De novo bakteriaalse genoomi assamblee
Pakume täielikku bakterigenoomi kokkupanemise teenust, garanteerides 0 lünka. See on võimalik, integreerides pika lugemisega järjestustehnoloogiad, nagu Nanopore ja PacBio kokkupanekuks ning lühilugemisjärjestus koos Illuminaga kooste valideerimiseks ja ONT-lugemiste vigade parandamiseks. Meie teenus pakub täielikku bioinformaatilist töövoogu alates kokkupanekust, funktsionaalsest annotatsioonist ja täiustatud bioinformaatilisest analüüsist, täites konkreetseid uurimiseesmärke. See teenus võimaldab välja töötada täpsed etalongenoomid erinevate geneetiliste ja genoomiliste uuringute jaoks. Lisaks on see aluseks sellistele rakendustele nagu tüvede optimeerimine, geenitehnoloogia ja mikroobitehnoloogia arendamine, tagades usaldusväärsed ja lünkadeta genoomiandmed, mis on üliolulised teaduslike arusaamade ja biotehnoloogilise innovatsiooni edendamiseks.
Teenuse funktsioonid
● Sõltuvalt soovitud genoomi täielikkuse astmest saab valida kahe valiku vahel.
● Mustandi genoomi valik: lühiloetav sekveneerimine Illumina NovaSeq PE150-ga.
● Täielik 0 lünga genoom.
● Pikaajaline järjestamine Nanopore PromethION 48 või PacBio Revio abil genoomi kokkupanekuks.
● Lühilugemisjärjestus Illumina NovaSeqis genoomi valideerimiseks ja vigade parandamiseks (Nanopore) või genoomi mustandi genereerimiseks.
Teenuse eelised
●Nulllõhe genoom garanteeritud: Selle põhjuseks on Illumina sekveneerimise integreerimine pika lugemise järjestamisega (Nanopore või PacBio).
●Täielik bioinformaatika töövoog:See hõlmab genoomi kokkupanekut ja mitme genoomilise elemendi ennustamist, funktsionaalset geeniannotatsiooni ja genoomi visualiseerimist, nagu Circose graafik.
●Laialdased teadmised: Üle 20 000 kokkupandud mikroobigenoomiga pakub BMKGENE üle kümne aasta pikkuse kogemuse, kõrgelt kvalifitseeritud analüüsimeeskonna, igakülgse sisu ja suurepärase müügijärgse toe.
●Müügijärgne tugi:Meie pühendumus ulatub 3-kuulise müügijärgse teenindusperioodiga kaugemale kui projekti lõpetamine. Selle aja jooksul pakume projekti järelmeetmeid, tõrkeotsingu abi ning küsimuste ja vastuste seansse, et vastata tulemustega seotud päringutele.
●Saadaval on mitu järjestusstrateegiat:Erinevate uurimiseesmärkide ja genoomi täielikkuse nõuete jaoks.
Teenuse spetsifikatsioonid
| Teenindus | Järjestusstrateegia |
| Genoomi mustand | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genoom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (valikuline) |
Näidisnõuded:
| Kontsentratsioon (ng/µL) | Kogusumma (µg) | Maht (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterid: ≥3,5x1010 rakud
Teeninduse töövoog
Näidiste kohaletoimetamine
Raamatukogu ehitus
Järjestus
Andmete analüüs
Müügijärgsed teenused
Sisaldab järgmist analüüsi:
● Järjestuse andmekvaliteedi kontroll
● Genoomi kokkupanek
● Genoomikomponentide analüüs: CDS-i ja mitme genoomilise elemendi ennustamine
● Funktsionaalne annotatsioon mitme üldise andmebaasiga (GO, KEGG jne) ja täiustatud andmebaasidega (CARD, VFDB jne)
● Genoomi visualiseerimine
Pakume genoomi hõlpsasti juurdepääsetavas fasta-vormingus ja genoomi annotatsioonifaili (gff).
Geeni annotatsioon – GO
Geeniannotatsioon – CAZY süsivesikud
Genoomi visualiseerimine – Tsirkuse süžee
Tutvuge BMKGene'i bakterigenoomi kokkupanemise teenuste pakutavate edusammudega kureeritud väljaannete kogumise kaudu.
Dai, W. et al. (2023) „Bacteroides uniformis F18-22 kui ohutu ja uudse probiootilise bakteri avastamine terve inimese käärsoole haavandilise koliidi raviks”,International Journal of Molecular Sciences, 24(19), lk. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) "Hiina metsloomadest pärit blaOXA-1 ja blaNDM-1 kandvad mitme ravimiresistentsed Proteus mirabilis isolaadid: suurenev oht rahvatervisele",Integreeriv zooloogia, 16(6), lk 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT jt. (2017) Endofüüdi Bacillus flexus KLBMP 4941 täielik genoomijärjestus paljastab selle taimekasvu soodustamise mehhanismi ja soolataluvuse geneetilise aluse,Biotehnoloogia ajakiri, 260, lk 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) "Klebsiella mitme replikoni resistentsuse plasmiidid vahendavad antimikroobsete geenide ulatuslikku levikut",Mikrobioloogia piirid, 12, lk. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
