneerimisplatvormidega Revio, et tagada piisav järjestus läbilaskevõime.

● Kiirem pöördeaeg, kõrgemad andmete saagised ja täpsemad andmed.

● Panustas sadades kõrge mõjuga Pacbio-põhistes väljaannetes.

Proovinõuded

Näidise tüüp

Summa

Kontsentratsioon （qubit®）

Maht

Puhtus

Teised

Genoomne DNA

Sõltub andmete nõudest

≥50 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5 ；
Selge tipp kiirusel 260 nm ，pole saastumist

Kontsentratsiooni tuleb mõõta QUBIT ja QUBIT/NANOPORE = 0,8-2,5

Kogu RNA

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15 μl

OD260/280 = 1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5–2,5 ；pole saastumist

Rini väärtus ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Teenuse töövoog

Proovi ettevalmistamine

Raamatukogu ehitamine

Sekveneerimine

Andmeanalüüs

Projekti kohaletoimetamine

Eelmine: OEM-i tootja mRNA järjestamisteenus-pikk kodeeriv järjestus-illumina-biomarker

Järgmine: Illumina eelvalmistatud raamatukogud

1. Maja andmete saagis

Andmed, mis on loodud 63 CCS rakult (26 liigist)

Andmed-PACBIO-CCS-15 KB	Keskmiselt	Maksimaalne	Min	Mediaan
Saagis - alamjooksud (GB)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yled - CCS (GB)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polümeraasi N50	145,651	175,430	118,118	144 689
Alamjooks N50	17 509	23 924	12 485	17 584
CCS N50	14,490	19 034	9 876	14 747
Keskmine pikkuse polümeraas	67,995	89,379	49,664	66,433
Keskmised pikkused	15 866	21 036	11 657	16 012
Keskmine pikkus-ccs	14,489	19 074	8 575	14 655

Andmed, mis on loodud 16 CLR -rakult (76 liigist)

Data-Pacbio-CLR-30KB	Keskmiselt	Maksimaalne	Min	Mediaan
Saagis - alamjooksud (GB)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polümeraasi N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Alamjooks N50	28,490	41 012	14,430	29 063
Keskmine pikkuse polümeraas	22 063	48 886	8 747	21 555
Keskmised pikkused	17,720	27 225	8 293	17 779

2.Data QC - demoAndmete saagise statistika

Proov	CCS loeb num	CCS -i alused (BP)	CCS loeb N50 (BP)	CCS keskmine pikkus (BP)	CCS pikim lugemine (BP)	Alamreaside alused (BP)	CCS -i määr (%)
PB_BMKXXX	3,444,159	54,164,122,586	15 728	15 726	36,110	863,326,330,465	6.27