BMKMANU S1000 ruumiline transkriptoom
BMKMANU S1000 ruumilise transkriptsiooni tehniline skeem
Omadused
● Eraldusvõime: 5 µM
● Punkti läbimõõt: 2,5 µM
● Täppide arv: ligikaudu 2 miljonit
● 3 võimalikku salvestusala vormingut: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm või 15 mm * 20 mm
● Iga vöötkoodiga rant on täidetud neljast osast koosneva kruntvärviga.
polü(dT) saba mRNA praimimiseks ja cDNA sünteesiks
Unikaalne molekulaarne identifikaator (UMI) võimenduse nihke korrigeerimiseks
Ruumiline vöötkood
Osalise lugemise 1 sekveneerimispraimeri sidumisjärjestus
● Sektsioonide H&E ja fluorestsentsvärvimine
● Kasutusvõimalusrakkude segmenteerimise tehnoloogia: H&E värvimise, fluorestsentsvärvimise ja RNA järjestuse integreerimine, et määrata iga raku piirid ja määrata igale rakule õigesti geeniekspressioon.
BMKMANU S1000 eelised
●Sub-rakuline eraldusvõime: Iga jäädvustamisala sisaldas > 2 miljonit ruumilist vöötkoodiga täppi läbimõõduga 2,5 µm ja täpikeskuste vahelise kaugusega 5 µm, võimaldades ruumilist transkriptoomi analüüsi subtsellulaarse eraldusvõimega (5 µm).
●Mitmetasandiline eraldusvõime analüüs:Paindlik mitmetasandiline analüüs vahemikus 100 μm kuni 5 μm, et lahendada optimaalse eraldusvõimega erinevaid koeomadusi.
●Võimalus kasutada "Kolm ühes slaidis" rakkude segmenteerimistehnoloogiat:Ühendades fluorestsentsvärvimise, H&E värvimise ja RNA sekveneerimise ühel slaidil, võimaldab meie "kolm-ühes" analüüsialgoritm tuvastada rakupiirid järgneva rakupõhise transkriptoomika jaoks.
●Ühildub mitme järjestusplatvormiga: Saadaval on nii NGS kui ka kaualoetud järjestus.
●1–8 aktiivse pildistamisala paindlik disain: Võtteala suurus on paindlik, võimalik on kasutada kolme vormingut (6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ja 15 mm * 20 mm)
●Ühekordne teenus: see integreerib kõik kogemustel ja oskustel põhinevad etapid, sealhulgas krüolõikamine, värvimine, kudede optimeerimine, ruumiline vöötkoodimine, raamatukogu ettevalmistamine, sekveneerimine ja bioinformaatika.
●Põhjalik bioinformaatika ja kasutajasõbralik tulemuste visualiseerimine:pakett sisaldab 29 analüüsi ja 100+ kvaliteetset joonist koos ettevõttesisese tarkvara kasutamisega, et visualiseerida ja kohandada rakkude poolitamist ja punktklastrit.
●Kohandatud andmete analüüs ja visualiseerimine: saadaval erinevate uurimistaotluste jaoks
●Kõrgelt kvalifitseeritud tehniline meeskond: kogemusega enam kui 250 koetüübi ja 100+ liigiga, sealhulgas inimene, hiir, imetaja, kala ja taimed.
●Reaalajas värskendused kogu projekti kohta: katse edenemise täieliku kontrolliga.
●Valikuline liigeste analüüs üherakulise mRNA sekveneerimisega
Teenuse spetsifikatsioonid
|
Näidis Nõuded
| Raamatukogu |
Järjestusstrateegia
| Soovitatavad andmed | Kvaliteedikontroll |
| OCT-sisseehitatud krüoproovid, 3 plokki proovi kohta | S1000 cDNA raamatukogu | Illumina PE150 (saadaval ka muud platvormid) | 100K PE lugemist 100 uM kohta (60-150 Gb) | RIN>7 |
Näidiste ettevalmistamise juhiste ja teeninduse töövoo kohta lisateabe saamiseks võtke ühendust aadressil aBMKGENE ekspert
Teeninduse töövoog
Proovi ettevalmistamise etapis viiakse läbi esialgne RNA hulgi ekstraheerimise katse, et tagada kvaliteetse RNA saamine. Kudede optimeerimise etapis lõigud värvitakse ja visualiseeritakse ning mRNA koest vabanemise läbilaskvustingimused optimeeritakse. Seejärel rakendatakse optimeeritud protokolli raamatukogu ehitamise ajal, millele järgneb järjestus ja andmete analüüs.
Täielik teenuse töövoog hõlmab reaalajas värskendusi ja klientide kinnitusi, et säilitada tundlik tagasiside, tagades projekti sujuva täitmise.
BMKMANU S1000 genereeritud andmeid analüüsitakse tarkvara “BSTMatrix” abil, mille on iseseisvalt kujundanud BMKGENE, genereerides geeniekspressioonimaatriksi. Sealt genereeritakse standardaruanne, mis sisaldab andmete kvaliteedi kontrolli, sisemise valimi analüüsi ja rühmadevahelist analüüsi.
● Andmekvaliteedi kontroll:
Andmete väljund ja kvaliteediskoori jaotus
Geeni tuvastamine ühe koha kohta
Kudede katvus
● Siseproovi analüüs:
Geenirikkus
Punktide rühmitamine, sealhulgas vähendatud mõõtmete analüüs
Diferentsiaalne ekspressioonianalüüs klastrite vahel: markergeenide tuvastamine
Markergeenide funktsionaalne annotatsioon ja rikastamine
● Gruppidevaheline analüüs:
Mõlema proovi (nt haigete ja kontrollproovide) täppide taaskombineerimine ja rühmitamine
Iga klastri markergeenide tuvastamine
Markergeenide funktsionaalne annotatsioon ja rikastamine
Sama klastri diferentsiaalne avaldis rühmade vahel
Lisaks on BMKGENE välja töötatud "BSTViewer" kasutajasõbralik tööriist, mis võimaldab kasutajal visualiseerida geeniekspressiooni ja punktide rühmitamist erinevatel eraldusvõimetel.
BMKGene töötas välja tarkvara kasutajasõbralikuks visualiseerimiseks
BSTVieweri punktide rühmitamine mitmetasandilise eraldusvõimega
BSTCellViewer: rakkude automaatne ja käsitsi jagamine
Siseproovi analüüs
Punktide rühmitamine:
Markergeenide identifitseerimine ja ruumiline jaotus:
Gruppidevaheline analüüs
Andmete kombinatsioon mõlemast rühmast ja uuesti klastrist:
Uute klastrite markergeenid:
Selles väljaandes saate tutvuda BMKGene'i ruumilise transkriptoomika teenuste BMKManu S1000 tehnoloogiaga tehtud edusammudega:
Song, X. jt. (2023) "Ruumiline transkriptoomika paljastab valguse indutseeritud klorenhüümirakud, mis on seotud võrsete regenereerimise soodustamisega tomati kalluses"Ameerika Ühendriikide riikliku teaduste akadeemia toimetised, 120(38), lk. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Sina, Y. jt. (2023) "Sekveneerimisel põhinevate ruumiliste transkriptoomiliste meetodite süstemaatiline võrdlus",bioRxiv, lk. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
