Võrdlev genoomika
Teenuse eelised
●Ulatuslikud teadmised ja avaldamise dokumendid: Akumuleerumisega on BMKGENE lõpetanud üle 90 võrdleva genoomika projekti, mille kumulatiivne mõjufaktor ulatus 900 -ni.
●Põhjalik bioinformaatika analüüs: Analüüsipakett sisaldab kaheksat kõige sagedamini vajalikku analüüsi, pakkudes hästi läbimõeldud valmistoiminguid ja võimaldades tulemusi hõlpsalt tõlgendada
●Kõrge kvalifikatsiooniga bioinformaatika meeskond ja lühike analüüsi tsükkel: Suurepärase kogemusega võrreldava genoomika analüüsimisel täidab BMKGene'i meeskond mitmekesiseid isikupärastatud analüüsi nõudmisi lühikese pöördeajal
●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub kaugemale projekti lõpetamisest 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ja küsimuste ja vastuste seansse tulemustega seotud päringute lahendamiseks.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Hinnanguline pöörde aeg | Liikide arv | Analüüs |
| 30 tööpäeva | 6 - 12 | Geeniperekonna rühmitamine Geenipere laienemine ja kokkutõmbumine Fülogeneetiline puu konstruktsioon Erinevusaja hindamine (vajalik fossiili kalibreerimine) LTR sisestamise aeg (taimede jaoks) Terve genoomi dubleerimine (taimede jaoks) Valitud rõhk Süntenianalüüs |
Bioinformaatika analüüsid
● Geeniperekond
● fülogeneetika
● Erinevuse aeg
● Valikuline rõhk
● Sünteesi analüüs
Proovi nõuded ja kohaletoimetamine
Proovide nõuded:
Kude või DNA genoomi järjestamiseks ja kokkupanekuks
Kudede jaoks
| Liik | Kude | Uuring | Pacbio CCS |
| Loom | Vistseraalne kude | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Lihakude | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Imetaja veri | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Linnuliha/kala veri | |||
| Taim | Värske leht | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Kroonlehe/vars | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Juur/seeme | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Rakud | Kultiveeritud rakk | - | ≥ 1 x 108 |
Andmed
Tihedalt seotud liikide genoomijärjestuse failid (.fastA) ja annotatsioonifailid (.GFF3)
Teeninduse töövool
Katse kavandamine
Proovi kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitamine
Sekveneerimine
Andmeanalüüs
Müügijärgsed teenused
*Siin näidatud demo tulemused pärinevad Biomarker Technologiesiga avaldatud genoomidest
1.LTR sisestusaja hindamine: joonis näitas teiste liikidega võrreldes unikaalset bimodaalset jaotust LTR-RTS sisestusaegades Weining Rukki genoomis. Viimane tipp ilmus umbes 0,5 miljonit aastat tagasi.
Li Guang jt,Loodusgeneetika, 2021
2.Fülogeneesi ja geeniperekonna analüüs chayote (sechium edule): analüüsides geeniperekonnas kayote ja ülejäänud 13 seotud liiki, leiti, et Chayote on kõige tihedamalt seotud madude gurdiga (Trichosantes Anguina). Chayote'ist tuletati madude gurdist umbes 27-45 ja kogu genoomi dubleerimise (WGD) kohta chayote'is 25 ± 4 Mya-s, mis on Cucuibitaceae kolmas WGD-sündmus.
Fu a jt,Aiandusuuringud, 2021
3.Süneesi analüüs: mõned puuviljade arendamisel fütohormoonidega seotud geenid leiti Chayote'is, Snake Gourdis ja Squashis. Korrelatsioon Chayote ja squashi vahel on pisut suurem kui Chayote ja Snake Gourdi vahel.
Fu a jt,Aiandusuuringud, 2021
4. Geeni perekonna analüüs: KEGG -rikastamine Geeni perekonna laienemisele ja kokkutõmbumisele G.Thurberi ja G.Davidsonii genoomides näitas, et laienes steroidide biosünteesi ja brasinosteroidide biosünteesiga seotud geene.
Yang Z jt,BMC bioloogia, 2021
5.Whole genoomi dubleerimise analüüs: 4DTV ja KS jaotuse analüüs näitas kogu genoomi dubleerimise sündmust. Spetsiatsioonide tipud näitasid dubleerimissündmusi. Liikidevaheliste tipud näitasid spetsiifilisi sündmusi. Analüüs näitas, et võrreldes ülejäänud kolme tihedalt seotud liigiga, läbis O. Europaea hiljuti ulatusliku geeni dubleerimise.
Rao G jt,Aiandusuuringud, 2021
BMK juhtum
Rose ilma torkita: niiskuse kohanemisega seotud genoomsed teadmised
Avaldatud: Riiklik teaduse ülevaade, 2021
Sekveneerimisstrateegia:
'Basye'sOkkatu'(RWichurainan) genoom:
Umbes. 93 x Pacbio + u. 90 x nanopore + 267 x illumina
Põhitulemused
1. Kvaliteet R.wichuraiana genoom konstrueeriti pikalugemise sekveneerimise tehnikate abil, mis annavad komplekti 530,07 MB (genoomi hinnanguline suurus oli voolutsütomeetriaga umbes 525,9 MB ja genoomi uuringu abil 525,5 ； heterosügootsus oli umbes 1,03%). Busco hinnanguline tulemus oli 93,9%. Võrreldes “vana põsepunaga” (haploob), kinnitas selle genoomi kvaliteeti ja täielikkust ühe aluse täpsuse ja LTR-i komplekti indeks (LAI = 20,03). R.wichuraiana genoom sisaldab 32 674 valgu kodeerivat geeni.
2.Multi-omics liigese analüüs, mis koosnes võrdlevast genoomikast, transkriptoomikast, geneetilise populatsiooni QTL-analüüsist, näitas R. Wichuraiana ja Rosa chinensis'i vahelist olulist spekulatsiooni. Samuti seostati QTL -i seotud geenide ekspressioonivariatsiooni varre torkekujundusega.
Võrdlev genoomika anasiis basye; thornless ja rosa chinensis, sealhulgas sünteesi analüüs, geeniperekonna klaster, laienemise ja kokkutõmbumise analüüs, näitas palju variatsioone, mis olid seotud rooside oluliste tunnustega. Ainulaadne laienemine NAC ja FAR1/FRS geeniperekonnas oli suure tõenäosusega seostatud vastupidavusega musta koha suhtes.
Võrdlev genoomika analüüs BT ja haploob genoomide vahel.
Zhong, M., et al. “Rose ilma torkita: niiskuse kohanemisega seotud genoomsed teadmised"Riiklik teaduse ülevaade, 2021;, nwab092.
